秦及西汉之官制规定，太尉与御史大夫为宰相职，然太尉仅为武将最高荣誉职务，并不常设。故承担宰相职责的是丞相和御史大夫，时称为二府。
汉初，丞相府仍如秦制，但是随着国家行政管理事务的增多，其下属机构（各曹）也随之增多，规模较秦时为大。拥有丞相司直（武帝元狩五年初置司直，秩比二千石，掌佐丞相举不法） [75]，两长史秩千石[76]。另设诸曹以分管各项政务。府中还有政务中枢黄阁。相府的门涂成黄色，故称黄阁。黄阁是相府的办公厅， 主管内外传递及文书工作，“黄阁主簿录省众事”[77]。司直及长史为高级官员，均由皇帝直接任命。其余大部分官属由丞相辟除。
由于《汉书·百官公卿表》记述汉官职很简略，且《汉书》中丞相府诸曹可考见者，仅有东、西、集、议、侍等六曹。又据《汉旧仪》卷上载：“武帝元狩六年（前117年），丞相吏官三百八十二人。”但在述吏员分工和职掌时，人数实际上只有362人。而东汉太尉、司徒、司空三公，分别开府，其吏员合计共188人，仅是西汉丞相府吏员的一半。故学者们论述西汉丞相府机构设置时，基本上都是参考东汉公府诸曹制度。如：钱穆《中国历代政治得失》，统计丞相府诸曹为13曹，并把黄阁算为1曹；曾资生《中国政治制度史》第二册，统计为15曹，把黄阁算为1曹。今据周道济《汉代宰相机关》统计，西汉丞相府机关计有：东、西、议、辞、奏、贼、决、集、侍、户、法、尉、兵、金、仓15曹。另有黄阁。依《后汉书·百官志一》所述三公府，分析西汉丞相府各曹吏员职掌：丞相府各曹“掾史属（汉书音义曰：‘正曰掾，副曰属’）……汉初掾史属辟之，皆上言之，……其后皆自辟除。……令史乃御属……御属主为公卿，閤下令史主阁閤威仪事。记室令史主上章表报书记。门令史主府门。其余令史，各典曹文书。”[78]可见：
1.丞相府中除长史等少数高级官员由皇帝任命外，其余大部分官员均由丞相“皆自辟除”，丞相府西曹职掌即为“主府史署用事” [79]，类似今天的人事厅、人事处。
2.各曹除主官“掾”、副职“属”外，均有令史“典曹文书”。另有计室令史，主上章表报书记。记室令史《后汉书》未载其属于何机构（曹），推测应属黄阁，因为“黄阁主簿录省众事”。
3.黄阁为丞相府之办公厅。
4.以上掾史属与令史，均为国家官员。
御史大夫是丞相的副职，不但辅助丞相总理国政，而且还主管监察。在政务方面，开设御史府，拥有一定员额的掾属，分曹治事，检查丞相诸曹的事务。在监察事务方面，则按上卿的职务，分领官署，其下设丞、中丞、侍御史、御史等官，负责保管各种律令图籍及各方面监察事务。
东汉时，以太尉、司徒、司空为三公，分别开府，设有诸曹、黄阁，以及数目大致相同的掾属和御属。[80]从东汉末至魏晋南北朝，除了西晋时的短暂统一，国家基本上处于分裂割据状态，王朝更迭频繁，豪强争霸始终未休，世家大族把持朝政，地方都督、刺史们拥兵自重。魏晋南北朝时，按规定，相国、丞相为二相，太宰、太傅、太保、太尉、司徒、司空、大司马、大将军为八公，均可以开府施政。军政阀阅们常常依恃手中的军政实力，挟天子以令天下。在攫得军政大权的同时，他们往往也攫得开府施政的权力，他们利用辟召僚属的权力，一方面网罗武将，大肆扩军；另一方面招募文人谋士，为他们出谋划策，处理日常事务，办理各种公务文书。这些文人得到辟召服务于各幕府，实际上成为幕主们的私人臣僚。而当其主人一旦称帝，其手中的军队立即成为国家常备军队，其幕府也移居宫中，进入国家机构，私人臣僚也就成为国家官吏。
