土地征收补偿的分配主体是享有并行使土地征收补偿分配资格、负责与分配相关事务的主体。农村集体土地既然是“集体”的土地，那么由该“集体”负责相关的分配事宜是最合适的，物权法也规定土地补偿费等费用的使用、分配办法等事宜应当依照法定程序经本集体成员决定。[31]然而，集体作为一个共同体，不可能在任何情况下都适合由全体成员共同做出决定，其具体事务的组织还需有一个特定的机构来承担。就此，集体经济组织天然地具有分配权，并且，集体经济组织在法律上也有明确的定位，因此由其负责土地征收补偿的分配是最合适的。然而，现实中集体经济组织多已名存实亡，已经无法承担这一职责以保证补偿费公平合理的分配。也正因为如此，物权法明确规定，对于集体所有的土地和其他自然资源，由集体经济组织或者村民委员会、村民小组代表集体行使所有权。这样，村民小组与村民委员会就取得了土地征收补偿的分配权。特别是村民委员会，大多数情况下行使着土地征收补偿的分配权。
在集体组织名存实亡，无力承担相应职能的背景下，由村民委员会来行使土地征收补偿分配权是个不得已的选择。但问题在于，村委会作为农村自治性组织，是一个政治性的组织，在实际生活中具有准政府的职能，比如协助政府完成计划生育、税收、征兵、民兵训练、拥军优属等政府职责，由村委会负责土地补偿分配，由于缺乏权力的约束，很可能导致公款挪用，滋生腐败。[32]基于这一现实，我们一方面要认识到，由村民委员会来行使分配权、负责土地征收补偿的组织工作是必要的；另一方面，也要通过一定的规则设定，尽量保证土地征收补偿分配的公正性和合理性。
为达到土地征收补偿公正合理分配这一目标，首先需要明确，村民委员会作为分配主体，只是分配事务的具体组织者，而不是最终决定者，最终分配方案如何确定，要按照物权法等法律的规定，由集体成员通过村民大会或村民代表大会共同决定。由村民大会或村民代表大会作为土地征收补偿分配的最终决定者，是土地的农村集体所有的法律性质决定的。既然土地是集体所有的，那么在土地征收补偿分配时就应最广泛地体现集体的意志，虑及大多数成员的利益。如《四川省人民政府贯彻落实〈国务院关于深化改革严格土地管理的决定〉的实施意见》规定：“根据土地补偿费主要用于被征地农户的原则，全征全转、撤销建制的，土地补偿费经该集体经济组织2/3以上的成员同意，可直接支付给被征地农户。”(www.xing528.com)
在明确由村民委员会或村民代表大会作为分配方案的最终决定者之外，还需要进一步明确分配的具体规则，如方案拟定规则，在拟定过程中应吸收全体集体成员的意见；加强分配过程的信息公开，保证整个分配过程都在阳光下进行，杜绝暗箱操作，减少腐败发生的可能性；完善对分配过程中的监督，一旦村民发现分配过程中存有疑问，即可按照相应的监督程序进行监督。
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