在中国刑事法主流理论中，犯罪被界定为“孤立的个人侵害整个社会秩序的违法行为”，因此强调对犯罪人的国家追诉主义，“国家/被告人”之间的关系亦据此被视作中国刑事诉讼法需要解决的核心问题。在这样的理论前见之下，传统刑事诉讼法总是被描述成一幅从侦查、起诉直至审判的以国家惩罚犯罪为主线的递进式形象，刑事诉讼目的也就被理所当然地设想成驱动性的控制（惩罚）犯罪和障碍性的保障人权这样的双重目的。
但是，笔者上文的描述与分析表明，现行刑事诉讼中除了调整“国家/被告人”关系的规则，还存在着诸如刑事自诉、附带民事诉讼以及刑事和解这样的旨在调整“被害人/加害人”关系的制度与实践，其中，有效解决被害人与加害人之间的纠纷构成了它们的共同内在特征。与本文主旨相关联，在笔者看来，这些与纠纷解决相关的制度与实践的存在，对传统的刑事诉讼双重目的理论构成了值得注意的挑战。
挑战一方面与刑事诉讼目的自身的定位相关。理论上，刑事诉讼目的被认为是刑事诉讼法的根本，自始至终支配着侦查、起诉、审判及至执行等诉讼流程，[15]并构成了确立刑事诉讼主体、划分刑事诉讼职能、确立刑事诉讼构造格局、制定刑事诉讼原则、制度乃至具体程序的最基本依据。[16]刑事诉讼目的的这种定位，表明其设定应当能够涵盖、辐射整部刑事诉讼法典的实质性内容，并能够成为法律适用中法律解释的基础，即一旦刑事诉讼的具体规则在适用时遇到疑难，可以根据刑事诉讼目的进行一个可接受的合理解释。[17]
很显然，犯罪控制与人权保障这样的双重目的理论，由于其针对的是“国家/被告人”之间的争斗关系，因此并不能完全涵盖刑事诉讼中与解决“被害人/加害人”纠纷相关的制度与实践。虽然解决纠纷有时候也被学者从刑事政策的角度加以解释，即其最终目的仍然是控制犯罪，但是正如前文已经表明了的，纠纷解决在刑事诉讼活动中并非犯罪控制的附属，而是具有相当的独立性，其重要性有时甚至超越犯罪控制而与更为宏观的和谐社会相关联。进一步的，由于双重目的论无法涵盖与纠纷解决相关的刑事诉讼制度与实践，其当然也就不可能为作为这些规则适用的目的解释之基础。(www.xing528.com)
另一方面，挑战也与刑事诉讼目的的应有的公正属性相关。刑事诉讼目的是指国家根据各种刑事诉讼主体的客观需要及其对刑事诉讼价值的认知所预先设计的、希望通过刑事诉讼立法和司法而实现的理想的诉讼结果。[18]刑事诉讼作为国之公器，正如学者正确指出过的，其目的不同于刑事诉讼主体任何一方的目的，相反，其设定应当独立于任何一方的目的而具有中庸性。[19]按照笔者的理解，这就是要求刑事诉讼目的本身应当具有公正性，亦即：其一，必须公平的对待所有的诉讼主体，不能在设定刑事诉讼目的时只关注部分刑事诉讼主体或其部分需要而忽略其他；其二，不能将刑事诉讼目的等同于某一方的目的。关于后者，学界已经有所认识并对目前的双重目的论进行了相应的批评，下面要强调的主要是前者。
在笔者看来，与纠纷解决相关的刑事诉讼制度与实践的存在，使得传统的双重目的陷入了公正性危机。正如前面已经指出了的，双重目的的一个最为突出的特点，就是围绕国家与被告人之间的关系展开，其设定所考虑的亦局限于“国家/被告人”关系下作为追诉者的控方和作为被追诉者的被告人的需要，而几乎不怎么关注“被害人/加害人”纠纷关系下被害人以及加害人的需要。也就是说，控制犯罪和保障人权这样的刑事诉讼目的，不仅本身有等同于控辩双方目的的危险，[20]而且因为没有关照作为法定的刑事诉讼主体——被害人以及“被害人/加害人”纠纷关系视角下双方的需要而不具有正当性。
由此可见，无论从刑事诉讼目的本身定位的角度，还是从刑事诉讼目的应当具有的公正属性来看，与纠纷解决相关的刑事诉讼制度与实践的存在，都使得传统的刑事诉讼双重目的理论处于难以自洽的尴尬境地。来自实践的挑战如此明显，理论应当如何应对？下面的部分将致力于回答此一问题。
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