随着增减挂钩试点的开展，一些问题也暴露出来，主要有思想认识不统一、整体审批不完善、跟踪监管不到位、试点范围和规模扩大、擅自增加周转指标规模、侵犯农民和集体利益等。为了进一步规范增减挂钩试点工作，2007 年7 月，原国土资源部出台了《关于进一步规范城乡建设用地增减挂钩试点工作的通知》。文件肯定了增减挂钩试点取得的成效，针对思想认识层面存在的问题，强调要以落实科学发展观、构建和谐社会为统领，坚持以改善农村生产和生活条件为目标，以优化用地结构和节约集约用地为重点，以保护资源、保障权益为出发点和落脚点。针对擅自扩大试点范围与规模的问题，强调突出规划的整体控制，科学编制专项规划，未经审批不得擅自开展试点，确保在规划内开展试点。针对整体审批存在的问题，要求试点涉及农用地和建设用地调整、互换、使用的，统一纳入项目区进行整体审批。针对挂钩周转指标监管问题，强调要全程跟踪管理，按时足额归还指标，并提出要建立试点工作年度考核和验收制度、年度报告制度。针对侵犯农民和集体利益的问题，强调建立公众参与和监督制度，反对大拆大建、强行拆迁和借机大搞政绩工程和形象工程。这一文件的出台，为增减挂钩试点的规范管理、平稳开展和取得成效提供了重要保障。
在前期有限范围内开展增减挂钩试点的过程中，相关的政策效应已经显现。2008 年6 月，原国土资源部出台《城乡建设用地增减挂钩试点管理办法》。文件明确了增减挂钩的内涵、原则、要求和试点应当具备的条件等。随着增减挂钩试点政策的出台，各试点省（市）也结合实际制定了相应的政策制度，开展具有地方特色的试点实践，推动增减挂钩试点政策的实施。截至2010 年，全国已有27 个省（市、自治区）列入增减挂钩试点。(www.xing528.com)
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