永乐之后，明朝政府也注意到通过加强制度方面的建设来保卫海疆的安全。
首先，注重指挥人员的选拔和任命。洪熙元年七月（1425年7月），“上谕行在吏部臣曰：海道倭寇出没不时，必得老成之人乃能临机应变。宜精选指挥使、正千户掌印”[12]。
其次，确保军需物资的及时足额调发。洪熙元年十二月壬申（1426年1月15日），山东都指挥使卫青报告，“备倭军士缺弓箭，请给弓一万、弦二万、箭三十万”。卫青的请求立即得到批准。[13]宣德八年十二月（1433年12月），下发给江淮、济川二卫水军14800余人的胖袄也及时到位。[14]虽然这些事不大，但及时完备的后勤保障对保持军队战斗力却有着重要影响。(www.xing528.com)
再次，通过严肃军纪来确保海防安全。譬如，洪熙元年，金山卫指挥魏保上奏，“近倭船泊海岸，督军巡捕。后所千户萧旻日事酣饮，调遣不至。又本所城垣、烽堠俱不修葺，乞治罪”。看了奏报后，皇帝告知刑部官员，“军官职在御倭寇，不应援不可宥，即追至罪之”[15]。宣德九年三月（1434年4月），巡按福建监察御史董振上奏：“西洋山等处海洋有寇船二十余艘，至长门洋劫掠连江县民所运粮米等物。巡海备御指挥朱旺，及高罗、松山二巡检司皆不严备。及知寇发，又不巡捕。都司官知之，亦不躬率兵应援，但委属官代行，请俱罪之。”宣德皇帝随即谕令行在都察院的官员：“朝廷设守备官军所以御寇卫民，今海寇劫掠，如入无人之境，此辈所职何事？令御史悉责死罪状，仍遣捕贼，不获不宥。”[16]
此外，对于军队走私问题也严加查禁。军队走私在洪武时期就已出现，后在朱元璋的严刑峻法威慑下才有所收敛。随着永乐皇帝开拓海疆，明朝与海外各国的贸易往来更加频繁，巨大的商业利润刺激着中国人不断违禁下海经商。到宣德年间，明政府虽然失去了远洋航行的兴趣，但中国人却仍念念不忘海外贸易带来的巨大利润。于是一些政府官员和军队将领凭借手中的权力和掌握的资源，“往往私造海舟，假朝廷干办之名，擅自下番”[17]。尽管以前“已有擒获”，但并没有阻止军队走私的势头。有鉴于军队走私的危害，宣德八年六月己未（1433年6月6日），皇帝“命行在都察院严私通番国之禁”[18]。不过，这个禁令就像明政府的许多公文一样，只是停留在字面上，并没有贯彻下去。由军队走私而生的腐败和贪生怕死现象得以在军队和政府部门中扩散，并逐渐腐蚀着这个帝国。
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