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实验方法:采集霉菌样品的分子生物学技术鉴定

时间:2023-06-20 理论教育 版权反馈
【摘要】:样品1和样品2上采集的霉菌试样分别命名为S1和S2。图5六株霉菌在PDA培养基上的显微图像1.2.3霉菌的分子生物学技术鉴定分子生物学技术鉴定主要流程包括霉菌基因组DNA的提取、ITS区PCR扩增、序列测定和系统发育分析等。

实验方法:采集霉菌样品的分子生物学技术鉴定

1.2.1 霉菌的采样、培养和分离纯化

在无菌操作室,用接种针在纸币上有霉菌的地方采样,使孢子附着在接种针上,用画线法将孢子接种到PDA平板培养基上。将接种完的培养皿置于培养箱中,在28℃条件下培养7天,得到霉菌试样。样品1和样品2上采集的霉菌试样分别命名为S1和S2。根据培养基上的菌落形态和颜色差异分析,S1霉菌试样中有4种菌株,分别命名为S1(a),S1(b),S1(c),S1(d);S2霉菌试样中有2种菌株,分别命名为S2(a),S2(b)。

挑取单菌落,对霉菌试样进行分离纯化。分别挑取各平板上菌落边缘的菌接种于新的培养基上进行分离培养,培养7天后,再次根据菌落的形态及菌落边缘的整齐情况、湿润程度等现象,挑取出单菌落,重复纯化3次,最终成为单菌落。

1.2.2 霉菌的形态学观察

将分离纯化的霉菌做插片培养,用LEICA DM4000 M型显微镜观察霉菌的形态特征。

S1(a)霉菌显微镜观察结果见图5a。显微镜视野内的菌丝厚绒状,黑色,中央部分略带黄褐色,分生孢子头球形,分生孢子直径约4μm,孢子呈成串球状,它与黑曲霉的形态特征相似。S1(b)霉菌显微形貌观察结果见图5b。菌落绒状,灰黑色至黑色,分生孢子梗较短,分隔,分生孢子壁砖状,具3~5个横隔,褐黑色,常十数个成链,它与链格孢属形态特征相似。S1(c)霉菌显微形貌观察结果见图5c。菌丝在基物表面或内部匍匐,分隔,菌丝绒状或絮状,橄榄色,分生孢子梗几乎是直立且分支,分生孢子球形或卵形,构成链状分枝,分枝甚繁,它与枝孢属形态特征相似。S1(d)霉菌显微形貌观察结果见图5d。在PDA培养基上菌落呈白色绒毛状,菌丝生长速度慢,菌丝生长蓬松,多为气生菌丝,菌丝在显微镜下观察无隔,有些呈螺旋状扭结,菌丝直径3—5μm。S2(a)霉菌显微形貌观察结果见图5e。它在培养基上生长缓慢,边缘整齐或有细小缺裂,菌丝致密,表面由内向外依次为白、淡褐色、淡青色,背面淡黄褐色绒毛样菌落,菌落表面可见辐射状沟纹,分生孢子结构较多而细,孢子直径5μm左右。S2(b)霉菌显微形貌观察结果见图5f。它在培养基上生长快,菌落初期为白色,气生菌丝发达,蓬松至毡状,后因产生大量的无性孢子团而呈浅黄至金黄色,菌落反面为奶油色,中心略淡棕色。

总之,从霉变纸币样品中分离纯化得到真菌6株,通过菌落形态观察发现其生长情况有较大的差异,属于不同的类别。6株菌均能产生大量的孢子,这表明,霉变纸币上霉菌生存能力很强。

图5 六株霉菌在PDA培养基上的显微图像

1.2.3 霉菌的分子生物学技术鉴定

分子生物学技术鉴定主要流程包括霉菌基因组DNA的提取、ITS区PCR扩增、序列测定和系统发育分析等。(www.xing528.com)

采用植物基因组DNA提取试剂盒法进行霉菌DNA的提取。PCR扩增得到的DNA模板用真菌核糖体DNA转录间隔区(ITS)通用引物(ITS1 5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’,ITS4 5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’)进行PCR扩增。PCR反应均在50μL标准反应体系中进行,PCR反应体系(50μL):ITS4 1μL,ITS5 1μL,Taq DNA polymerase 1μL,10×Taq buffer 5μL,dNTPs 1μL,DNA模板3μL,ddH2O 38μL。PCR循环过程:95℃预变性3min,95℃变性2min,56℃退火35s,72℃延伸1min,重复变形到延伸过程34个循环,72℃延伸10min。

扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测提取到的DNA纯度。

PCR产物送去公司测序,测序结果在NCBI网站“blastn”从GenBank数据库检出与所测序列同源性较高的序列,结果见表1。

表1 6株分离株的18Sr DNA序列同源性分析

续表

在GenBank核苷酸数据库中挑选出同源性最高的序列,利用ClustalX软件分别对6株菌株序列与同源序列进行比对,然后用MEGA6.0软件构建Neighbor-Joining分子系统进化树,并进行1000次Bootstrap统计学检验,结果见图6。

图6 基于18Sr DNA序列的6株菌株系统发育树(n-j tree)

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