1.文物周边环境状况复杂，早期多采用传统退线法确定边界，与周边环境适应性较差
随着城市变迁，深圳市的许多不可移动文物生存状况堪忧，遭到人类生产、生活活动的蚕食，有些遗址、墓葬周围兴建了住房、养殖场，文物环境遭到破坏。如咸头岭遗址毗邻咸头岭村，遗址为沙丘遗址，埋深较浅，大量的生活生产设施侵蚀、破坏了遗址本体及周边环境。很多文物保护单位两线范围与城市建设用地穿插叠合，大量的非文物建筑包含在保护范围内，如汪刘二公祠所在的城中村正在进行城市更新，大量的非文物建筑被列入保护范围，给后期的城市更新带来麻烦。早期实施的机械式的退线法，给城市管理、文物保护带来诸多问题。
图5-11 汪刘二公祠区位图
图5-12 咸头岭遗址区位图
2.文物本体、历史环境发生较大变化
一些文保单位的文物本体、历史环境发生了较大变化，如绮云书室西船厅，2009年划定紫线时部分文物本体尚在，目前已坍塌，被改为小学的篮球场（图5-13、图5-14）。再如宝安区将永兴桥的水面部分扩大至原来的两倍，原有保护范围难以适应新的要求（图5-15、图5-16）。调查发现，很多文物保护单位都面临城市更新等新情况，需要调整原先划定的两线，如汪刘二公祠，保护范围需要结合城市更新计划进行适当调整。由于周边非文物建筑已经拆除，文物所处历史环境消失，需要重新考虑建设控制地带的区划。
图5-13 绮云书室（早期两线与环境）
图5-14 绮云书室（现状）(https://www.xing528.com)
图5-15 永兴桥（早期两线与环境）
图5-16 永兴桥（现状）
3.不同时期、不同单位的两线区划标准不统一
目前，深圳市做保护规划执行的法定依据主要是1986年出台的“四有”工作规范，制定时间较为久远，与快速发展的城市现状不相符。不同时期、不同单位的两线区划标准不统一，划线方式较少考虑处于不同区位环境中的不可移动文物的特点和需要。
目前，文物保护与文物产权的矛盾、文物保护与城市建设规划的冲突等问题时有发生，文物行政管理部门对处于城市建成区和空旷地带的文物保护单位采用同一种两线区划标准，已经不能适应城市建设用地紧张、城市扩张迅速的新形势。
图5-17 南头古城垣保护规划（早期紫线版）
图5-18 南山区编制的南头古城址文物保护规划
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