日本迅速行动了，成立战时大本营，制订对清国作战方案。这是一个海陆两军协同作战的方案，详细步骤分为两步。
第一步：陆军在朝鲜登陆，夺取汉城，接着海军从海上支援陆军占领平壤，然后把清军全部赶出朝鲜，占领朝鲜全境。
第二步：从朝鲜过鸭绿江打到清国去。根据战局发展的情况，按照从最好到最坏打算，分为甲乙丙三种方案。
甲方案：以朝鲜为基地，派一支陆军进攻辽东半岛，威胁奉天（沈阳），牵制清国在渤海口的守军，趁机夺取大连、旅顺。接着陆军主力在辽东半岛和渤海湾登陆，进攻天津、北京，迫使清国签订城下之盟——为达此目的，联合舰队必须全力扫荡清国海军，聚歼北洋舰队主力于海上，夺取黄海和渤海制海权。
乙方案：若清国只以北洋舰队迎战（注意这句话），联合舰队则有取胜把握，若清国举全国海军来战，则胜负难料——如果不能控制渤海，而清国海军也未能控制日本近海，则联合舰队应向朝鲜输送陆军，将清国在朝鲜所有军队击退，从清国手中夺走朝鲜。
丙方案：万一海战不利，不仅未取得渤海、黄海制海权，日本近海制海权也落入敌手，陆军主力则应留守本土，保卫本土安全。在本土安全有基本保证的前提下，陆军仍然需要分出兵力从对马海峡以北通过海上远程运输登陆朝鲜，击败在朝鲜清军，达到夺取朝鲜的目的。
我们来分析一下这个方案。
首先，日军最重视的是海战，一切都取决于海上决战的结果。其次，日军最为担心的是清国也像他们那样将全国所有的军舰统一编队，统一指挥，但事实将很快证明这种担心是多余的。最后，这是一个彻底的进攻方案，只考虑进攻，防守是不需要考虑的——即使在本土安全受到威胁的情况下，还要分兵去占朝鲜。什么叫疯狂赌一把？这就是。
在战时大本营成立后，紧接着，睦仁指示成立“陆军中央金柜部”。这个部门是专门为战争提供财政支持的，归睦仁直接领导。中央金柜部有权力动用日本所有的财政资源，军费开支由它直接调拨，而不需要通过内阁和议会的同意。
在这些准备工作之后，日本的入朝部队成立了。他们是从陆军第五师团中精心挑选出的精兵强将，包括步兵、炮兵、骑兵、工兵、辎重兵、卫生员等，组成了一个混成旅团，总兵力7800人——这又可以算得上是一次掏家底的豪赌，第一次派兵就派了全国总兵力的1/10。(www.xing528.com)
虽然是赌，但这个兵力是通过计算得出来的，具体情况接下来我们就会清楚。
清军也在行动了。6月5日，李鸿章在天津直隶总督衙门发出命令：调派一支2500人的淮军前往朝鲜！
虽然两国都是派兵，但它们之间有很大的不同：
1.任务不同。对于清军来说，他们前往朝鲜，只是帮助朝鲜政府平息东学党叛乱，根本没有察觉到日军已经做好了要跟自己打仗的准备；而日军则是前来占领朝鲜和找机会跟清军打仗的。由于目的不同，有了在兵力和目的地上的不同。
2.兵力不同。清军按照国际惯例派出了一支不超过3000人的军队，日军根据对清军兵力的估计，制订了进入朝鲜部队应该有7000人左右的计划（两倍于清军，保证首战有必胜把握）。
3.目的地不同。清军开赴的目的地是与东学党起义军直接交战的前线——仁川附近的牙山县。而日军的目的地是汉城，进入朝鲜的日军迅速占领了汉城以及从仁川到汉城的所有交通要地，从而保证了将来通过海路从日本本土继续向朝鲜增兵的便利。
战争还未打响，在朝鲜的兵力部署上清国已经处于巨大的下风，清国一门心思前来“帮助”朝鲜平乱，却并没有做好清日之间可能爆发战争的预案，至于真正的战争准备，更没有人关心。
但在这时，东学党起义军做出了一个令所有人都惊讶的举动。这一举动直接打乱了日军所有的部署，把他们气得差点儿吐血。
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