魏晋南北朝时期的这一现象，起始于曹丕。曹丕废汉建魏，立即以其府中的幕僚，组成新王朝的中央秘书机构。改秘书令为中书监，秘书左丞刘放为中书监，秘书右丞孙资为中书令。因为刘、孙两人资历不相上下，所以除设中书令外，又增设中书监一职，监略高于令，使两人同掌机要，相互监督，便于驾驭。首开亲信幕僚转化为朝廷秘书首脑的先例。据《三国志·魏书·程郭董刘蒋刘传》 记载：刘放为王松“答太祖书，其文甚丽。太祖既善之，……由是遂辟放。……乃以放参司空军事，历主簿记室。……魏国既建，与太原孙资俱为秘书郎。先是，资亦历县令，参丞相军事。文帝即位，放、资转为左右丞。数月，放徙为令。黄初初，改秘书为中书，以放为监，资为令，……遂掌机密”。[81]
此后，如司马昭（追尊为晋文帝）、司马睿（东晋建立者，晋元帝）、刘裕（南朝宋武帝）、萧道成（南朝齐高帝）、陈霸先（南朝陈武帝）、高欢（东魏实际主政者）、宇文泰（西魏实际主政者）等，都由开府而建国。其幕府私僚在建国后都成为国家官吏。
这些幕府中的幕僚，主要由府主辟召，府主对他们有知遇之恩，他们称府主为主公，对府主忠诚。
东汉末年，幕僚制度的发展开创了一个新的局面。东汉时，州成为地方最高行政区，原为州监察区长官的刺史便成为最高的地方行政长官，级别也从原来的六百石提升为二千石。黄巾起义爆发后，刺史因典领郡兵进行镇压，地位变得重要，为提高刺史的地位而将之改为州牧，同时又加封监军、将军等名号，从而使其合法地拥有一州的军事、行政、财政和司法大权。成为割据一方的实际统治者。魏晋南北朝时，因为世家大族多控制地方，势力雄厚，非但没有对州的行政体制进行调整，反而使刺史兼领军职制度化，不兼军职的刺史被称为“单车”刺史，意味着其无军事实力，其地位和势力均不足观。
据严耕望《魏晋南北朝地方行政制度》一书说：“大多数之州刺史皆加将军之号，得开府置佐，故其佐吏有州吏与府吏两系统。州吏之任用权，自属刺史，至于将军之府佐，本非地方官吏，依法当由朝廷除授，不由长官自辟；而事实上刺史荐举之权甚重，且得直接板授地位较低之参军。”[82]
州府机关的行政组织机构，在东汉时就已经初具规模，当时州府设有别驾、治中、都官等从事史，以及主簿、门亭长等书佐。魏晋南北朝时期变化不大，只是分工更加细密，逐渐形成三个支系。一是别驾，“主吏及选举事”。与西曹分掌诸曹、兵、贼、仓、户、水、铠之属。[83] “其任居刺史之半”[84]地位最为重要，是刺史的重要助手。二是治中，“主众曹文书事”，统领州府机关诸曹之文书，与别驾构成相互制衡之势。三是主簿，主管刺史府的节仗文书，内传外宣，为喉舌耳目；统领门亭长、录事、记室等文秘承传机构。三个支系各有所属吏员，既有一定分工，又有相互制约，共同管理州府的行政事务。[85](www.xing528.com)
加将军之名号而统兵的刺史，还有一套军府行政组织。军府设长史、司马和西、东、户、贼、兵、铠、士、营军、刺奸、帐下督等曹掾史。在辅政时，也是政务、文书等事务分工的。
大抵在东晋时代将军府职能还偏重军事，地方行政权在州刺史府。宋、齐之时，由于世族大多已控制地方，州刺史府佐吏转变为地方世族寄禄之任，地方行政属吏转处闲散。严耕望说：“盖州郡属吏虽长官自辟，然籍限本域，长官莅任，人地生疏，兼以地方豪族竟相荐举，故名虽自辟，情实疏间。而军府之职，或时君简派腹心，或长官荐任亲信，挟除授之势，恃亲信之权，以凌疏间之吏。一强一弱不待历史演变已判然可知，况战争频繁，军事第一，地方属吏欲不退处闲散，岂可得乎？”[86]
这一时期的幕府，由于地方军事权力逐步加重，各朝对地方的控制在逐渐减弱。从严耕望《中国地方行政制度史·魏晋南北朝地方行政制度》第九章官佐品班表中可以看到，从魏到南朝陈，这种内轻外重的变化趋势。
