1941年12月8日日本偷袭珍珠港，发动太平洋战争，同一天，由山下奉文指挥的日本第二十五军在哥打巴鲁、宋卡和北大年同时登陆，12月10日，日本空军击沉了英军驻扎在关丹外海的两艘战舰——巡洋舰“击退号”和主力舰“威尔斯王子号”。之后日军以自行车代替坦克快速南下，英军在日军的凌厉攻势下，溃不成军，节节败退。12月17日槟榔屿沦陷，婆罗洲也被日军占领。1942年1月11日，吉隆坡沦陷，1月31日，柔佛新山沦陷。2月15日，驻新加坡英军总司令白思华（Lt. Gen. Arthur Earnest Percival）向日军投降，新加坡沦陷。从1941年12月8日日军登陆哥打巴鲁，到1942年2月15日日军占领新加坡，短短55天日军攻破英军在马来亚的所有防线，英国人未进行激烈抵抗就投降，令一向高看英国人的殖民地民众大为失望。
日本占领者将新加坡改名为昭南岛，在行政上，新加坡成为日本的一部分，为“昭南特别市”，因此新加坡的日据时期又称“昭南时代”。日本将马六甲和槟城改为“彼南岛”，与其他九个马来土邦合并为一个省。为了与暹罗交好，1943年日本将马来亚北部的吉打、玻璃市、吉兰丹和丁加奴割给暹罗，仅派驻联络员监督。同时日本在砂拉越、北婆罗洲和文莱建立一个单独的军政府，将这一地区分为五个辖区。
日本对马来亚各族群实行“分而治之”的政策。
日本当局对马来人等原住民进行拉拢，保留苏丹，承认苏丹的伊斯兰教领袖地位，1943年日本当局在马来各土邦建立由苏丹和马来精英组成的土邦协商委员会，低级行政人员和军警人员也由马来人担任。马来乡村还按日本人要求建立自卫团，执行守夜自卫任务。在经济上，鼓励马来人生产稻米，并帮助他们改进技术，提供种子和肥料，以增加生产。
日本占领者对华人则是残酷镇压。日本人痛恨华人积极支持中国抗日，要对其进行严惩，1942年2月14日日本政府采纳陆军参谋本部拟定的“华侨对策纲领”，要求控制华人以使其对“帝国国防必需物资的生产和取得方面作出贡献”，并要“采取一项绝对适合和坚决的行动对付有害于我们的华侨，以便展示我们的威力”。[80]具体方式一是“肃清”，日本经常出动大批军警，封锁交通要道，将华人集中起来接受“检证”。“检证”主要在新加坡、马六甲、槟城、吉隆坡、柔佛进行，“检证”对象主要是筹赈会活跃分子、教师、学生、纹身者、义勇军战士，等等，有大批华人被捕、被杀。“大检证”期间被杀害的华人人数没有确切统计，据估计在10万人以上。[81]另一个方式是要求华人奉纳5000万元“奉纳金”给日军以示忠诚，华人侨领被迫成立“昭南华侨协会”，按各州华人富裕程度和人口，将5000万元奉纳金分派下去，其中新加坡1000万元，槟城700万元，雪兰莪1000万元，霹雳850万元，柔佛500万元，马六甲550万元，森美兰200万元，吉打80万元，玻璃市20万元，吉兰丹30万元，丁加奴20万元，彭亨50万元。同时日军也强迫砂拉越和北婆罗洲华人交纳310万元奉纳金。后因马六甲和霹雳华人实在交纳不了这么多，新加坡再增加了250万元。可是，华人因受战前经济危机影响，加之战争的破坏，倾家荡产也交纳不了这么多“奉纳金”，最终日本当局同意由横滨正金银行贷款2,200万元给华人，交纳了“奉纳金”。[82]日军并不满足，威胁华人“必须痛改前非”，否则“仍必受严厉之惩诫”。[83]如果说“肃清”是在肉体上消灭华人，“奉纳金”则是在经济上扼杀华人，加上其他经济打压和勒索，日据时期马来华人经济一蹶不振。(https://www.xing528.com)
日本占领者对印度人比较温和，尽管原来担任公务员和军警的印度人被投入监狱，但日本要利用印度本土的反英民族主义，所以对马来亚的印度人实行怀柔政策，一些印度人也幻想借助日本侵略战争赢得印度独立和解放。在日本人扶持下，马来亚的印度人独立联盟（Indian Independence League, IIL）建立，总部设在新加坡，在马来亚有70个分会，共350,000名成员。该联盟后来成为领导东南亚印度人支持印度独立运动的中心，还于1943年2月建立印度国民军。
日本占领马来亚给当地民众带来深重灾难。有无数的平民死于日军的屠杀，著名的大屠杀有余朗朗村大屠杀，日军认为该村窝藏抗日分子，于1942年3月18日上午包围该村，一天内杀害1,474名华人村民，还将15—30岁的女性赶到学校进行轮奸，并杀死她们，最后放火烧毁全村。[84]日军的暴行令人胆寒，据经历日本统治的华人回忆，年轻女子只要一听到“日军”二字，便纷纷躲起来。由于担心日本人侵害，有女儿的家庭纷纷将她们草草嫁人，许多女孩才13、14岁，就被父母赶紧托人找个男人嫁掉，不管双方是否合适，也不管男方家境如何。这在日据时期的马来半岛和婆罗洲是普遍现象。[85]
日当局实行“以战养战”的经济政策，将马来亚经济纳入战时轨道，优先满足日本的侵略需要。日本的占领破坏了马来亚原有的经济结构，窒息了商品经济，导致粮食奇缺，物品短缺，物价飞涨。日当局实行配给制，肥皂每3人每月供应一条，衣服每人每年配给衬衣一件，大米配给起初每人每月20斤，后来减为男子8斤，女子6斤，儿童4斤。[86]柔佛、森美兰、雪兰莪等城市成人每月只有4斤米，市郊和农村没有配给。[87]人们只能靠木薯、番薯和杂粮度日，“因为缺盐，又没有足够的主粮米饭食用”，整日吃蕃薯、野菜，以致于多年后人们“看到蕃薯头就大，想起以前吃到的黏黏的蕃薯还会反胃”，[88]而当时“肌黄骨瘦，形容枯槁，面目黎黑之空腹人群，触处可见”。[89]马来人因种植稻米，粮食供应尚可，但要为日军服劳役和提供粮食，生活也较战前更糟。印度人处境艰难，在橡胶园工作的劳工失去最低工资和基本生活保障，印度人也被日军强制服劳役，造成众多印度人非正常死亡。[90]
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