目前有关秦岭的重要性已引起政府的高度重视，社会各界也已充分认识到秦岭生态系统的多样性、物种的多样性和遗传基因的多样性，在我国乃至东亚地区具有重要的典型性和代表性，是我国中部最重要的生态安全屏障和基因库，同时也是陕西省的主要水源涵养区和南水北调中线工程的重要水源涵养区。秦岭地区50多年的自然保护实践证明，自然保护区和普通民众的生活联系愈来愈近，自然保护工作也不单单是保护区管理部门的事情，更需要的是全社会的参与。
秦岭大熊猫保护网络 WWF西安项目办提供(www.xing528.com)
从20世纪80年代开始的第二次大规模开发活动，严重影响了秦岭的自然生态系统，森林覆盖率从20世纪50年代的64%降低到46%，在高强度的人类活动干扰下，珍稀濒危物种分布面积萎缩，逐渐片段化和破碎化。尽管采取了天然林保护，退耕还林，建立自然保护区、风景名胜区、森林公园、水利风景区，以及开展北麓生态环境保护专项整治，建设生态示范区等一系列措施，秦岭的生态系统保护取得了巨大成绩，部分濒危物种数量有所增加，如朱鹮、大熊猫、羚牛等明星或旗舰物种，但更多濒危动植物的数量仍在不断减少，如云豹、林麝、秦岭细鳞鲑、桃儿七、红豆杉、华山新麦草、杜仲、天麻等。秦岭的生态系统保护面临巨大挑战。一旦秦岭的生态系统功能退化，生态系统的固有功能如水源涵养、产品提供、气候调节、文化服务等功能将不能正常发挥，势必会严重制约陕西省经济的健康发展。据测算，全球因生态系统退化导致的损失每年达33万亿美元，我国森林生态系统服务总价值为每年10万亿美元。而据陕西省森林生态服务功能评估报告，陕西境内秦岭森林生态服务总价值每年超过2000亿元，陕西境内秦岭面积占秦岭全域的38%，以此推算，秦岭森林生态服务价值每年超过5000亿元。这笔巨额的“生态红利”是秦岭地区对国家最突出的贡献。目前，秦岭生态系统保护还存在一些问题或隐患，具体表现为以下方面：
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