20世纪70年代初，我们国家对风暴潮理论和我国风暴潮的实际状况几乎一所知。冯士筰的研究团队环渤海湾进行了两次实地考察，他们走村串户向盐工、渔民等了解风暴潮的一般常识；他们走访当地的政府、查阅当地县志，寻找有关记载；还反复到水利部门和验潮站搜集有关数据。他的团队通过努力，获得了国内第一批关于风暴潮灾害的珍贵资料。
经过长时间的调研和考察，1975年，冯士筰及其合作者一连发表数篇论文，系统地阐述了风暴潮的概念、理论和数值预报的力学模型，建立了超浅海风暴潮理论。他主持了国家“七五”和“八五”重点科技攻关风暴潮专题，并获得国家“七五”科技攻关重大成果奖。在多年的研究中，冯士筰将研究成果撰写成《风暴潮导论》一书，这是世界上第一部关于风暴潮机制和预报的专著。
1987年，冯士筰和合作者在前人研究成果的基础上，提出了一种拉格朗日余流和长期物质输运的理论模型，导出了一个全新的长期物质输运方程。该方程一问世，立刻引起了国内外同行们的重视。
原中国海洋大学校长吴德星在谈到冯士筰时说：“冯院士是我的启蒙老师，我大学毕业论文是冯院士指导的，后来我在国内读硕士，到国外博士学位研修，冯院士都是我的导师。我整个成才过程，都是冯院士一步一步把我培养出来的。在科学研究中，他处理科学问题时的逻辑思维和推理，是我能取得一些成绩的关键。”(www.xing528.com)
冯士筰也曾勉励搞科研的师生，只有能够静下心做学问的人才能在科研这条路上越走越远。他说，做学问或者说是搞科研，只要能深入进去，就能激发起兴趣将工作做到底。当科研工作越做越深时，就会出现知音太少的情境，也就是所谓的“高山流水知音难寻”。当人没有知音时，就会感到孤独，“高处不胜寒”。这种情境也可以用李白的诗来表达“孤帆远影碧空尽，唯见长江天际流”。但是，在这个过程中，只要不怕孤独，不怕别人不理解，只要认为是正确的就要坚持下去，终将会走出一条康庄大道。
1997年冯士筰当选为中国科学院院士。他表示：“是否当院士并不重要，重要的是要珍惜当前重视知识，尊重人才的良好环境，继续把科学研究和教学工作做好。”他为自己又确定了海洋环保的新方向。冯士筰曾动情地表示：“中国的海洋环境状况不容乐观，一些海域发生的环境污染事件令人担忧。我赞成一些学者的说法：如果海洋健康受到损坏，海洋空间继续污染下去直至消亡，那么人类将不复存在。这决不是耸人听闻的恐吓！”
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