主要著述有《岳村政治--转型期中国乡村政治结构的变迁》和《中国当代农民的维权抗争：湖南衡阳考察》等。
作品介绍
1，社会泄愤事件中群体心理研究——对“瓮安事件”发生机制的一种解释
2，农民维权与底层政治
3，中国的社会泄愤事件与管治困境
4，基督教的发展与中国社会稳定
5，于建嵘李连江：县政改革与中国政治发展（合著）
6，集体行动的原动力机制研究——基于H县农民维权抗争的考察
8，当代中国农民维权组织的发育与成长
9，20世纪中国农会制度的变迁及启迪
10，清代与民国保甲体制的比较
12，乡镇自治：根据和路径——以20世纪乡镇体制变迁为视野
13，当代中国农民的以法抗争
14，农村黑恶势力和基层政权退化——湘南调查
15，农民有组织抗争及其政治风险——湖南省H县调查（三）
16，农民有组织抗争及其政治风险——湖南省H县调查（二）
17，农民有组织抗争及其政治风险——湖南省H县调查（一）
18，农民是如何失去土地所有权？
19，村组干部话说“三农问题”
21，乡村建设运动对农村政治结构的影响
22，乡村自治：皇权、族权和绅权的联结
23，人民公社的权力结构和乡村秩序
24，近代中国地方权力结构的变迁
25，中国农村政治的现状和发展趋势
26，黑恶势力是如何侵入农村基层政权的？——对湘南40个“失控村”的调查
27，失范的契约：形式民主下的枷锁
28，乡村选举：利益结构和习惯演进——岳村与南村的比较
29，在农民反抗的背后——湖南农村群体性事件的调查和分析
30，如何破除山西省长们的宿命
31，超越“省管县”，县政自治才是治本策
32，对一封来信的两点回答
33，侵犯信访公民合法权利的制度根源是什么？
34，治乱与治吏
35，土地流转要遵循自愿有偿原则
36，如何走出施政和维权的暴力困境？
37，改革与法治及解释权
38，谁在承受截访的成本？
39，再论社会泄愤事件：瓮安事件的反思
40，底层社会的政治逻辑
41，转型中国的社会冲突——对当代工农维权抗争活动的观察和分析
44，让劳动者有能力保护自己
45，学者和庸医及农民的鲜血(www.xing528.com)
46，农民土地维权抗争的调查
47，转型期中国的社会冲突——对当代工农维权抗争活动的观察和分析
48，启蒙与知识精英的话语霸权——来自田野的思考
50，土地问题已成为农民维权抗争的焦点
51，我为什么主张重建农民协会？
52，建东书房记
53，要重新认识农民和解放农民
54，中国工人阶级状况：安源实录（片段）
55，当代中国维权农民群英谱
56，村民话说“三农问题”
57，县乡领导话说“三农问题”
58，学者话说“三农问题”
59，为基督教家庭教会脱敏
61，中国的政治现实和我的梦想
62，中国的底层社会：我的研究和立场
63，解决利益冲突是建设和谐社会的基础
64，中国的骚乱事件与管治危机
65，2006年4月3日在美国耶鲁大学的演讲
66，转型中国的社会冲突
于建嵘谈中国农民的增收途径
于建嵘谈中国农民的增收途径
67，转型期中国的社会冲突和秩序重建
68，中国信访制度批判
69，当代中国农民的维权活动与政治
70，终结革命：背弃承诺抑或重构价值——解读20世纪中国工农运动
71，中国农村的政治危机：表现、根源和对策
72，社会危机治理暨公民社会转型论坛纪要
73，于建嵘单光鼐：群体性事件应对与社会和谐（合著）
74，于建嵘对话毛里和子：政治发展：东亚经验和中国特色
75，中国基督教家庭教会向何处去？——与家庭教会人士的对话
76，中国的政治传统与发展——于建嵘对话裴宜理
77，于建嵘对话蔡永飞：呼唤县级地方立法权
78，解决中国农民问题需要新思维——于建嵘答澳大利亚驻华大使芮捷锐问
79，于建嵘对话陈志武：把土地还给农民
80，于建嵘对话斯科特：底层政治与社会稳定
81，乡村政治改革——解决“三农问题”的关键
82，农民维权重心出现重大变化
83，于建嵘：当前中国能避免社会大动荡吗？——2009年2月9日在日本早稻田大学的演讲
84，抗争性政治：中国政治社会学基本问题
2010年12月，经30万网民自发投票，与戴旭、易宪容、郎咸平、曹建海、郭亦平、时寒冰、张宏良、孙锡良，被确认为“中国互联网九大风云人物”（2010中国互联网九大风云人物）之一。他们被广大网民称为“中国底层民意的真实代表”、“21世纪中华民族的优秀子孙”、“中国最有良心的一批文人”。
2011年10月，他们九人再次被40多万网民推举为“中国底层九大意见领袖”。
2011年12月，由腾迅网新闻频道一篇《说公知论公知，谁是公知》 的文章引发了网络大讨论，千万网民参与。绝大多数网民认为公知评选过滥，公知几乎成了贬义词。但绝大多数网民认可“九大风云人物”这次评选，认可包括于建嵘在内的九大风云人物接近“公共知识分子”的标准。
2010年获选《南方人物周刊》中国魅力50人----布道之魅。
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