一个完善的电子商务系统应该包括哪些部分，目前还没有权威的论述。从我们的实践来看，由于电子商务覆盖的范围十分广泛，因此必须针对具体的应用才能描述清楚系统架构。从总体上来看，电子商务系统是三层框架结构，如图1—2所示。底层是网络平台，是信息传送的载体和用户接入的手段，它包括各种各样的物理传送平台和传送方式；中间是电子商务基础平台，包括CA（Certificate Authority）认证、支付网关（Payment Gateway）和客户服务中心三个部分，其真正的核心是CA认证；而顶层就是各种各样的电子商务应用系统，电子商务基础平台是各种电子商务应用系统的基础。
图1—2 电子商务系统结构
由于电子商务是用电子方式和网络进行商务活动，通常参与各方是互不见面的，因此身份的确认与安全通信变得非常重要，解决方案就是建立中立的、权威的、公正的电子商务认证中心——CA认证中心，它所承担的角色类似于网络上的“公安局”和“工商局”，给个人、企事业单位和政府机构签发数字证书——“网上身份证”，用来确认电子商务活动中各自的身份，并通过加解密方法实现网上安全的信息交换与安全交易。
但是，需要强调的是，由于国情的特殊性，CA认证中心似乎需要政府的授权，但实际上，CA认证中心只是根据政府机构已签发的身份、资质证明文件进行审核，而并没有增加新的内容，实际上是一种更为安全的会员制，因此CA认证中心的商业运作性质要大过政府行为，除非以后真正由CA认证中心来发放电子身份证、电子营业执照等。(www.xing528.com)
支付网关的角色是信息网与金融网的连接的中介，它承担双方的支付信息转换的工作，所解决的关键问题是让传统的封闭的金融网络能够通过网关面向互联网的广大用户，提供安全方便的网上支付功能。
客户服务中心也称呼叫中心，与传统的呼叫中心的区别在于不但支持电话接入的方式，也能够支持Web、E-mail、传真等多种接入方式，使得用户的任何疑问都能很快地获得响应与帮助。客户服务中心不是以往每个企业独立建设和运作的概念，而是统一建设再将席位出租，从而大大简化和方便中小型企业进行电子商务，提供客户咨询和帮助。
图1—3是电子商务系统模型示意图，其中虚线框内的就是电子商务基础平台，各种各样的电子商务应用系统就放在企业或政府的网站上。
图1—3 典型电子商务系统模型
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