在魏时，刺史领兵者位列第四品，单车刺史位列第五品。到陈时，领兵刺史大多由宗室出任，名义变为“都督诸州之军事”，最高官品为一品[87]。这就是此一历史阶段，幕府也被称为霸府的由来。这些霸府中，有些秘书职务向来由府主心腹担任，如主簿、记室参军等。如：纪僧真任职萧道成幕府主簿时，为之出谋划策，“答远近书疏”，萧道成并“令僧真学上手迹下名，至是报答书疏皆付僧真”，萧道成“观之笑曰：‘我亦不复能辨也’”。纪僧真曾详细向萧道成分析天下大势，力劝他代宋称帝，最终促成了萧道成创立齐朝。[88]
《宋书·建平王宏传》：建平王宏之子景素“为镇东将军，南徐州刺史，朝廷疑之”，“景素因此稍为自防之计，与司马庐江何季穆、录事参军陈郡殷沵、记室参军济阳蔡履、中兵参军略阳垣庆延、左右贺文超等谋之”。能参于密谋者，必是心腹，可见，参事参军、记室参军等军府僚佐（职掌如今之秘书）例由亲信担任。
为防备霸府权力过大，势力过强，皇帝也在各霸府安插自己的亲信，以监督府主。严耕望在《中国地方行政制度史·魏晋南北朝地方行政制度》中分析道：“宋齐诸君猜忌特甚，方镇之重，不任大臣，常以皇子领其名，而任长史为行事，实掌一州之军政，与都督刺史无异。盖以上佐位望未崇，易于遥制耳。及宋末齐世，并上佐亦不任，而以府佐中不登流品之典签阴制州府之政令。此辈本为时君之亲幸小臣，递互还都，备询州事”。[89] “刺史行事之美恶系于典鉴之口，莫不折节推奉，恒虑不及。于是威行州郡，权重蕃君”。[90]
典鉴，刘宋时设立，原为处理文书的小吏，后受皇帝的信用，常受遣监视出征的方镇、宗室诸王及各州刺史，号称“签帅”。萧齐时茹法亮数度出任典签，据有州、镇大权，揽权一方，势倾一地。
此一时期之霸府，多由寒族士子担任幕僚。府主引为心腹，寄以重任。而幕主一旦篡位成功，这些寒族士子又会马上位居高官。这也是魏晋南北朝时的一种极为普遍的现象。清代赵翼在《廿二史札记》中概括出两条：一条是“南朝多以寒人掌机要”，一条是“齐制典签之权太重”。[91]
仅以《南史·恩幸列传》为例：
“戴法兴，……家贫。……大将军彭城王义康……以法兴为记室令史。义康败，仍为孝武征虏抚军记室掾。及徙江州，仍补南中部典签。帝于巴口建义，法兴与典签戴明亮，蔡闲俱转参军督护。”[92]
“纪僧真。……少随逐征西将军萧思话及子惠开，皆被赏遇。……乃请事齐高帝，随从在淮阴。以闲（娴）书题，令答远近疏。自寒官历至高帝冠军府参军主簿。”[93]
“茹法亮，……出身为小史（吏），……累至齐高帝冠军府行参军。及武帝镇盆城，须旧驱使人，法亮求留为武帝江州典鉴。” [94]
“司马申字季和，……太清之难，父母俱没，因此自誓，担土菜食终身。梁元帝承制，累迁镇西外兵记室参军。及侯景寇郢州，申随都督王僧辩据巴陵，每进策，皆见行用。”[95]
以上诸人，出身贫寒，均有从事军幕僚佐的经历，并掌机要。其中戴法兴、茹法亮因从龙有功，分别被宋孝武帝刘骏和齐武帝信任。他俩都做过中书舍人。中书舍人这个官，本来是中书省的僚属，地位并不高。宋孝武帝开始把国家的机密要务转到中书舍人的手里。齐武帝时，四个中书舍人，还各设一个办事机关，称为“四户”。皇帝的诏书，从这四个机关发出来，宰相无权过问。原来由尚书省管理的许多事务，也转到“四户”中来了。
“寒人掌机要”，寒人也任典鉴。君主能对他们寄为心腹，委以重任，是因为之前在幕府中就已经信之不疑，寄为心腹了。
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