尽管问题明晰方法取得了一定的认可，但方法本身在应用的过程中尚有不够得心应手之处，如方法之间的衔接不够顺畅、一些技术本身也存在一些不足等。以下将详细讨论这些问题。
（一）单项技术尚待完善
●单元系统是一项在概念上相对成熟的技术，但在实施层面缺乏具体的操作方法，如众多单元系统的划分、分层原则、组织管理等。
●利益相关者识别相对完善，具备一整套的概念、技术、应用指导原则，但是它对于责任的分析尚不完善。
●价值评估的指标体系具体含义不明确且不易理解；各指标之间地位平等，简单等权处理的办法有失偏颇。此外，它在评估过程中忽略了时间属性，无法及时动态地反映利益相关者对于信息系统的态度。
●支撑系统分析只提供了一个框架，具体的分析内容和方法有待完善。
●系统构成只有概念和框架，没有具体分析行为的方法。整套方法中缺乏组织行为的描述方法。
●冲突管理尚且停留在概念阶段，尚不为多数人所知。
（二）各项技术之间衔接不畅(www.xing528.com)
问题明晰方法的各项技术可独立地解决各自擅长的问题，但无法贯通形成合力。这就有如一串散开的珍珠，虽然颗颗明耀，但未能连成一串做到珠光可鉴、光彩照人。这主要表现在：
其一，各项技术的应用前后顺序不明。虽然方法在提出之初称这是一套方法论，可以按照实际需要以任意顺序组合应用各项技术，但在实际应用过程中，分析人员更希望能有一套指导原则。例如，除用于描述单元系统外，利益相关者识别的结果并未被其他的方法所利用；另外，单元系统分析与支撑系统分析的关系并不明朗，有时先做支撑系统分析，有时后做单元系统分析，给分析带来混淆。
其二，各项技术的输入输出不明。问题明晰方法在设计之初重视分析的过程，强调分析的过程就是对问题认识和了解的一个过程，因此对各项技术的输出不是很严谨，造成目前的各项技术之间松散的状态。但事实证明，这种松散已经给方法的应用带来严重的不便。一个典型的例子是，系统构成具有很高的思想性价值，但作为一项技术，其输入和输出皆不明确。
（三）缺乏规范分析
理论上，组织的基础结构分析中的一个重要组成部分是规范，但这部分内容至今一直处于空白状态。尽管Kolkman和Stamper等人在初创问题明晰方法时一再声称，“它将是一套基于规范的方法”，但是截至目前，问题明晰方法仍未引入规范、规范分析以及规范描述。
（四）理论框架有待明确
在理论上，问题明晰方法有着清晰的本体论，并按照此覆盖了企业信息系统实施中主体的大部分活动。但是，由于缺乏恰当的认识论指导，导致整个方法的理论架构不清晰。这表现为：各项技术间对整个分析的贡献不清楚，整体方法的输出也不甚明确。由于当前方法重过程而轻结果，虽然宣称对于所有行为的描述最终都将落于规范的描述上，但不得不承认，这种想法仍然停留在理论高度之上。
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