菌种的选择对发酵剂的质量起着重要的作用，应根据不同的生产目的选择适当的菌种。要以产品的主要技术特性，如产香、产酸、产生黏性物质及蛋白水解能力等作为发酵剂菌种的选择依据。
（一）产酸能力
不同的发酵剂产酸能力会有很大的不同。判断发酵剂菌种产酸能力的方法有两种，即测定产酸曲线和进行酸度检测。产酸能力强的发酵剂在发酵过程中容易导致产酸过度和后酸化过强。生产中一般选择产酸能力中等的发酵剂为宜。
（二）后酸化
后酸化是指酸乳酸度达到一定值后，终止发酵，进入冷却和冷藏阶段仍继续缓慢产酸的过程。后酸化包括三个阶段：
（1）冷却过程产酸（指从发酵温度42 °C降至20 °C时酸度的增加），产酸能力强的菌种，此过程产酸量也较大，特别是冷却比较缓慢时；
（2）冷却后期产酸（指酸乳从20 °C降至10 °C）；
（3）冷藏阶段产酸。
在任何情况下都应选择后酸化尽可能弱的发酵剂，以便于控制产品质量。
（三）产香性
与酸乳的特征风味相关的芳香物质主要是乙醛、丁二酮（双乙酰）、丙酮、3-羟基丁酮和挥发性酸。评价的方法有：
1.感官评定
进行感观评定时应考虑样品的温度、酸度和存放时间对品评的影响，品尝时样品温度应为常温，因为低温对味觉有阻碍作用；酸度不能过高，因为酸度过高对口腔黏膜刺激过强可将香味完全掩盖；样品要新鲜，应为生产后24～48 h内的酸乳，因为此阶段是滋气味和芳香味形成阶段。
2.挥发酸的测定
通过测定挥发酸的量来判断芳香物质的产生量。挥发性酸含量越高，意味着生成的芳香物质的含量越高。
3.乙醛的测定(www.xing528.com)
乙醛（主要由保加利亚乳杆菌产生）是酸乳的基本风味物质，不同的菌株产乙醛能力不同。因此，乙醛产生能力是选择优良菌株的重要指标之一。
（四）黏性物质的产生
发酵过程中产生的微量黏性物质，有助于改善酸乳的组织状态和黏度。特别是对固形物含量低的酸乳尤为重要。但一般情况下，产黏性菌株往往对酸乳的其他特性（酸度、风味等）会有不良的影响，因此选择这类菌株时，最好和其他菌株混合使用。
（五）蛋白水解活性
乳酸菌的蛋白水解酶活力一般较弱，嗜热链球菌的蛋白水解活性甚至可以忽略不计，而保加利亚乳杆菌表现出—定的蛋白水解活性，可产生大量的游离氨基酸和肽类。影响发酵剂蛋白水解活性的因素主要有：
1.温 度
低温（如3 °C冷藏）时蛋白水解活性弱，常温时活性强。
2.pH
不同的蛋白水解酶具有不同的最适pH范围。pH过高，易积累蛋白水解的中间产物，给产品带来苦味。
3.菌种与菌株
嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌的比例和数量会影响蛋白质水解的过程。不同菌株其蛋白水解活性也有很大的不同。
4.时 间
贮藏时间的长短对蛋白水解作用有一定的影响。
发酵剂菌种的蛋白水解作用会对酸乳产生一些影响，如可刺激嗜热链球菌的生长产酸、增加可消化性，但也会带来产品新鲜度下降、出现苦味等负面影响。
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