古人称中药为“本草”，大量关于中药的著作均以本草命名。前人的医药著作均由朝廷组织人力物力来修撰，李时珍却凭借一己之力，投入毕生精力，修撰本草。他夙兴夜寐、读万卷书，遍访四方、行万里路，克服困难、立万世言。
《本草纲目》经27年成，李时珍书考800余家，3次易稿，写成《本草纲目》52卷。全书收药1892种，附方11096则，附图1109幅，共190万字。1573年，《本草纲目》初稿完成，李时珍没有休息，前后完善了3次。1578年，《本草纲目》编撰完成，这一年他60岁。《本草纲目》吸收了历代本草著作的精华，尽可能地纠正了前人的错误，还补充了不足和许多重要的发现、突破。
《本草纲目》既是药学巨著，又包含医学内容，是医药结合的宝典。李时珍补充了新药、百病主治药、药方、医案和医话。《本草纲目》比较《经史证类备急本草》新增药物374种，这些新增药物，有一些已成为今天的常用药，如土茯苓、半边莲、淡竹叶、樟脑等；《本草纲目》卷3、卷4为“百病主治药”，以“病原为纲，列主治药物为目”，共列113项病症，每项病症下面列举数种乃至数十种主治药物，以供医者临症选用，按病查药，“百病主治药”促进了医药结合，相当于一部临症用药手册，一部中医临床重要参考书；《本草纲目》中新增来自民间的“单方”、临床应用有特效的“验方”和民间祖传“秘方”8000余个，这些药方具有极大的实用价值，有些方剂至今仍是制造各种中成药的依据；李时珍把自己多年行医中具有特色的成功医案均记载下来，《本草纲目》中保留了部分医案，每条医案都是理、法、方、药的具体应用，许多医案被后世传为经典；医话是医家认真记录下来的心得，《本草纲目》中记录了李时珍阅读医书的体会、临症治疗的感悟、对前人医案的评论及完善建议等医话百余条，对于后人临症诊治具有很大参考价值。
《本草纲目》总结了本草基本理论。凭借多年临症经验和本草研究，李时珍认为良医必须是随症施药，研究药物学必须具备相应的医学知识。在《本草纲目》中他特地编撰“序例”两卷，对《神农本草经》《名医别录》《雷公炮炙论》《新修本草》等41种本草著作加以总结和评价，对中药理论进行系统整理。从本草学角度，他引导人们研究药物的采集、修治方法，了解药物的性味、归经及改变药性的方法，注意相反诸药及各种药物的禁忌等；从医学角度，他引导人们紧密地结合药物的基本特性，正确地辨症施治，论述用药的基本原理。
《本草纲目》建立了药物分类纲目体系。分类是科学研究的重要任务，分类使药物研究体系化。李时珍打破了自《神农本草经》以来，沿袭了一千多年的上、中、下三品分类法，从《本草纲目》的名称，就可以了解李时珍对药物进行分类的方法——“以纲代目，纲举目张”。李时珍把1892种药物分为16部，其名称和顺序是：水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人。这种分类方法从无机到有机，从低等到高等，基本符合进化论观点。每部之下再细分若干类，各类中将许多同科属生物排列在一起。这样知道药物的名称就可了解其所属部类；掌握了部类，也易于检索药物。这种分类方法是现代生物分类学的重要方法之一，解决了药物分类与检索问题，使其“博而不繁，详而有要”，比现代植物分类学创始人林奈的《自然系统》早了一个半世纪。
《本草纲目》纠正了历代本草之偏误。李时珍对过去本草书籍中的错误——将两药误为一物者，如葳蕤与女萎；一物而误为两药者，如南星与虎掌；品种混淆不清者，如百合与卷丹；药用部位不准确者，如五倍子误认为果实；药物归类不当者，如将生姜、薯蓣列为草类等，予以一一澄清更正。李时珍虽然反对服食仙丹，却以科学的态度应用炼丹方法，研制水银医治疮疥等病，用炼金术烧制外用药物。
《本草纲目》集成了多学科知识，达尔文赞誉此书为“中国古代的百科全书”。(www.xing528.com)
此书虽为中药学专书，但涉及范围广泛，对植物学、动物学、矿物学等内容亦有很多记载。《本草纲目》不仅为中国药物学的发展做出了重大贡献，以其科学性和实用价值在世界药物学、医学、植物分类学和生物学领域也占有重要地位。王世贞称它为“格物之通典”，达尔文在创作其著作《物种起源》时曾多次引用《本草纲目》中的内容。
《本草纲目》出书过程历经磨难。该书编撰完成之后多年，李时珍赴黄州、武昌、南京多地，联系刻印之事，皆失望而归。他晚年居家，一边继续行医为百姓诊病，一边多方求助，希望凝结自己毕生心血的著作早日面世，发挥社会效用。1590年，完稿12年的《本草纲目》终于在金陵藏书家胡应龙的支持下，开始刻版。30余年的辛劳，总算得遇知音。可惜这种喜悦来得太晚，不久李时珍就病倒，在1593年病卒于家中，临终未能见到自己写就的著作问世。弥留之际，李时珍嘱咐儿子李建元，一定要将刻印好的《本草纲目》进奉给朝廷。李时珍去世后3年即1596年，《本草纲目》在南京刻印完成。
《本草纲目》对世界医学界产生了诸多积极影响。首先，促进了我国本草学的进一步发展。倪朱谟的《本草汇言》、赵学敏的《本草纲目拾遗》、黄宫绣的《本草求真》等，均是在李时珍的学说启示下而著成的。随着国际间的文化交流，《本草纲目》很快流传到日本、朝鲜、越南、印度，作为医学书籍被翻译、翻印、学习。其次，《本草纲目》在欧洲和美洲的传播，对西方科学产生了一定影响，欧洲最著名的植物学家林奈也对李时珍的植物分类法大加推崇，英国科技史学家李约瑟博士称赞李时珍为“药物学界之王子”。《本草纲目》2008年被列入我国第一批《国家珍贵古籍名录》，2010年入选《世界记忆亚太地区名录》，2015年国家出版基金项目之“医药卫生类”中第一个项目就是《本草纲目研究集成》。
明代文学家、史学家王世贞为《本草纲目》写序，称赞道：“博而不繁，详而有要，综核究竟，直窥渊海。兹岂仅以医书觏哉，实性理之精微，格物之通典，帝王之秘录，臣民之重宝也。”
本草凝天地之灵韵，良方聚古今之智慧，医者创生命之传奇。李时珍是中华民族的骄傲，他的一生，为民族的医药事业做出了伟大的贡献；《本草纲目》是世界文化的瑰宝，时至今日它仍是中医从业者学习与诊疗的参考书籍，替李时珍以另一种方式继续悬壶济世、泽被后人、千古流芳。
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