崇祯四年闰十一月（1631年12月），山东发生了一件大事，那就是登州游击孔有德等将领发动叛乱。
孔有德、耿仲明原籍山东，矿徒出身，曾是辽东海盗，后投毛文龙，与尚可喜一起，被称为“山东三矿徒”，是毛文龙手下的骨干将领。
登州是当时山东半岛上的最重要的军事要塞。天启初年，为了协调对后金的作战，在山东设登州、莱州（今山东掖县）巡抚，支援辽东前线。当时任登莱巡抚的是孙元化，嘉定人，举人出身，被任命之前曾任宁前道兵备副使。就是这位孙元化，接收了从皮岛跑出来的孔有德、耿仲明，并委以重任。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。当时，登州要塞正有一位名叫特谢拉·科雷亚的葡萄牙人率领一些葡籍士兵，帮助明军试铸红夷大炮，并获成功。孔有德率领的这批从辽东逃来的士兵就是在这些葡萄牙人的训练下，逐渐掌握了新式火炮的制造、发射技术，成为当时明朝军队中战斗力最强的一支部队。
大凌河之战时，明军被围，同属孙承宗指挥的登莱巡抚孙元化急令游击孔有德赶赴前线增援。孔有德带着自己的3000名炮兵坐船，打算从海上前去支援。不幸遭遇飓风，孔有德几乎丧命。渡海不成，孙元化又促令孔部从陆上取道山海关，孔有德很是不满，但他还是服从了命令，率军北上。当部队抵达吴桥（今河北吴桥县东）时，天寒地冻，又遇雨雪，部队给养供应不上来，有些士兵就开始抢劫，其中有个士兵偷了当地望族王象春家的一只鸡。可万万没想到，王象春恰好是当朝兵部尚书的亲戚。这下可惹出了大麻烦，王象春和吴桥县令强烈要求惩办肇事者，孙元化不得不命令，将偷鸡的士兵用箭穿鼻，游街示众。没想到这一举动一下子激怒了所有的士兵，在另一位与孔有德有相同经历的毛文龙旧部李九成的煽动之下，孔有德率领这群愤怒的士兵发动叛乱，随即杀回山东半岛。山东地方军队哪是这支虎狼之师的对手，孔有德轻轻松松地就攻陷陵县（今陵县）、临邑（今临邑）、商河（今商河），接着又杀入齐东，包围德平，不久又舍德平而去，攻陷青城、新城，向山东半岛杀去。
山东巡抚余大成、登莱巡抚孙元化闻变大惊，立即派兵来鲁北堵截。当时，余、孙两人都不愿把事情闹大，力主安抚孔有德，并令沿途州县，不得出兵邀击，以免激化矛盾。孔有德将计就计，假装投降，迷惑孙元化，实际上却率兵直趋登州。由于沿途州县不敢出兵拦截，让出通道，孔有德便顺利杀到登州城下。
孙元化急令部将张焘率辽兵守登州城外，总兵官张可大也发南兵抗击。两路成合击之势。张焘进兵稍胜，却下令退兵，张可大失去策应，被孔有德杀得大败，形势陡然紧张起来了。张焘的兵卒多是辽东籍，与孔有德部关系不错。他们见张可大失败，于是纷纷投入孔有德的叛军行列。孔有德便令这些降卒再混入登州城中，作为内应。而孙元化不察敌情，不听劝告，同意这些早已从叛的散卒进城。与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、都司陈光福等将领立即策应，举火开门，让叛军从东门攻入登州城。崇祯五年正月（1632年2月），登州陷落。孔有德入城后进行了大屠杀，登州城内的葡萄牙炮队几乎全军覆没，仅有3人幸存；[80]巡抚孙元化则被叛军活捉。皮岛守将黄龙的家属也全被杀死，黄龙得知全家遇害的消息后，立即离开皮岛，率军前往旅顺，发誓要向孔有德报血海深仇。他估计孔有德必定要逃离登州，去投降后金，而旅顺是孔有德的必经之地，因此黄龙在旅顺厉兵秣马，严阵以待。
孙元化是南直隶嘉定人，山东巡抚余大成是南直隶江宁人，总兵官张可大是南京羽林卫军籍。这3位南直隶人，在这场兵变中根本不是山东、辽东人的对手，被孔有德骗得团团转。登州沦陷后，孙元化自杀未成被俘。只有总兵张可大斩杀其妾陈氏后，在其官署上吊自杀。
孔有德令孙元化致书余大成，要求和谈。余大成见事已闹大，便上疏朝廷。崇祯皇帝大怒，撤掉了余大成、孙元化两人之职。孔有德见孙元化已无利用价值，念其旧日收留之情，送其出城，放了他一马，可是崇祯皇帝却不会放过他。他与余大成两人立刻被逮到京师，最后余大成被充军，孙元化竟被斩首弃市。
