FTA的广泛推行，引发的一个特别令人困惑的问题就是，“原产地规则”（Rule of Origin）受到了干扰。原产地规则事关多项国内贸易管理措施，包括配额、关税、反倾销税或反补贴税、政府采购、数据采集等，都必须通过确定货物的原产地才能确定是否对之施加这些措施。在大多数国家原产地规则的最基本原则是所谓的“重大改变”（substantial Transformation）。有两种方法衡量什么是“重大改变”：一是制造或加工过程中的“附加值”（value added）方法；二是“关税税目的改变”（changes in tariff classification）。
GATT并未要求各个成员方必须采取同样的原产地规则。大多数国家都有两套规则：一般适用的原产地规则以及专门针对FTA成员适用的特别原产地规则。原产地规则的滥用可能使其本身成为一项贸易保护的工具，即对FTA成员和非成员歧视性适用不同的贸易措施。尽管乌拉圭回合中专门针对原产地规则的混乱情形签订了“原产地规则协定”，但该协定要求的“透明、无扭曲效果、无歧视实施、基于积极标准”的原产地规则适用条件，仅是针对多边适用的原产地规则，而不是FTA适用的原产地规则。于是，FTA中原产地规则的特别标准，仍然游离在WTO的管辖范围之外。
原产地规则的混乱对发展中国家尤其不利。许多穷困的小国家只有能力进行一些简单的组装工作，而这样的组装工作可能被排除在原产地规则的认定范围之外，那么他们依据FTA，特别是普惠制本来应当享有的优惠就可能无法享受到。发达国家拥有很大任意性，并且依据更加复杂化的原产地规则，将使得FTA的许多安排歧视性更大。(www.xing528.com)
2003年发布的“原产地规则：一张世界地图”的报告，描绘了全世界各国使用的原产地规则的类型、效果和相对复杂度，特别提出FTA项下的原产地规则更加复杂、严格，应当首先得到规范和协调，这样才真正有助于全世界范围内原产地规则的一致性。[22]FTA与WTO的共同作用，使得这个世界的贸易自由化版图相当复杂。帕娜加利亚（Panagariya）曾提出，具有差别化关税和其他贸易壁垒的FTA的盛行，将导致一个杂乱的和不透明的贸易体系，就好像一碗扭曲结团的意大利面一样。[23]
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