朱纨和势家大户的矛盾主要是因为执行严厉的禁海措施而引发的。朱纨巡视闽浙海道，为在短期内肃清海盗，他“革渡船，严保甲，搜捕奸民”，以期通过禁绝出海的办法来达到预期目的。结果，高压政策之下，玉石俱碎，海盗、外商、沿海居民、势家大户均受打击。“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也，欲沮坏之。”而朱纨执法又坚决严厉，“势家皆惧”，[99]敢怒不敢言，这为日后势家大户的疯狂报复埋下了祸根。
走马溪之战后，朱纨先是对卢镗的滥杀负有失察之责，后来事情曝光，又诿过于势家大户，结果犯了众怒，御史陈九德在势家大族的怂恿下弹劾朱纨擅杀。嘉靖二十九年七月（1550年8月），嘉靖皇帝“诏逮巡视浙福都御史朱纨至京讯鞫（通“拘”），下福建都司都指挥佥事卢镗、海道副使柯乔狱，论死”[100]。朱纨被削职，皇帝随后命兵科都给事杜汝祯审问此案。朱纨闻之，气愤难平，慷慨流涕曰：“吾贫且病，又负气，不任对簿。纵天子不欲死我，闽、浙人必杀我。吾死，自决之，不须人也。”遂喝毒药自尽。朱纨“清强峭直，勇于任事。欲为国家杜乱源，乃为势家搆陷，朝野太息。自纨死，罢巡视大臣不设，中外摇手不敢言海禁事。浙中卫所四十一，战船四百三十九，尺籍尽耗。纨招福清捕盗船四十余，分布海道，在台州海门卫者十有四，为黄岩外障。副使丁湛尽散遣之，撤备弛禁。未几，海寇大作，毒东南者十余年”。[101](www.xing528.com)
嘉靖三十二年（1553年），葡萄牙殖民者用欺骗和贿赂的手段买通了广东海道副使汪柏，假托商船遭遇风暴，请求准许在澳门借住，晾晒货物，[102]得到汪柏的批准。嘉靖三十三年（1554年），葡萄牙莱昂尼·德·苏萨任少校和广东当局订立条约，答应向中国明朝政府纳税，以此换取在广州进行贸易的权利。从此以后，葡萄牙人便在中国第一港口广州做贸易。中国人带着丝绸和麝香上那儿去，这是葡人在中国购买的主要货物。他们在那里有安全的港湾，平安而无危险，也没有人捣乱。[103]1557年，葡萄牙以租借为名，在澳门修筑炮台、城堡，并建筑大批住房，移居数以万计的葡人，霸占了中国的领土澳门。随着中葡贸易的正常化，明朝和葡萄牙的国家关系也逐步升温，明政府通过葡萄牙设在澳门的殖民据点不断从西方购进先进的火炮，并经常聘请葡萄牙军人担任明军的军事教官，借以抵抗不断威胁其北部边疆安全的后金政权的进攻，一些葡萄牙军人甚至为此献出了生命。双方这种关系一直持续到明朝灭亡。
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