移民资金关系移民切身利益，政策性强，社会影响大。加强移民资金审计，是保证移民资金安全、合法、有效使用，维护移民工作正常秩序，保障移民工作顺利进行的重要举措；是实现“工程安全、资金安全、干部安全”工作目标的有效手段；是保护移民合法权益、维护社会稳定大局的具体体现。
为及时向有关部门及领导提供真实可靠的移民资金管理审计结果，为领导提供决策依据，水利部水库移民开发局通过组织专项审计和委托中介机构日常审计的方法，相继对全国几十个涉及中央直属水库移民遗留问题处理工作的省份开展了移民资金审计工作。对移民年度投资数额较小的县级移民管理机构力争做到每2年审计1次，对移民年度投资数额较大的县级移民管理机构基本做到每年审计1次。
（1）组织力量加强调查研究和学习，不断探索移民资金审计工作的新要求、新方法。
1）结合当前我国为建立公共财政框架而推行的部门预算、政府采购制度等改革措施，加强对中央和地方移民资金审计工作的研究，并借鉴不同部门审计工作的经验，探索适合完善移民资金监督管理的审计模式。
2）通过内部审计，掌握普遍性、倾向性的问题，认真总结经验，及时提出指导意见，为领导决策提供充分的依据，当好参谋。
3）全面完善审计制度，相继出台了《库区建设基金内部审计办法》，《库区建设基金内部审计工作规定》等。
4）不断拓展内部审计范围，转变思想观念，将内部审计逐步转变到管理审计、效益审计上来。
（2）坚持“全面审计、突出重点”，集中力量查深查透，揭示并分析深层次和带有普遍性的问题。
1）重政策的落实和到位。审计通过摸清预算安排的项目，当年实际发生的资金支出等情况，客观评价党中央、国务院有关移民政策的落实和到位情况，对一些地方政策执行不落实、不到位的原因进行深层次地剖析。
2）重制度建立和政策完善。水利移民审计部门对中央直属水库移民遗留问题的新情况、新问题，进行充分了解和研究，有针对性地提出审计建议，并在此基础上出台了库区建设基金县级报账制，调整了预算管理和实施规划管理等办法。(www.xing528.com)
3）重项目资金的流向和流速。对项目资金流向的审查主要关注有无截留、挪用、转移项目资金等情况，保证项目资金全部用于实施项目，做到与项目一一对应，专款专用，防范一些地方将项目资金用于平衡财政预算、弥补管理经费、外借等。对项目资金流速的审计主要关注项目资金拨付是否顺畅，拨付过程中有无资金滞留，是否存在多余的中间环节，是否及时拨付到项目实施单位等情况。
4）重项目实施的进度和质量。对项目实施情况进行跟踪审计，检查项目是否按合同和计划支付项目经费；项目建设是否接受群众和社会监督；已完工的建设项目，是否及时竣工结算、验收和移交等。
5）重资金使用的效益和效果。通过及时调整年度预算安排，减少审计发现的资金分散、资金管理成本高等影响项目资金使用效益问题的发生。
（3）及时纠正审计中发现的问题，确保移民资金安全。近年来移民资金使用管理审计发现问题主要有：
1）存在不严格执行预算，预算调整随意的现象，表现为未履行法定程序，超年度预算追加项目支出，挤占挪用移民资金等。
2）存在不符《预算法》规定的现象，有的编制不真实预算，将部分已投资项目编入预算。
3）有的政策性配套资金存在虚假现象，县级财政受地方财力限制，在政策性配套资金的安排上，采用“年初预算安排、年中拨付、年终再收回”的方式虚假配套资金。
4）部分项目管理不规范，未严格实行“三制”。
5）一些移民机构会计素质不高，会计基础薄弱，存在账目不清等问题。针对审计发现问题，水利移民审计部门提出了严格的整改要求，并将审计意见抄送当地政府、审计和财政监察部门，引起了所审单位的高度重视。同时对审计发现普遍存在的问题，及时建章立制，从源头上杜绝挤占挪用资金的现象。
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