磨沟墓地齐家文化墓葬的埋葬方式以土葬为主，同时也发现有少量火葬以及个别土葬与火葬混合埋葬的现象。土葬通常是指尸体直接埋入墓穴之中的埋葬方式。而所谓火葬，则是指尸体经焚化、骸骨经碎化处理后再葬入墓穴的埋葬方式。碎化的骸骨多置于陶器之中，陶器少则1件，多者3件，个别骸骨则直接置于偏室之中。推测火葬者的埋葬方式及盛放骸骨的陶器数量，可能与死者的年龄即碎化的骸骨体积有关。
土葬现象甚为复杂。按照人骨出土时的放置特点，可进一步分为一次葬、二次葬、迁出葬、扰乱葬及人骨推挤现象等。
在一次葬中，除了竖穴土坑单人葬外，合葬墓中即便两具或更多尸骨具有一次葬特征，往往也不便确定这些个体就是同时埋葬的。原因在于，这些尸骨所具备的一次葬特征，时常受到墓穴空间以及葬入后来者时尚未白骨化的直接影响。有时甚至还会因偏室空间不足、先期葬入者尚未白骨化而不便推挤，致使葬入后来者时不得不以特定的方式向墓道方向拓展空间，如M861（图五）。另外，在正常埋葬的个体中，除了仰身直肢一次葬，还有少数侧身屈肢（含微屈）一次葬。侧身葬既有女性，也有个别男性。女性侧身屈肢曾被视为妻妾殉葬的证据，但磨沟墓地发现的情况恰恰相反，实际应是亲密关系的一种表现形式。M1227的成年男女侧身相向，面部紧贴，男性右手搂于女性腰部，女性左手搂于男性腰部，不似活埋而应是“被亲密”的埋葬结果（图六）。尤其右偏室的成年女性侧身面向二次葬的成年男性，而左偏室的成年女性与儿童却为仰身直肢葬，况且墓道下部还有两层三具殉葬的人骨个体[71]。
图五 M861人骨出土状况
图六 M1227局部
二次葬一般是指按照一定方式对白骨化后的尸骨重新进行安葬的埋葬方式。二次葬与迁出葬虽然不无联系，但不能完全等同起来。以往二次葬通常被认为是在异处完成白骨化过程后再行安葬所形成的，其中也包括与迁出葬相对应的迁入葬。而磨沟墓地发现二次葬，除了部分可能与迁出葬有关外，更多的却是原穴或同穴异室二次葬。除了M84右偏室的成年男性源自该偏室下层、两根腓骨遗留于下层黑色花土堆积以外，M206右偏室发现有三层零散人骨，而左偏室则为多人二次葬。再说，类似的二次葬现象还不止这两座墓葬。
图七 M240局部扰乱人骨(www.xing528.com)
甘青地区史前二次扰乱葬已经受到学术界的关注。磨沟墓地的发现不仅证实了二次扰乱葬存在的事实，还进一步揭示出二次扰乱的方式与过程。扰乱葬可分有序扰乱和无序扰乱，也可概括为局部扰乱和整体扰乱。所谓有序扰乱，就是指人骨虽经扰乱但程度有限，扰乱部位多限于上半身，甚或仅身首分离，而其余部分仍保持一次葬特征。实例则如M240，该墓为单偏室墓，竖穴墓道底部叠葬两人，骨架完好；左偏室内葬有三人，但只有内侧的儿童（性别不明）骨骼俱在偏室之内（图七）。而头龛的女性头骨和墓道内的男性头骨，恰与偏室人骨（近墓道者为女性、中间为男性）缺失的头骨数量及性别年龄特征吻合。尤其头龛底面高于墓道底部约40厘米，且这具头骨之下还压有一层厚约4～5厘米的沉积土。显然，这种头骨位移现象只能是人为的有意扰动，且应是墓道完全填埋之前扰动的，否则便无法解释墓道底部上下叠置的两具人骨何以保存完好。尤其M929偏室内仅葬一人，但其左小臂皆为桡骨而右小臂皆为尺骨，右腿骨也存在扰动痕迹（图八）。这种扰乱现象，一般只能是在尸体白骨化以后才能进行。从墓道保存较好、未发现被打破现象的情况分析，应是打开（如棚架封闭）而非挖开墓道进行的。无序扰乱是指人骨扰乱程度较甚，致使人骨堆放往往呈无序状态，无须赘言。
图八 M929单人二次扰乱葬
人骨推挤现象是在磨沟墓地发掘过程中逐步确认的。所谓人骨推挤就是指人骨虽经二次扰动但目的并不在于重新安葬被扰动的人骨，而是为了获取必要空间以埋葬后来者，明显不同于按一定顺序堆放的二次葬或二次扰乱葬。推挤程度取决于偏室空间大小及合葬人数多少，可初步概括为局部推挤和整体推挤两类，其中最为清晰可靠的则是局部推挤。实例如M230偏室内侧的两具成年人骨均经局部推挤。其中紧靠内壁的人骨上半身曾被推挤，而下肢骨等则有序地置于原位。而其外侧的成人骨架大部被推挤，下肢骨叠压在前者腿骨之上，但趾骨似乎还留在原位。亦即偏室脚端孤立存在的、较粗且长的趾骨，当与外侧两具少年骨架无关（图九），而内侧成人骨架之所以被局部推挤，显然是为了埋葬后来者。值得注意的是，这种推挤现象在竖穴土坑墓中也得到了确认。如M1216内葬两人，左侧男性虽经拢聚堆放，但具一次葬特征的脚骨却发现于墓穴脚端底面中部，当属原位保留，其余骨骼则被推挤位移，而推挤的直接原因就是为了合葬右侧的成年女性（图一〇）。显然，人骨推挤现象应是多次合葬的重要证据之一。
图九 M230人骨局部推挤现象
图一 〇M1216局部
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