在人们普遍接受使用证据证明刑事案件事实的思维模式中，总免不了出现证据不足，案件事实不清的情形。如何处理该情形下的案件，成为执法办案人员不可回避的现实难题。从抉择方式看，只能有两种：一是继续收集证据，以谋求达到证据充足、事实清楚的状态。二是对继续收集证据不再抱有希望，了结案件。前者虽然有可能获得充足证据，但是，经过努力后，仍不能收集足够证据的结果还是难以避免的，再次成为后者的情形。如何正当、合理解决证据不足时的疑难案件，无罪？还是有罪？
从各国证明制度发展历史中，可以看出：在封建专制诉讼制度下，一个人一旦被认为涉嫌犯罪，就推定他是有罪的，除非他能证明自己无罪。在相当长时期，人们办理刑事案件证据不足时，推定有罪，被普遍认同，即有罪推定。在国外，该情形直至欧洲文艺复兴。1764年，意大利伟大的法律思想家贝卡里亚在其名著 《论犯罪与刑罚》 中提出：“在法官判决之前，一个人是不能被称为罪犯的。只要还不能断定他已经侵犯了给予他公共保护的契约，社会就不能取消对他的公共保护。”[1]这段话被理论界认为是 “无罪推定”刑事司法理念的起源。该理念自提出之后，便立即获得当时正在经历资产阶级革命的一些国家正式法律或判例的认同。如，1789年 《法国人权宣言》 第9条规定：“任何人被判决有罪之前应当视为无罪。” 1895年美国联邦最高法院在其作出的有关判例中指出：“有利于被告人的无罪推定原则是无可置疑的法律，是带有公理性质的和最基本的，它是执行我国刑事司法最根本的内容。”[2]此后，无罪推定刑事司法理念被联合国一系列规范文件确认。如，联合国 《世界人权宣言》 第11条规定：“凡受刑事控告者，在未经获得辩护上所需的一切保证的公开审判而依法证实有罪以前，有权被视为无罪。” 《公民权利和政治权利国际公约》 第14条第2款规定：“凡受刑事控告者，在未依法证实有罪之前，应有权被视为无罪。” 联合国人权事务委员会对此作如下解释：无罪推定是保护人权的基本要素，要求检方提供控诉的证据，保证在排除所有合理怀疑证实有罪之前，应被视为无罪，确保对被告适用无罪推定原则，并要求根据这一原则对待受刑事罪行指控者。所有公共当局均有责任不对审判结果作出预断，如不得发表公开声明指称被告有罪。被告通常不得在审判中戴上手铐或被关在笼中，或将其指成危险罪犯的方式出庭。媒体应避免作出会损及无罪推定原则的报导。此外，预审拘留时间的长短并不能说明罪行情况和严重程度指标。拒绝保释或在民事诉讼中的赔偿责任判决并不会损及无罪推定。[3]截至2011年8月，世界上已有167个国家正式加入 《公民权利和政治权利国际公约》，这意味着无罪推定已经成为当今世界普遍接受的刑事司法原则。
无罪推定是针对封建专制下的纠问式刑事诉讼中的有罪推定而言的。有罪推定是对纠问式刑事诉讼中一系列现象的归纳，这些现象包括，被告人主要作为诉讼客体而存在，没有辩护权；被告人是主要证据来源，其认罪口供是最有价值的证据之一，为取得口供可以刑讯；审判无须公开；司法程序缺乏公正的保障，司法与行政不分，控诉与审判不分；被指控犯罪的人，可以不经其他司法程序而被拥有审判权的机关确定为犯罪，等等。所有这些现象，均体现了这样一种观念：被指控的人，在法律上可以被视为罪犯，并给予相应的处遇。[4](www.xing528.com)
为了进一步把握无罪推定的本质，还需要关注以下几点：[5]其一，和无罪推定对立的是有罪推定，任何一种违反无罪推定要求的事实或法律原则都是有罪推定的表现。所以，为了正确理解无罪推定的要求，为了充分保证无罪推定的贯彻，都必须在研究无罪推定的同时对有罪推定加以适当分析和考虑。其二，无罪推定和有罪推定不仅是刑事程序法上的问题，并且也是刑事实体法上的问题。有些有罪推定出现于刑事程序法中，有些却出现于刑事实体法中。无罪推定具有积极与消极两方面的要件。积极方面的要件大都属于刑事程序法的范畴，但消极方面的要件，即法律原则及法律实践中无有罪推定的迹象，都必须贯穿于刑事实体法和刑事程序法两个范畴。因此，有必要将有罪推定与无罪推定当作刑事法律科学 （包括刑法学与刑事诉讼法学） 的共同问题来加以研究。其三，无罪推定和有罪推定的表现形式不一而是。有的通过成文法 （包括立法机关及有权立法的机关制定的法规） 的规定表现出来；有的通过不成文法 （包括成文法以外的法的规范，如习惯法、裁判例、“法律原理” 或 “法律意识” 等） 表现出来；更有的通过法律的实践 （包括司法及其他方面的法律实践） 表现出来。通过成文法的规定表现出来的和通过不成文法表现出来的都可能具有两种形式：一种是直接形式，即正面地将无罪推定或有罪推定的公式提出来；另一种是间接形式，即虽不正面地提出无罪推定或有罪推定的公式，而实质上却具备无罪推定或有罪推定所必须具备的条件。
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