终于结束了农村生活，回到学校，余秋雨的眼前豁然开朗，他突然觉得上海戏剧学院的老师、同学，包括学校的一草一木都是这样可爱。他先前在学校里的感受，完全是生在福中不知福。
正当余秋雨准备全力以赴投身到学习之中时，文化大革命开始了。谁也没有想到这场运动会来得这样猛，来得这样残酷，又这样的持久。学校里的朗朗书声，变成了“老子革命儿接班，老子反动儿批判；革命无罪，造反有理”的口号，甚至鼓吹“龙生龙，凤生凤，老鼠的儿子会打洞”，将打击的对象波及到父母有问题的下一代。被郭沫若推荐来的曲信先同学因家庭问题受到打击，巴金的女儿李小林更不用说。
余秋雨的家庭在这场灾难中也没能避免厄运。1997年1月9日，余秋雨在台湾东海大学题为《何处大宁静》的演讲中，描述了他全家在文革中遭受的不幸：
到大学遇到了文革，我父亲以“阶级异己分子”的罪名被关押，他是我们全家8口人生活经费的惟一来源，这一下全家被推入了绝境。我当时虽然还不到20岁，却是全家的长子，想到能救助我们的只有独身在安徽工作而尚未成家的叔叔，但刚刚想到就传来了噩耗，叔叔受不住批斗自杀。70多岁的祖母赶到安徽抱回了自己最小儿子的骨灰，然后偷偷找到父亲的单位，冒着危险从门缝里战战兢兢地看父亲受批斗，因为按照心理素质，父亲更容易自杀。当时全家的生活，靠我的刚刚初中毕业的大弟弟出海捕鱼来维持，未成年的弟弟每次回到上海都不敢回家，先找到我，小心翼翼地问爸爸自杀了没有……
如今，稍有同情心的人读到这段文字都会潸然泪下，可那个时候，人们的心仿佛被一种无形的魔力钙化，变得阴冷而坚硬。在那个年代，这种事情处处皆是。
那时的“血统论”和“唯成分论”也毒害了一批人。“老子革命儿好汉，老子反动儿混蛋”，父亲是高干，儿子自然就是好汉，父亲是黑五类，子女也就是坏东西。“成分论”更是压制了一批无辜的人。“成分论”是解放初期“土地改革”运动时定的：以解放前三年为依据，这三年中，你是干什么的，解放后，你的成分就是什么。(www.xing528.com)
几十年过去了，每每回想起自己将青春岁月一起流入到“斗、批、改”中，余秋雨都感到很痛心。他在《千年庭院》一文中这样写道：“我们这一代，很少有人在‘文化大革命’初期完全没有被‘大串连’的浪潮裹卷过，但又很少有人能讲得清这是怎么回事。先是全国停课，这么大的国土上几乎没有一间教室能够例外，学生不上课又不准脱离学校，于是就在报纸、电台的指引下斗来斗去，大家比赛着谁最厉害，谁最出格。”
当时整个国家陷入混乱。上课的时候，占上风一派的老师如果突然兴致来了，可以号召下面的同学到另一个班里去，揪出被打倒一派的老师，进行现场批斗。过了一段时间，西风压倒了东风，被斗过的老师可能又会号召自己的学生向斗过自己的老师开火。老师之间尚且如此，年轻气盛的学生更是胡闹。遇上右派老师上课，学生可以在课堂上胡闹，老师也不敢制止，只能硬着头皮，自顾自地讲他的课。遇到调皮的学生，可能还会受到语言和身体的双重侵害。
那时所有的老师和学生都在盲目地“运动”着，学校里充满着各种各样的革命派别，大家各领风骚三五天，人人都处在高度的亢奋状态。这样胡闹了几个月之后，正当所有人都觉得无聊之际，更新奇的事情终于来了，这就是被称之为“革命大串连”的全国性行动。全国交通除了飞机以外，一律向全国青年学生免费开放，吃、住、行都不要钱，你想去哪里就去哪里。去宣传革命思想也行，去观光看景也行，只要你是学生，或是还有没被打倒的年轻教师。于是从大学生到中学生，甚至还有少数高年级的小学生，都从各自的城市、乡村走了出去。所有的交通工具都被挤得满满的。
从农村回到城市没多久，余秋雨和同学接到上级的通知，又要再下农村。1968年12月，余秋雨打理好行装，来到了江苏省的吴江。与上次不同的是，这次上级号召同学扎根农村！余秋雨的心颤栗了，他压抑，他愤怒，所有的前途、抱负和理想都将随之化为泡影，但他没有反抗的能力，他也无力阻挡汹涌而来的时代大潮。最让他难受的是，他的这种心态还不能表现出来，他和同学在一起时还要表现出乐观幸福的模样。他其实没有一点敌视农村的意思，他只是不明白，为什么要用这种怪诞的方式来锻炼学生，他更不明白，知识分子有什么错，为什么要将他们都弄到农村来。科学技术是第一生产力，难道把知识分子都赶到农村去就能发展生产力么？
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