所谓南运口，是指淮扬运河通向黄河（即淮河）南岸的入口。本书第十八章已经说过，明朝的南运口曾经变化不定。明初永乐年间，平江伯陈瑄开通清江浦，其南运口为鸭陈口（因在运口建有新庄闸，故通称该运口为新庄闸）。因鸭陈口正对北岸的小清口，黄河水势从小清口直冲鸭陈口，常发生黄水倒灌运河之虞。因此到了嘉靖年间，都御史周金建议在清江浦的尾闾处，开挑三里沟运道通向洪泽湖，并在沟口建通济闸，从而将南运口由原来面向黄河的新庄闸，挪移至面向洪泽湖的通济闸，至隆庆末年，三里沟也淤塞了。万历元年（1573年），时任总理河漕的万恭，将南运口从通向洪泽湖又恢复至通向黄河，并在运口建闸名天妃闸。至万历六年（1578年），潘季驯又将南运口移至洪泽湖畔，并拆去万恭所建的天妃闸，在甘罗城南修建新闸，仍名天妃阐。
清初，鉴于明朝潘季驯所定的南运口，虽然位于洪泽湖畔，但距黄淮交会处（即清口）仅二百丈（约合660米），黄流经常倒灌入运口，泥沙使运口及运河的底部不断垫高，不仅需要年年挑浚，颇费人力和财力，而且面临着“黄淮两河汇合，潆洄激荡，重运出口纤挽者每艘常七八百或至千人，鸣金合噪，穷日之力，出口不过二三十艘，而浊流奔赴，直至高、宝城下，河水俱黄，居民至澄汲以饮”[86]。对于这种状况，非加改变不可。
康熙十六年（1677年），靳辅奉命治河治运，其时洪泽湖原来颇为宽阔的出口处已淤成平陆，湖水只能从仅存的一小河流向清口，而大部分湖水则从湖的东南部流向高、宝诸湖，造成里下河一带连年灾害。靳辅面对如此局面，当机立断在清口淤陆之处开挑四条引河，使湖水主要从清口流出；康熙十八年（1679年），又移南运口于烂泥浅之上。为此，“自新庄闸西南，开渠一道至太平顼；又自文华寺永济河头起，开渠一道引而南；经七里闸复转而西南，亦接太平坝，均达烂泥浅之引河，内则两渠并行互为月河，以舒急溜而备不虞；外则河渠离黄水交淮之处不下四五里。又有裴家场、帅家庄二水乘高迅注以为之外捍，而烂泥浅一河分其十之二以济运，挟其十之八以射黄”[87]。经过靳辅治理后，终于出现了“重运过淮，扬帆直上如历坦途，运河永无淤垫之虞，淮民岁省挑浚之苦”的可喜局面。
靳辅设置的南运口，后来为避黄流倒灌，在康熙四十一年（1702年）、雍正十年（1732年）和乾隆二年（1737年）曾有过多次变动。但自乾隆四十一年（1776年）重新开通陶庄引河（陶庄引河始开于康熙三十八年即1699年，其后淤平）、清口东移至北岸杨庄运口的对岸后，南运口与黄河的距离扩大到五里之遥，黄流倒灌运口的现象明显减少，南运口的位置也很少有变动了。
嘉庆十年（1805年），为了有效地利用因清口东移而留下的一段黄河河道，将位于南运口以北的束清坝（即乾隆时所建的兜水坝）移至南运口以南，而将已经过多次东移的束水西坝，再次东移至福神庵附近的新清口以西，改称为御黄坝，使束清与御黄两坝之间形成一个五里长的大船闸。当漕船自南运口横渡黄河驶向北运口时，船闸的操作步骤如下：先开启束清坝（事先在束清坝中央的口门上筑简坝将口门堵塞。所谓开启束清坝，就是拆去口门上的简坝），使清水和漕船一起进入船闸，然后关闭束清坝（即将坝中央的口门重新堵塞），漕船即可自南运口顺利地驶向御黄坝。如果此时船闸内的水位高于黄河水位，就可以开启御黄坝，使清水连同漕船一起出坝进入黄河；如果此时船闸内的水位低于黄河水位，则需要等待黄河水位下降至低于船闸内水位时，再开启御黄坝；如果黄河水位久等不降，则只能采取引黄济运的措施，即开启御黄坝，让黄水涌入船闸，以抬高船闸内水位至黄河水平相同时，漕船就可顺利出坝进入黄河。由于清水水位高于黄河水位的机会较少，而通常是黄河水位高于清水水位，因此在利用船闸方式横渡黄河时，常常要开启御黄坝引黄水进入船闸，黄水中的泥沙不断淤积在作为船闸的这一段河道中，使这一河段严重淤垫，而且难以疏治，这完全是长期引黄济运的结果。道光五年（1825年），两江总督琦善曾对当时清口一带的严峻形势，有如下的表述：(www.xing528.com)
臣抵清江，即赴运河及济运、束清各坝，逐加履勘。自借黄济运以来，运河底高一丈数尺，两滩积淤宽厚，中泓如线。向来河面宽三四十丈者，今只宽十丈至五六丈不等，河底深丈五六尺者，今只存水三四尺，并有深不及五寸者，舟船在在胶浅，进退俱难。济运坝所蓄湖水，虽渐滋长，水头下注不过三寸，未能畅注，淮安三十余里皆然。[88]
鉴于当时的淮扬运河已陷于不可救药的困境，朝廷不得不开始考虑暂停河运而尝试着改行海运。“卒以黄、运两河受病已深，非旦夕所能疏治，诏于明年（注：指道光六年即1826年）暂行海运一次。”[89]
以上就是清朝对南运口的改造情况。关于北运口的改造情况，已详述于本章“靳辅开中运河”一节，这里不再赘述。
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