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RNA提取、cDNA合成及WER基因克隆

时间:2023-06-29 理论教育 版权反馈
【摘要】:1.2.1RNA提取及cDNA的合成上述样品经液氮研磨后,总R N A的提取选用通用型超纯R N A提取试剂盒。1.2.2WER基因的克隆根据获得miR828a靶基因WER片段序列信息,利用Primer5软件设计3′RACE接头引物3RACEP1和3RACEP2,5′RACE接头引物5RACEP1和5RACEP2,3′端特异引物3′-inner和3′-outer,5′端特异引物5′-inner和5′-outer(表1)。用RACE方法对WER基因片段3′断和5′端进行克隆,拼接验证后获得全长cDNA,由生工生物工程(上海)股份有限公司进行基因测序。

RNA提取、cDNA合成及WER基因克隆

1.2.1 RNA提取及cDNA的合成

上述样品经液氮研磨后,总R N A的提取选用通用型超纯R N A提取试剂盒(GR2011)。用于基因验证的cDNA采用第一链cDNA合成试剂盒(Thermo k1621)。

1.2.2 WER基因的克隆

根据获得miR828a靶基因WER片段序列信息,利用Primer5软件设计3′RACE接头引物3RACEP1和3RACEP2,5′RACE 接头引物5RACEP1和5RACEP2,3′端特异引物3′-inner和3′-outer,5′端特异引物5′-inner和5′-outer(表1)。用RACE方法对WER基因片段3′断和5′端进行克隆,拼接验证后获得全长cDNA,由生工生物工程上海股份有限公司进行基因测序。(www.xing528.com)

表1 引物序列

1.2.3 WER基因的生物信息学分析

生物信息学分析参照文献进行[12,13],在NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上完成核苷酸和蛋白序列比对分析;利用Protparam工具进行基因编码蛋白理化性质分析;SignalP预测氨基酸序列信号肽;ProtScale进行亲水性分析;采用ProtCompv.9.0进行亚细胞定位分析;并采用MEGA7.0软件进行WER及相关蛋白进化树的构建;再利用SWISS-MODEL预测蛋白质三维结构。

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