1.会商机制自身功能发挥的局限性。依最高人民法院的观点，会商机制本身连通的是行政机关的许可审批和法院的司法裁定行为。具言之，于上市公司重整而言，有关专家咨询意见仅对人民法院批准重整计划的行为进行指导，而非为重整计划本身的制定提供指引。换言之，现有《上市公司重整纪要》中有关会商机制的引入，往往仅在“原重整计划草案可得一方批准，而另一方未予批准”情境下产生积极效果。
对于重整计划的制定者而言，其在含有重组方案的重整计划表决前，往往无法知悉法院、证监会对重整计划的基本态度，故其制定的重整计划仍有不获通过或批准的可能。在此情形下，若上述一方对重整计划相关内容予以否认，当事人即又得“从头再来”，再次制订并表决通过重整计划，于此不但有悖于程序效益，且有损制度功能的最大化。在本文看来，重组、重整计划因任一部门未批准而不产生效力（或无法执行）的情形，与两者同时未获证监会、法院的许可（批准），在法律效果上并未有过多区别。在此语境下，唯有使专家咨询意见对重整计划制定和表决本身产生积极影响，才是合理的制度设计。若无此效用，则重整计划获法院批准后因未获行政许可而无法执行，这与其在会商机制下遭到“双方”否决，从效果方面并无明显区别。相反，尽早获得代表“准官方”意志的专家咨询意见，并以此及时修改或完善尚未送裁或送批的重整计划草案，或许具有更大的实践价值。
2.行政权与司法权协调中存在的问题。对于上市公司重整中的（证券监管部门的）行政权和（人民法院的）司法权协调问题，依照《上市公司重整纪要》的表述，重整计划草案提交出资人组表决且经人民法院裁定批准后，上市公司无须再行召开股东大会，可以直接向证券监管机构提交出资人组表决结果及人民法院裁定书，以申请并购重组许可申请。依此，人民法院只需于行政许可作出前作出裁定并提交证券监管部门，且该裁定亦将对后续并购重组的行政许可申请产生一定影响。
对此，有观点认为：一方面，鉴于司法实践中缺乏涉及证券业务专业性的破产法院和破产法官，证券监管部门的介入便显得确有必要；另一方面，鉴于司法权对行政权的监督制约功能，以及司法行为的终局性和权威性，故不应在司法权确认通过重整计划之后再由行政部门来进行审批相应行政许可（此时重整计划中涉及行政审批的事宜也应当视为一并批准同意）。[22]且在比较法上，上述《上市公司重整纪要》的做法，在理念上与其他一些国家的做法也是相违背的。以美国上市公司破产为例，随着破产法的改革，美国证券交易委员会（SEC）经历了一个介入程度由多变少的过程，国会调整了重整程序中SEC的作用和地位，不再要求其先行批准重整计划，且SEC一般不参与重整计划草案的起草与谈判。[23]
此时，在“司法裁定作出在先”的情形下，为解决上述理论上的困境，存在一种可能的解决路径，[24]即在“重整计划被法院裁定批准而行政许可未获批准”场合，此时基于保护债权人依照重整计划规定的清偿方案受偿的期待，以及上述司法功能的保障，不妨认为司法裁判亦将对后续行政许可申请产生约束。(www.xing528.com)
但对此，本文并不赞同。
第一，真正充分参与重整计划制订和表决的债权人，理应明晰：就有关重整计划部分内容的实际执行，尚需经由证券监管部门的行政审批后，方可进行。而对于公权机关的行政许可行为，自得由其遵循法律法规和有关政策的规定依法作出。民事主体除却对行政机关依法行政享有合理期待外，并无要求产生肯定性结果的权利，且应当受行政审批结果的拘束，此亦即行政行为的公定力、不可改变力、执行力以及相应的不可争力之体现。[25]鉴于我国《证券法》目前仍对于证券发行采取较为严格的核准制度，更不宜仅凭所谓当事人的权利期待，即对证券监管部门的核准行为予以干涉。
第二，从会商机制的实现途径来看，其更多依赖行政机关和司法机关对于专家咨询意见等的尊重和认可，但这并非表明上述人民法院的裁定批准行为以及证券监管部门的行政许可批准行为相互之间应具有约束力。对此，《上市公司重整纪要》即指出：“并购重组审核委员会审核工作应当充分考虑并购重组专家咨询委员会提交的专家咨询意见。”由其中表述可见，尽管具有一定的参考意义，但人民法院的裁定批准行为本身并不对证监会的行政许可行为之作出产生拘束。
第三，从职权的分配以及专业性角度（法院事实上也难以代替证券监管部门核准并购重组抑或证券发行）来看，前述二者之间皆不可完全替代。此时若认为人民法院作出相应裁定即当然约束行政主体后续的行政行为，其不仅有悖于法理，更有违事理。
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