洪武初年，东南沿海形势依然紧张，方国珍、张士诚的余部仍有不服者与明政府对抗。此外，一些江淮“强豪者悉航海，纠岛倭入寇”，致使从辽东至广东的滨海地区，无岁不被其害。[28]为了稳定局势，朱元璋于吴元年（1367年）采纳浙江行省平章李文忠的建议，在“嘉兴、海盐、海宁皆设兵戍守”，[29]建立“边防之所”，[30]这是明朝卫所建立的开端。洪武元年三月（1368年3月），设置泉州卫，以李山为指挥。[31]
洪武八年八月癸丑（1375年9月21日），朱元璋在全国进行了一次“改卫为司”的大整编，将“在外各处所设都卫，并改为都指挥使司”[32]。“福州都卫为福建都指挥使司，置福州左右二卫指挥使司。建宁都卫为福建行都指挥使司。”“广东都卫为广东都指挥使司，置广州左右二卫指挥使司。”“在京留守都卫为留守指挥使司，原辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江八卫俱为亲军指挥使司。水军左右二卫为指挥使司，俱隶大都督府。”[33]卫所制初具雏形。
洪武十二年十月甲申（1379年11月30日），明朝政府在江苏太仓海口设置镇海卫指挥使司。[34]洪武十九年十二月癸丑（1387年1月21日），在“宁波、温、台、昌国等府县并海之地，置千户所八（即平阳、三江、龙山、霩衢、大松、钱仓、新河、松门8个千户所）……皆屯兵以备海寇”[35]。洪武二十年二月（1387年2月），设置“定海、盘石、金乡、海门四卫指挥使司于浙江并海之地，以防倭寇”[36]。“金山卫于松江之小官场，及青浦、南汇嘴城二千户所。又置临山卫于绍兴，及三山、沥海等千户所。”[37]四月戊子（1387年4月26日），朱元璋命江夏侯周德兴前往福建，“选闽人为沿海戍兵，并定置沿海卫所”[38]。“移置卫所于要害处，筑城十六”，“增置巡检司四十有五，分隶诸卫，以为防御”。[39]十月（1387年11月），信国公汤和前往浙西沿海筑城籍兵戍守。“时倭寇海，上命和往视之，和与方鸣谦议所以御倭之策。鸣谦曰：倭，海上来，则海上御之耳。请量地远近置卫所，陆聚步兵，水具战舰，则倭不得入，入亦不得傅岸。……和从其言，度地浙东西濒海，筑五十九城。”[40]
洪武二十一年（1388年），朱元璋又命汤和巡视闽粤，筑城增兵。“置福建沿海指挥使司五，曰福宁、镇东、平海、永宁、镇海。领千户所十二，曰大金、定海、梅花、万安、莆禧、崇武、福全、金门、高浦、六鳌、铜山、玄钟。”[41]
洪武二十六年（1393年），明朝政府颁布了全国都司卫所（“所”指千户所）的统计数字。其中沿海都司卫所情况如下：左军都督府所属浙江、辽东、山东3都司，浙江都司辖16卫4所；辽东都司辖20卫；山东都司辖11卫4所。右军都督府所属广西都司6卫1所。前军都督府所属湖广都司33卫14所；福建都司11卫；福建行都司辖6卫1所；广东都司11卫13所。[42]
表2-1 洪武年间福建沿海建立卫所
资料来源：驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第54页。
表2-2 汤和建立东南海防体系
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资料来源：马楚坚著：《明清人物史事论析》，江西高校出版社1996年版，第487页。
戍守卫所的士兵大体上由三部分人员组成。
一是在设卫筑城时，随统兵将领一起调派过去的士兵。到达驻地后，再被分派到各个卫所。例如洪武元年三月（1368年3月）设置泉州卫时，以李山为指挥，统率所部兵马戍守。洪武四年十二月（1372年1月），“命靖海侯吴祯籍……温、台、庆元三府军士……隶各卫为军”[43]。汤和最初在山东、江南北、浙东西沿海设置卫所时也多采用这种方式。这一方式的好处是，士兵原本就是统兵将领的部下，兵将相识，建制完整，使用起来轻车熟路，战斗力强。但是这些士兵多来自于外省，到达当地后，由于风俗、乡情、地理环境等诸多因素的影响，给军队的管理带来了很多问题，其中不安心戍守和不守纪律是最大的问题。
