项目获批启动后，穗莞深城际铁路未能快速推进。工程受阻的关键障碍是省政府的财权不足。其一，事权联盟模式转变与站点选择边缘化，加重省政府财政负担。珠三角城际铁路网事权模式由“部省市联盟”转变为“省市联盟”，重要标志是铁道部主体的退出［1］。按照2004年铁道部、省政府及地方政府制定的联盟事权分配规则，省政府与铁道部各负担50%的城际轨道工程成本。“省市联盟”虽然增强了省政府对铁路发展的掌控权，却也导致雄厚国家资金的离场。从此，铁路投资、运营、管理、亏损的负担皆落在广东省铁路建设投资集团（简称“省铁投”）。地方政府仅负责轨道站点土地开发与房屋拆迁的相关费用，加重了省政府的财政负担。具体来说，一方面是站点选址边缘化大幅增加了额外建设成本。在省市就铁道站点选址谈判中，地方政府发挥多部门协作优势、动用多方权力反馈渠道、利用信息不对称，增强了对省政府的“讨价还价”能力，最终导致站点选址边缘化。由此，“站点边缘化方案”无法利用已建成的站点及线路设施，拉高了工程建设成本。另一方面，该方案增加了运营和亏损的财政负担。站点边缘化反对“新老共站”和“局部并线”，增加了铁路运营维护成本。铁路亏损由省政府独立承担，亏损金额被预测将在开通后的十年间累计近36亿元。加上佛山——肇庆和东莞——深圳铁路十年间近44亿元经营亏损和巨量银行贷款，广东省需为上述三条城际铁路支付巨额费用。仅穗莞深、东莞——深圳线和佛山——肇庆三条城际铁路，广东省政府每年须支付40亿元。
其二，省政府财政汲取能力和资金补亏能力有限，加剧压力诱致困境。广东省的财权空心化，必然导致补亏能力的大幅下降。相比中央雄厚的财政资金，省级政府的筹资能力本就有限。国家资本离场，和站点博弈带来的工程延期和成本上涨，进一步扩大省政府在城际铁路上的补亏缺口；相比城市政府的土地融资，省政府的筹集资金渠道狭窄。既无权直接经营土地一级开发获取预算外收入，也无法将站点建设结合土地开发以产生利润。财政筹资能力薄弱，加之土地融资权缺失，导致省政府的财务权力空心化。(www.xing528.com)
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