针对成员国内部冲突，非统奉行不干涉内政的原则，同时，还是采取了一系列防止和解决冲突的措施，如组成“咨询委员会”等。1993年，非统建立“预防、处理和解决非洲冲突机制”的中央机构，并设置“和平基金”作为该机构开展维持和平行动的费用。1995年，该中央机构通过了《突尼斯宣言》。1997年，又在多哥首都洛美举行特别首脑会议。
非统先后对尼日利亚内战(1967—1970)、安哥拉内战(1975—1994)、苏丹内战(1990)、索马里内战(1991)、卢旺达内战(1992—1993)和利比里亚内战(1993)等进行了调解和斡旋。
尼日利亚内战
“尼日利亚的民族、宗教矛盾同地区矛盾如同一双孪生兄弟，总是相互交织在一起，民族、宗教矛盾激化往往诱发地区矛盾；地区矛盾紧张常常夹杂着民族、宗教矛盾，比夫拉战争便是最有说服力的例子。”[82]主要信仰基督教的东部区伊博族、大多数信仰伊斯兰教的北部地区豪萨-富拉尼族和大多数信仰基督教和伊斯兰教约鲁巴族之间民族、宗教根深蒂固、盘根错节。由于盛产石油和经济作物棕榈仁、棕榈油、橡胶等，东区基本掌握着整个尼联邦的经济命运，地区之间矛盾尖锐。1967年7月至1970年1月16日，尼日利亚处于内战状况。
1967年9月，非统第四届金沙萨首脑会议通过决议，匡正了自己对尼内战问题的立场。在此会议之前，非统部长理事会考虑到尼内战是一个国家的内政，本着“不干涉各国内政”原则，并没有计划把尼问题列为这届非统首脑会议议程。然而，又觉得非统国家领导人在散会后没有留下关于尼问题的一言片语，这就会给坚持“非统无用论”的批评家们提供一个有力论据。该会议通过了一个决议，谴责了成员国内的任何分裂活动，宣布支持国家领土完整原则。会议认为尼的境况是不幸的和严重的。尼内战纯属尼的内部事务，应由尼人民自己解决。[83]会议决定派遣一个由喀麦隆、刚果(金)、埃塞俄比亚、加纳、利比里亚和尼日尔等6国元首组成的“咨询委员会”在适当的时候访问尼，并使尼政府确信非统支持尼国家的领土完整、统一与和平。[84]委员会的目的是调解尼政府与比夫拉分离主义者之间的关系。(www.xing528.com)
尽管该“咨询委员会”成功地把双方的战斗人员带到谈判桌前，但是未能够使它们接受停止敌对行动。[85]在相当大的程度上是由于刚果危机这一教训，压倒性多数的非统成员国支持尼政府反对比夫拉分裂势力。然而，所有非统成员国并不是铁板一块。很明显大部分是出于人道主义动机，坦桑尼亚和赞比亚等非洲国承认了比夫拉是一个主权国家。同年11月23日，“咨询委员会”访问了拉各斯，最后发表公报重申“任何解决尼内战的措施都必须以保持尼的统一和领土完整为前提”。1968年5月6日，乌干达总统奥博特主持下的尼内战谈判在坎帕拉举行，由于双方分歧太大，和谈破裂。
伊博人发生大批饿死的情况，引起了世界同情与关注的同时，也有力地推动了非统立即采取行动。为争取停火和谈判解决内战问题，在非统时任秘书长特利、非统1968和1969年各年任主席和“咨询委员会”主席塞拉西等的不懈努力下，于1968年分别在尼亚美、亚的斯亚贝巴召开了两次著名的和平会议，然而会议都没能取得成效。[86]1968年9月非统第五届首脑会议在阿尔及尔举行，通过决议要求各成员国解除任何有损于尼和平、统一和领土完整的行为，敦促比夫拉放弃独立，维护尼的和平与统一。[87]1969年4月，“咨询委员会”在蒙罗维亚召开最后一次会议，仍然在尼内战的和解问题上没取得任何进展。1969年9月非统第二十六届亚的斯亚贝巴首脑会议再次通过决议，象牙海岸、加蓬、坦桑尼亚、赞比亚和塞拉利昂等5国弃权。决议敦促尼内战双方为了尼的统一和非洲利益进行停火和谈判。
1970年2月，内战结束，尼恢复了统一。戈翁政府采取了民族和解政策。由于巨额的石油收入，东区的经济很快得到了恢复。然而，这场大规模内战在世界历史，尤其是在非洲历史上写下了沉痛的一页。一位著名的伊博族小说家C．O．D．埃克文西说道：“欧洲在35年之后仍然在讨论它的战争，所以你不能指望我们会在10年之内把一切都忘掉。”“要实现真正的和解，还有许多事情要做，但我们已经走了一段很长的路，恐怕比非洲其他任何一个民族走的路更长，这远不是仅仅开始。”[88]
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