不同制度时期农地流转纠纷的主要治理模式不同，表现为农民进城、税费负担时期农地流转纠纷的农户自主治理；税费改革、农地补贴时期农地流转纠纷的村委调解治理；农地确权、三权分置时期农地流转纠纷的多元复合治理。我们可以看到制度变迁的背景下，农地流转纠纷治理模式经过了从自治到村治再到共治的变迁和转型过程。那么农村和农地制度变迁如何影响和型塑了农地流转纠纷治理呢，制度变迁型塑农地流转纠纷治理的内在机制如何呢？
我们运用制度、利益、主体与农地流转纠纷治理的关联性分析框架进行具体分析。从制度要素来看，农民及农地制度经历了从汲取到输入的变迁过程。国家对于农村政策从收取税费，到取消农业税，再向农村输入资源进行农地补贴，最后通过农地确权和三权分置激活农地资源经济效益。国家与农民关系也从汲取型关系变为给予型关系。从利益要素来看，不同制度节点时期，土地的经济价值不同。制度变迁的过程中，土地经济价值经历了从价值弱化到价值恢复再到价值提升的过程。这一过程是土地经济价值和经济利益逐步巨大化的过程。从农地流转的参与主体来看，税费负担时期的农地流转多是农户与农户之间的代耕代种，参与主体是农户之间的单一主体；税费改革时期的农地流转较少，农地流转纠纷多是上一个阶段代耕代种引发的历史遗留问题，参与及公共治理主体包括农户和村两委；三权分置时期的农地流转被新制度激活，农业企业、政府、村两委和农民都参与到农地流转之中。制度变迁过程中，农地流转及其纠纷治理主体逐步多元化。从纠纷模式来看，利益的大小、主体的多少影响了农地流转纠纷模式，其中税费负担时期的农地流转纠纷是低利益、单一主体的简单纠纷，税费改革时期的农地流转纠纷是较低利益、村委介入的较简单纠纷，三权分置时期的农地流转纠纷则是高利益、多主体的复杂纠纷。制度变迁的过程中，农地流转纠纷模式呈现出纠纷复杂化的趋势。从治理模式来看，税费负担时期的简单纠纷是农户自主治理模式，税费改革后的较简单纠纷是村委调解治理模式，三权分置时期的复杂纠纷则是多元复合治理模式。制度变迁过程中，农地流转纠纷治理呈现出治理协同化的变化趋势。
图6- 1：制度变迁型塑农地流转纠纷治理的内在机制
从前文分析可知制度、利益、主体、纠纷模式和治理模式等五方面因素，在制度变迁作为时间轴的变化过程中，呈现出一定的规律性和趋势性。其中制度方面表现为国家对农村从汲取到给予的趋势；利益方面，表现为土地机制和利益逐步巨大化；主体方面，呈现出农地流转及其纠纷治理参与主体逐步多元化；纠纷模式方面，表现为农地流转纠纷逐步的复杂化；治理模式方面，呈现为农地流转纠纷治理的协同化。(www.xing528.com)
在明确上述因素的跟随制度变迁过程的变化趋势后，我们进一步分析各个因素之间的关系。农民和农地制度的变迁使得农村土地价值增长，土地经济效益和经济利益逐步增多。土地价值的增长带来了农业企业、家庭农场等新型规模经营主体参与农地流转，地方及基层政府基于政绩激励积极招商引资，村两委基于政府的政策推动引导建立土地股份合作社，越来越多的主体参与到农地流转之中。利益巨大化和主体多元化带来了更为复杂的农地流转纠纷。复杂的农地流转纠纷则需要多元主体复合治理的协同化治理机制。
根据上述分析，我们可以总结出农村及农地制度变迁型塑农地流转纠纷治理的一般化机制。我国经济的发展和社会的进步促使农村及农地制度发生了从汲取到给予的转型，而制度的变迁促使农地价值增长。利益巨大的农村土地吸引多元化的主体参与到农地流转中，并导致了高利益、多主体的复杂化的农地流转纠纷。农地流转纠纷的复杂化促使农地流转纠纷治理从单一化的自治模式向复合化的协同模式转型。
图6- 2：制度变迁型塑纠纷治理的一般性机制
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