万历初年，在著名改革家张居正的治理下，明朝的政治环境和行政效率都有了很大改观。虽然这次改革是打着“恢复祖制”的旗号进行的，但并不是谁都乐见其成。不过，改革还是给帝国带来了很多好处，至少海军部队受益匪浅。
万历二年正月（1574年1月），巡抚浙江都御史方弘静条陈《海防六事》：
一、复额兵。近例每船正名五十余名，而又用贴驾之军操舟，合将贴驾军兵尽革回卫，另募民兵以足原额。并复福、沧等船副舵，以备正船事故之用。
一、整战船。凡战船之制，福船取其高大，以便冲犁艟
；苍山取其坚固，以便撞击沙、渔；小哨、叭喇唬取其决捷，以便追截。若非木体坚牢，攻具悉备，焉能远哨成功。合严督修造，务令堪用。
一、利器械。浙江军次器械，嘉靖三四十年年间（1551—1566年）俱在，会省与海道副使、台州知府躬亲督造。自隆庆五年后，从各府自制，遂多虚冒。合预查应造修数目，迁委廉能府佐并武职一员，分理造完，诚验如法。其各府价银，俱解布政司收发。
一、处饷费。水兵既加给公食，又增募新兵，复舵工，共增银四万六千六百三十两。查该省军储，每年约剩米一十七万余石，多被惯徒侵盗。合督各府州县依期征解。留一半以备灾荒，其一半照例折银充饷。
一、练舟师。在船水兵旧有水操陆操之规，近来操规废弛，船兵仅取撑驾，遇贼鲜不误事。议于春防汛毕，则操练于陆。防过小汛则教演于水，不虚应故事。(www.xing528.com)
一、编渔甲。边海之人，南自温、台、宁、绍，北至乍浦、苏州，每于黄鱼生发时，相率赴宁波详山海中打取黄鱼，旋就近地发卖。其时正值风汛，防御十分当严。合将渔船尽数查出，编立甲首。即于捕鱼之时资之防寇。仍照旧规征收税银，以为修船养兵之费。渔事既毕，即听回生理。[1]
正月乙酉（1574年1月31日），谭纶主持的兵部迅速答复了方弘静，同意他的意见。[2]这样的办事效率在改革以前是从未有过的，所以改革对于海军来说绝对是一个利好消息。颇受鼓舞的方弘静积极筹划浙江海防，很快就取得成效。当年七月（1574年7月），倭寇突犯宁、绍、台、温等处，方弘静指挥海军官兵驾船出海拒敌，击沉俘获倭船数艘，斩首78颗。战果上报后，他本人就于当月获得了皇帝赏赐的银两和布帛。[3]赏罚分明的改革运动对于其他政府官员来说也是个激励。
万历四年二月（1576年3月），新上任的巡抚浙江都御史谢鹏举上奏朝廷，请求增加军队，设宁波总兵以防倭。宁波原有陆兵仅800人，中、正二哨水兵也只有2200余人。兵部商议后决定增加陆兵1200名，合原有的800名，共2000名；中、正二哨增加沙船和八桨船各20艘，叭喇唬船40艘，共加民耆舵队兵夫1040名，军队兵520名，悉听宁波总兵节制。兵部将谢鹏举的奏折送交内阁首辅张居正审阅，为防止官员借增兵之际作弊牟利，张特地调阅了前任巡抚谷中卢的募兵奏折，结果发现先前的募兵除了分发宁波3总以及民壮、军兵各1总外，还有额兵5总，协守兵2总，兵源并不缺乏。于是张决定各兵仍隶各道，不必增募，其他议项不变。[4]随后，他将此项决议写成“票拟”，再交给万历小皇帝批复用玺，这项决议就算生效了。小皇帝需要做的只是在秉笔太监的帮助下在“票拟”上用朱笔写上“知道了”三个字，然后盖上皇帝的印玺。虽然万历小皇帝并不能完全理解这样做的原因，但他知道这一形式代表了他作为皇帝的无上权威。
万历十年（1582年），随着张居正的逝世，朝中局势突变。万历皇帝迅速从勤勉走向怠惰，并从抄没冯保、张居正家产的行动中激发了对金钱的贪欲，导致已经好转的政治局面重新开始恶化，但这并不是说万历皇帝什么事情都不管了。万历十二年（1584年），已经成年的万历皇帝除了对金钱的贪欲在迅速膨胀外，对朝政的关注热情也还没有完全消退。这年七月（1584年8月），万历皇帝又奖赏了在浙江台州外海擒斩倭寇有功的人员，并赏浙江巡抚萧廪等官员银两。[5]
万历十九年八月（1591年9月），即日本发动侵朝战争的前夕，日军频繁调动的军事情报不断传到浙江巡抚常居敬的手中，常居敬意识到日本不久将有大的军事行动。虽然还不能确定日军此次的攻击目标是朝鲜还是中国沿海，但为以防万一，常居敬还是拟定了战备计划，并将重要事宜列为三条向皇帝呈报。一是增造一号福船32艘，每艘兵70名。加上现有福船及草、撇等船，共计兵3220名。二是在临山、观海二卫及定海、昌国二卫军兵中各自选练一营，以备协守。于金、衢募精兵500名，汛期调赴。温、处参将标下添设陆兵一总。于金乡、盘石等卫挑选军兵一总，以备策应。三是筹措银两。据常居敬估算，添造兵船，增置营伍，共计需银84800余两。[6]但是浙江并无现银，于是他请求将“两关商税银、抚按司道府县贼罚银、蜡茶折银、沠剩米折银、户部事例银，俱乞暂留一年，俟下年加派”，以免延误军备。[7]开始万历皇帝还是批准了他的请求，但随即反应过来这些钱是他本人每年固定的进项收入，于是就反悔了，将沠剩米折银、户部事例银尽数运入内藏库，常居敬的战备计划也就泡了汤。
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