朱元璋赶走蒙古统治者之后，并没有继续效仿元朝四处征伐、不停扩张疆域的做法，而是选择在有限范围之内扩张王朝疆域。除了对故元残余势力继续进行追剿之外，对于其他周边小国，明太祖更能接受的方式是称臣入贡，友好相处。在“不征”的基本国策之下，明朝与各国和平交往。这种保守的观念多少会对朱元璋有关北疆的战略决策产生影响。在北元面前，朱元璋缺少决战到底的勇气和决心，甚至在战略机遇到来时，没有指挥大军继续扩大战果，从而给了对手喘息之机。终明之世，蒙古一直可以不间断地对元朝北疆造成影响，并最终协助后金吞并明王朝。对于元朝所留下的广袤领土，朱元璋并没有强烈的占有欲望，甚至将大片领土拱手让出，故此朱元璋放弃了征伐四方的武装力量，总体战略趋于保守。如果在建国之初，朱元璋趁着军事实力空前强大之时，给予对手最为彻底的打击，很可能会是另外一种结局。接下来，朱元璋急于铲除功臣，一批能征善战的将领遭到清洗，明廷对蒙古的压力变得越来越弱。
当初朱元璋将朱棣封为燕王，希望依仗他的力量镇守北疆。没想到在朱允炆继承大位之后，手中握有重兵的朱棣便以“靖难”为名举兵南下，夺取皇位。朱允炆也以诸叔父拥兵自重为威胁，于是推出削藩计划。这正好给了朱棣起兵对抗的理由，他与建文帝的皇位争夺战就此展开。为避开间谍的侦察，在手下谋士道衍的建议下，朱棣一直秘密备战，打造兵器的工厂也建在地下，地上则大量饲养鹅鸭“乱其声”[146]。到了建文元年（1399）七月，朱棣以“清君侧”为名举兵，自号其军为“靖难之师”[147]，正式向他的侄子宣战。没用多少时间，朱棣便拥有了大量精兵。建文帝先后派出耿炳文和李景隆率兵征讨，但都被朱棣击退。燕王朱棣在起兵初期取得了一些胜利，但在此后很长时间与朝廷军队形成了拉锯战，持续三年之久。在这期间，燕王“亲战阵，冒矢石，以身先士卒”[148]，却仅仅占据北平、保定、永平三府而已，且屡屡处于险境。这种胶着的战局令朱棣非常着急，一直苦思对策。没想到就在此时，远在京师的间谍帮助朱棣打开了局面。一位被黜宦官提供了一条重要情报：“京师空虚可取。”[149]朱棣立即破釜沉舟，全力攻打京师。建文三年十二月（约在1402年1月），燕王朱棣率领主力远袭京师，仅留少部分军队在其他各处发动佯攻。等到建文帝发现长江对岸驻扎大批军队之时，已经来不及组织抵抗。六月，朱棣从瓜洲渡江，将应天团团围困。守城的谷王朱橞、李景隆见大势已去，只得打开城门投降，朱棣终于如愿坐上皇位。
通观“靖难之役”的总体进程，朱允炆的优柔寡断与朱棣的坚韧果断形成了鲜明的对比。朱允炆放弃了郭任“先本后末”的建议，在选择讨伐对象时，没有利用兵力上的优势果断对燕王朱棣发动致命打击，而是“北讨周，南讨湘”[150]，这种策略不免会打草惊蛇，让朱棣有了更多的准备时间，以致最终酿成“以天下制一隅”[151]的败局。
对比之下，我们更能明显看出朱棣的军事指挥才能。首先，朱棣能够经常做到身先士卒，冲锋在前。此举可以极大地提振士气，尤其是在己方实力不如对方时，更能充分地激发士卒的作战潜能，进而扭转被动局面。其次，朱棣非常重视情报工作，并能虚心接受道衍等人的建议与筹划，真正做到了孙子所说的“先知”。[152]由于僧人道衍等人出色的组织和情报工作，朱棣能够完全掌握朱允炆的战略动向和虚实情况，从而在夺取皇位的战争中始终占据主动局面。在南下进攻应天的过程中，正是极具价值的情报帮助朱棣下定作战决心，找准进攻方向。再次，朱棣非常善于使用欺骗之术，孙子所提倡的那种“形人之术”[153]，被朱棣充分发挥，很好地隐藏了己方的战略意图。比如，通过佯装生病等手段，朱棣成功地迷惑了对手，使得建文帝丧失应有的警惕，采取应对措施时总是慢了一拍，最终走上失败的道路。最后，朱棣善于机动应变，从不墨守成规。一旦捕捉到有利战机，他便能果断出击。在得知南京守备空虚之后，他及时放弃原定作战计划，改变进军路线和方向，取得了“靖难之役”的胜利。这一战法，与孙子的“避实而击虚”[154]不无暗合之处。