二是将方国珍、张士诚残余兵勇编入沿海卫所[44]。洪武初年，方国珍和张士诚“余众多窜岛屿间，勾倭为寇”。洪武四年十二月（1372年1月），洪武皇帝“命靖海侯吴祯籍方国珍所部……隶各卫为军”。[45]这一方法既可以视作对方、张二人降兵的惩罚，也可以看成是因材而用的行为，毕竟方国珍、张士诚的降兵对沿海地区更熟悉些。当然，这些人多是以明朝政府军的身份进驻沿海卫所的。
三是采取籍民为兵的方法来扩充沿海卫所的守备兵力。洪武四年十二月（1372年1月），靖海侯吴祯籍“兰秀山无田粮之民，凡十一万余人，隶各卫为军”[46]。洪武十五年三月癸亥（1382年4月27日），命南雄侯赵庸籍广州蜑户为水军，[47]得兵万人。洪武二十年四月戊子（1387年4月26日），“命江夏侯周德兴往福建，以福、兴、漳、泉四府民户三丁取一，为缘海卫所戍兵，以防倭寇。……德兴至福建，按籍抽兵……凡选丁壮万五千余人”[48]。十月（1387年11月），朱元璋命信国公汤和前往浙西沿海筑城籍兵戍守。汤和按照“近海民四丁籍一以为军戍守之”的原则，“籍绍兴等府民四丁以上者，以一丁为戍兵，凡得兵五万八千七百五十余人”[49]。
在戍兵被分派到各个卫所后，人数大致就不再变动。但是当某个都卫的辖区发生重大事情，需要采取军事行动时，中央政府还是可以调派其他地方的军队前来支援，与原先的戍兵一起打击敌人。例如，洪武六年六月（1373年6月）广东都卫报告，“所属雷州卫地邻溪洞，控制蛮夷，其人叛服不常，请益兵镇守”。于是朱元璋命前军都督府增派5000名士兵来加强雷州卫的防御力量。[50]
籍民为兵的做法很大程度上是带有强迫性质的，虽然这些人并不愿意成为戍守卫所的士兵，但是在充满暴力和严格纪律的军队里，他们将很快被训练得适应恶劣的军旅生活，并成为合格的士兵。对这种蛮横的行为其实无须过多地指责，即便是西欧的海军大国英国，到了19世纪，它的海军也是依靠海军征兵队直接从海边、街上、酒馆，甚至居民的房屋里抓人来保证招募到足够的水手和兵员，这毕竟是那个时代的特点。
卫所人员编制在明朝初年变化是很大的，甚至出现1卫辖10个千户所的情况。到了洪武七年八月（1374年9月），朱元璋申定卫所之制，才正式确定了卫所的编制体制：卫—千户所—百户所—总旗—小旗。[51]每卫下设前、后、中、左、右5个千户所；每个千户所编制1120人，统10个百户所；每个百户所编制112人，领2个总旗；每个总旗编总旗1人，领5个小旗，计56人；每个小旗编小旗1人，旗兵10人，计11人。如果守御千户所单独驻扎于某一地方，则以守御某地命名，一般不隶属于卫，而是和各卫一样，直接隶属于都司，而都司又分隶于五军都督府。[52]
卫所在编制人员的同时，也要编制固定数量的战船。明初，朱元璋规定沿海每一个千户所要配备10艘战船，按每卫5所计算，那么每卫就有战船50艘。每艘战船编制100名旗军，春夏出哨，秋冬回守。每座水寨所需的战船，由负责协调守御的卫所摊派而来。[53]
洪武二十六年（1393年），明朝政府颁布了全国都司卫所（“所”指千户所）的统计数字。其中沿海都司卫所情况如下：左军都督府所属浙江都司辖16卫4所，辽东都司辖20卫，山东都司辖11卫4所；右军都督府所属广西都司6卫1所；前军都督府所属湖广都司33卫14所，福建都司11卫，福建行都司辖6卫1所，广东都司11卫13所。[54]共计114个卫和37个独立的守御千户所，应有士兵72万余人。但是洪武二十九年七月己卯（1396年8月27日），军需部门“给旗手等卫军士十九万九千一百余人，棉布三十九万八千二百匹”[55]。说明当时全国卫所的正规军——旗军总数不到20万人，其中沿海都司所辖旗军不会超过10万人，这只占到军队实际人数的1/7。由此可见，在沿海地区卫所驻守的士兵大多数是非正规军，他们的待遇较旗军要低很多，但他们工作的危险性却相当高。
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