在理论上，反对商业方法专利保护的理由概括起来主要如下：一种观点认为，从根本上说，商业方法与科学技术不同，二者的创新需要不同的激励机制。科学创新之所以需要专利保护来促进，在于科学发明的研发成本大，而且容易被搭便车，如果不赋予发明人专利垄断权，就难以保证其收回研发成本，从而不利于激励和促进科技的发展。而对于商业创新，为创新者提供了在市场上的创新优势，其本身创造的经济激励已经能够充分鼓励商业活动的创新和发展。另一种观点认为，商业方法绝大部分已经是公开的，为其提供专利保护，不符合专利制度以公开换保护的原理。商业方法实施的公开性使得对其提供专利保护与专利制度的鼓励技术公开相矛盾[8]。
在专利审查实践中，否定商业方法可专利性的主要理由是商业方法属于智力活动规则或者不属于技术方案。2004年以前的审查实践尝试以《专利法》第25条第2项规定的“智力活动的规则和方法”将此类案件排除在专利保护客体之外。
但是，商业活动的现代模式不同于其初始形态。在现代商业活动中，一方面，由于商业方法的步骤或手段是作用于机器的，所以难以再有令人信服的理由认为这种商业方法仍是一种智力活动的规则方法。另一方面，倘若专利申请人想要找商业方法与明显的技术内容关联点，则不管是从服务器、客户终端上提高执行效率或降低资源依赖方面，还是从网络上节约流量方面，总是可以找到一些关联的地方。比如申请号为201110358205.3、发明创造名称为“一种交易信息的处理方法及装置”的专利申请涉及一种分期付款的网络购物的方法，其背景技术中记载如下内容“如果用户支付金额不足，将无法完成交易。此时，用户只能在以后金额充足后，再重新搜索或访问相关商品信息页面，这不但增加了用户操作的复杂性，而且增加服务器的访问负担和网络带宽的占用。”显然，申请人将降低服务器访问负担和网络带宽作为其想要解决的技术问题，使得该分期付款的购物方式与服务器负担好网络带宽这个明显的技术内容具有了一定的关联。(www.xing528.com)
现代商业方法已不再是纯粹的智力活动的规则方法，而是或多或少地具有一些技术特征。现代商业方法的技术性，使得以非技术方案的理由质疑商业方法的可专利性不断受到挑战。
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