保修责任终止证书颁发后，承包人已完成全部承包工作，但合同的遗留帐目尚未结清，因此要求承包人在保修责任终止证书颁发后28天内提交最终付款申请单。第43.3款中规定：“提出索赔的终止期限是提交最终付款申请单的时间”，因此要求承包人在提交最终付款申请单的同时提交结清单，以进一步证实提交的最终付款申请单的总金额是根据合同规定应付给承包人的全部款项，即承包人应收到退还的履约担保证件和发包人已付清了监理人出具的最终付款证书中应付的金额。
监理人在收到承包人提交的最终付款申请单后应进行仔细核查，若对某些内容有异议，可要求承包人进行修改补充，直至监理人同意为止。监理人收到经其同意的最终付款申请单和结清单的副本后14天内出具最终付款证书。
若发包人和承包人未能就最终付款取得一致意见，且在短期内难以解决，监理人应将双方已同意的部分出具临时付款证书报送发包人审批后支付。对于未取得一致的付款内容，合同双方仍可继续进行协商，亦可提交争议调解组解决。发包人不能因双方尚有不一致的付款内容而搁置已取得同意部分的支付。若应由承包人向发包人付款，承包人亦将已取得同意的部分付还发包人。
36.1 最终付款申请单
（1）承包人在收到按第53.3款规定颁发的保修责任终止证书后的28天内，按监理人批准的格式向监理人提交一份最终付款申请单（一式4份），该申请单应包括以下内容，并附有关的证明文件。
1）按合同规定已经完成的全部工程价款金额；
2）按合同规定应付给承包人的追加金额；
3）承包人认为应付给他的其它金额。
（2）若监理人对最终付款申请单中的某些内容有异议时，有权要求承包人进行修改和提供补充资料，直至监理人同意后，由承包人再次提交经修改后的最终付款申请单。
36.2 结清单(www.xing528.com)
承包人向监理人提交最终付款申请单的同时，应向发包人提交一份结清单，并将结清单的副本提交监理人，该结清单应证实最终付款申请单的总金额是根据合同规定应付给承包人的全部款项的最终结算金额。但结清单只在承包人收到退还履约担保证件和发包人已向承包人付清监理人出具的最终付款证书中应付的金额后才生效。
结清单表明给承包人最后主张权利的机会，结清单是承包人索赔权利的标志。承包人一旦提交结清单，并获得监理人审核通过，承包人从此失去了索赔的权力。换句话说，在此之前，承包人具有索赔的权利。
36.3 最终付款证书和支付时间
监理人收到经其同意的最终付款申请单和结清单副本后的14天内，出具一份最终付款证书报送发包人审批。最终付款证书应说明：
（1）按合同规定和其它情况应最终支付给承包人的合同总金额。
（2）发包人已支付的所有金额以及发包人有权得到的全部金额。
发包人审查最终付款证书后，若确认还应向承包人付款，则应在收到该证书后的42天内支付给承包人。若确认承包人应向发包人付款，则发包人应通知承包人，承包人应在收到通知后的42天内付还给发包人。不论是发包人或承包人，若不按期支付，均应按专用合同条款第33.4款规定的相同办法将逾期付款违约金加付给对方。
若承包人和发包人始终未能就最终付款的内容和额度取得一致意见，监理人应对双方已同意的部分出具临时付款证书，双方应按上述规定执行。对于未取得一致的部分，双方均有权按第44.1款的规定提出按合同争议处理的要求。
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