由于各申诉专员的工作程序大同小异，以下仅以加拿大新斯科舍省为样本予以介绍。
（一）判断管辖权
在接到申诉后，申诉专员首先会搜集与申诉案件有关的材料，如果材料显示申诉事项超越了申诉专员的职权范围，[20]则其不能开展调查。不开展调查并不意味着申诉专员的工作结束，申诉专员需要将不予以调查的决定及其理由告知申诉人以及与此决定有利益关联的人，当然申诉专员还可以推荐申诉人向其他办公室寻求建议或帮助。根据统计，在申诉专员接到的申诉当中，有1/3左右的申诉不属于其职权范围内，详见图3[21]。
（二）分类进行调查
如果案件属于申诉专员的管辖权范围，申诉专员将根据案件情况决定调查的程序。
图3 在职权范围内的申诉量与不在职权范围内的申诉量对比
1.提交行政复审机构
加拿大申诉专员制度的设计者们认为，为行政机关提供自我纠错的机会非常重要，且有些纠纷只需要行政主体与行政相对人充分沟通即可解决，无须开展深入调查。针对这类纠纷，申诉专员会鼓励申诉人通过行政复审机构来解决争议。如果行政复审机构在8周内未解决纷纷，申诉专员将向行政首长发出建议函。大部分行政争议都在行政复审阶段得到了解决。
2.开展调查
对于需要申诉专员开展正式调查的案件，申诉专员会核查所有相关信息，并根据核查的信息将案件分为申诉有理由的案件与申诉无理由的案件。(www.xing528.com)
对于申诉有理由的案件，申诉专员会向所涉行政机关提出建议并要求其对建议作出回应。申诉专员还有权对回应内容的执行情况进行监督。申诉专员的建议一般会被政府采纳并履行。在特定情况下，如果认为有必要，申诉专员可以同时将对政府的建议报告提交给议会。
对于申诉无理由的案件，申诉专员会向申诉人发一封关于最终调查结果的解释函，告诉他们为什么申诉专员不支持他们的申诉。
3.调查终结
申诉专员在收到申诉人对案件处理情况的反馈信息，并对反馈信息进行审查后就能决定是否终结调查。若审查合格，则终结调查；若经审查后发现申诉问题仍未得到解决，申诉专员需要做进一步调查，直到审查合格为止。
调查并非没有时间限制，情况比较简单的案件，一般在1周内即可得到解决，这类案件占所有案件的70%以上。但对于需要深入调查的案件，[22]调查程序复杂，所花的时间也长，可能需要1~4周，甚至更长时间。详见图4。[23]
（三）提出建议与报告
调查终结后，如果申诉专员认为导致申诉发生的原因可能是由于所涉机关的执法行为存在《申诉专员法》第20条第1款[24]所规定的情形，应当将其建议及理由以报告的形式交予所涉机关的首长、政务长官，并可以要求其反馈建议被采纳的情况。申诉专员在每一工作年度结束之前，必须向议会提交年度报告，以汇报一年的工作情况。
图4 申诉解决期限
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