朱棣成为永乐皇帝之后，继续加强中央集权。他对政治体制和军事组织大力进行改组。对于锦衣卫，朱棣重新给予高度重视，并就此培养出纪纲这样的佞臣。在锦衣卫之外，朱棣又另设东厂，标志着明代对内侦察进入一个新阶段，特务统治得到进一步加强。虽说他担任藩王期间痛恨朱允炆的削藩，但当他即皇帝位后，便立即致力于削藩。他不仅将塞王迁往内地，加强控制，还大量削减其护卫军。有的是三卫尽削，有的是只留一卫，有的则只留有几十人的“备使令”。[155]他不仅严令禁止诸王节制武臣，还明令藩王“不许擅役一军一民及敛一钱一物”[156]。当初，朱棣正是成功地利用这些权力建设军队，对抗朝廷。在夺取大位之后，他不得不对亲王采取必要的打压措施，效仿建文帝削藩。当然，与建文帝相比，朱棣的削藩手段更加高明，而且也确实取得了更好的效果，就此从根本上改变了明初藩王权力过大的局面。(www.xing528.com)
为了进一步稳固政权，他还下令将北京改造成大明王朝的新都，对北京城进行了重新规划和建设，就此对政治、军事等各项制度进行大幅度调整。围绕北京，在北方建立起新的政治中心和权力中心。
建设新都无疑是一项艰巨任务，会给国家财政和黎民百姓增加沉重负担。北京城作为元朝旧都，在经历数次战火之后，只剩下部分完整的城墙和宫殿，大部分需要重建，而且城市的总体格局必须做出较大改动，难免大兴土木。还有一点不容忽视，那就是运输线的建设。由于北京粮食无法自给，大部分粮食补给需要依靠从东南各省远道运来，朱棣只得大规模建设海陆运输队。《明史》中记载：“永乐元年，平江伯陈瑄督海运粮四十九万余石，饷北京、辽东。二年，以海运但抵直沽，别用小船转运至京，命于天津置露囤千四百所，以广储蓄。四年定海陆兼运。”[157]随着政权机构大量迁往北京，南京及其他各地官署的权力难免受到影响，地位明显下降，物资分配也随之发生改变。在朱棣眼中，迁都北京意义深远，一旦决心已定，就必须坚决执行，不可逆转。当初明太祖朱元璋分析政治和军事形势，也对南京作为都城表示过不满，认为它距离边境太远，无法对北疆尤其是蒙古形成足够的威慑力，所以一度产生迁都北方的念头。既然如此，朱棣定都北京便可视为完成父皇遗愿，可以由此让那些反对者闭嘴。通过迁都，他可以对已经营多年的大本营继续进行巩固，也可对保护北边和征讨蒙古起到积极作用。在迁都之后，明代长期实行“两京制”：“立两京，置郊社宗庙，创建宫室。”[158]南京作为另外一个行政中心得到保留，但地位已远不如前。南京各部通常只留一些有职无权的侍郎充任。
对于军事体制，朱棣也进行了大幅度调整，将原驻扎在南京的卫军纷纷调往北方：“命兵部以孝陵、济川、广洋、水军、左右、江阴、横海、天策、英武、飞熊、广武、应天等卫留守南京，神策、镇南、饶骑、沈阳、虎贲、豹韬、龙骧、鹰扬、兴武、龙虎、武德、和阳、潘（沈）阳右等卫调守北京。”[159]他同时将自己的嫡系部队提升为亲军，使得拱卫京师的军事力量得到极大加强，驻扎北京的京卫就此成为规模最大和最为精锐的一支部队。通过削藩，朱棣果断取消了藩王的护卫部队，洪武时期各亲王所拥有的政治和军事权力大部分被逐渐剥夺。由于蒙古是头号大敌，朱棣不能不大大加强北方的防御建设，重点建设长城沿线军事重镇，对蒙古始终保持高度戒备。为提高军队的战斗力，朱棣在京师设营，士兵定期轮换，在京营中完成操练和训练，再去边境服役。据《明史》，朱棣不仅增设京卫，还建立三大营，分别为五军营、三千营和神机营。所谓五军营，分步骑军为中军，加上左、右掖和左、右哨，亦统称为五军。所谓三千营，由三千“边外降丁”[160]组成，所选都为蒙古骑兵精锐。所谓神机营，主要掌管和操演火器，并随驾护卫马队官军。
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