在鱼类的各种污染物中，最引人关注、被研究得最多的是汞。鱼中的汞以甲基汞的形式存在，甲基汞含量是评估鱼类食用安全的最常用的指标。国内外媒体都报道过科学家对许多鱼中的甲基汞含量的调查。
显而易见，鱼中含有多少汞，首先与鱼的生长环境有关。环境中的汞，又与自然界的“本底含量”（未受污染的情况下的含量）有关——海底经常爆发火山的海域，即使没有受到污染，海水中的汞含量也可能很高。所以，对于消费者来说，重污染地区的鱼有污染，无污染的深海或者湖泊中的鱼也不意味着其汞等重金属含量就低。
甲基汞含量低的鱼，每千克鱼肉中只有几微克甲基汞；甲基汞含量高的鱼，每千克鱼肉中的甲基汞则超过1000微克。作为消费者，我们显然不可能把每条鱼都进行检测后才购买，不过我们可以探究一下鱼中甲基汞含量的粗略规律，尽量避免选择汞含量高的鱼而选择汞含量低的鱼。
首先，鱼虾在食物链中的层级越高，就越容易富集汞，比如鲨鱼、箭鱼、金枪鱼等，每千克鱼肉中所含的甲基汞往往超过1000微克。食物链底层的鱼，比如鲶鱼、虾等，每千克鱼肉（虾肉）中往往只有几十微克的甲基汞，甚至更低。(www.xing528.com)
其次，鱼的生长期越长，其富集的汞就越多。因为汞在动物体内的代谢很慢，如果水中的汞含量高，那么积累的速度就会大大超过代谢的速度，鱼体内的汞就会越积越多。所以，从重金属污染的角度来考虑，买小鱼是更明智的选择。
再次，如果生长的环境营养丰富，鱼生长迅速，那么相对在其他环境中长到同样大小的鱼，生长在营养丰富的环境中的鱼积累的汞等重金属会少一些。在这一点上，养殖的鱼就往往比野生的鱼更有优势——当然，前提是水质相同。
此外，一般来说，淡水鱼的汞含量往往要比海鱼的汞含量低，虾、蟹、蚝、鱿鱼等水产的汞含量比鱼的要低。
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