孙元化是当时朝廷中少数几个接受西方先进技术的高级官员之一，与徐光启关系密切。徐光启、周延儒等曾上书营救，但终未成功。崇祯皇帝这一刀，不仅砍掉了一个巡抚，同时也砍掉了一个很有价值的科学家式的高级官员。本来，登州是一个应用先进西方技术的基地，但随着孙元化的被杀，及其葡萄牙籍炮队的毁灭，这个先进的技术基地也就被轻而易举地毁掉了。
孔有德占据登州后，推李九成为首领，自己居第二位，耿仲明居第三。除此之外，尚有一些将领，如李应元（李九成之子）、陈有时、毛承禄、陈光福等，他们有的来自直隶海湾中的岛屿，有的来自旅顺。这批海盗、边民、矿徒出身的职业军人，在登州俨然建立起自己的“王国”。他们刻印建官，招徕海盗流寇，四处焚掠，弄得山东半岛，乃至辽东前线都人心不定。
崇祯皇帝重新任命徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚。按照原先的安排，谢琏驻莱州指挥，徐从治则驻青州负责供应粮草。而徐从治却觉得自己驻扎在青州不足镇抚莱州人心，便主动要求移镇莱州。没想到他一去莱州，就被孔有德围在里面达数月之久，最后连命也送在这里。(www.xing528.com)
当时孔有德的叛军已经攻破黄县（今黄县）、平度（今平度）两城，然后增兵攻打莱州。徐从治、谢琏两位巡抚，与总兵杨御蕃分头固守城池，拼死抵抗，形势十分危急，而外围的各路援兵都驻扎在昌邑。由于山东巡抚徐从治被围在莱州城内，援军无人督察，诸将观望，谁也不肯拼死驰援莱州。
开始时，那位胆大的徐从治还敢出城偷袭叛军，且稍有斩获，但兵部尚书熊明遇认为此事尚有招抚的余地，便派主事张国臣去山东处理招抚之事，并要求徐从治不要轻易出兵，破坏抚局。徐从治当然不干，先后3次上疏朝廷，力主抚局无望，应以武力解决。朝廷认为，两抚臣都被困在莱州，应增设总督来山东前线，决定抚战。
侍郎刘宇烈于是被任命为总督，赴山东统辖骑、步兵25000人来平定孔有德之乱。但刘总督本无韬略，赴山东后除整天派人去招抚外，不进行任何军事行动，以免动而取咎。孔有德便故技重演，说是要降，暗中却把孙元化铸造的大炮调到莱州城下，架起猛轰，打死了山东巡抚徐从治，莱州城危在旦夕。
招抚不成，刘宇烈只好命令军队进攻登州。没想到士兵还没冲到城下，就被孔有德的红夷大炮打死了一大片。硬攻攻不了，登州城外的军队只好躲在大炮射程之外，深挖壕沟，修筑营垒，做长期围困的打算。双方在登州相持一年有余，谁也消灭不了谁。
崇祯五年十一月（1632年12月），孔有德、耿仲明乘着黑夜，携带家眷和万余名士兵从登州城北悄悄撤离，乘坐110多艘战船出海。此后数月，这支叛军就在海上漂泊不定，一边躲避明军的追踪，一边收集沿途海岛上的败兵和难民。崇祯六年初，孔有德、耿仲明率领这支舰队向旅顺方向开来，准备投奔后金。[81]崇祯六年二月二十五日（1633年4月3日），旅顺守军发现孔有德的舰队正从旅顺附近海面鱼贯而过，向东驶去。[82]二月二十六日（1633年4月4日），海上刮起强劲的东北风，孔有德的舰队都被刮向旅顺岸边。黄龙抓住有利风向，亲率战舰横列于旅顺海口，用舰艏大炮轰击孔有德舰队。孔有德遭到阻击，于是命令舰队分成两队抛锚停泊，东边的舰队泊于龙王溏，西边的舰队泊于双岛，脱离与黄龙的接触。由于连日大风不止，风向不利，孔有德舰队无法行动，被困在了旅顺海上。黄龙派遣都司尚可喜带兵从殷家口至龙王溏一带封锁孔有德的水源，又在双岛、铁山等处埋伏战舰，阻击孔有德北逃后金。然后派出主力战舰出海进攻，双方激战3天，孔有德的战船有多艘因中炮和触礁沉没，叛军及其家属有1000多人被俘。
孔有德海战失利，被迫于三月九日（1633年4月16日）将舰队主力撤往小平岛海域集结（旅顺以东70里海中），而孔有德、耿仲明、毛承禄等人则亲自率领30余艘战船攻击双岛（旅顺以西），以威胁旅顺的后方。黄龙随即调重兵和数员战将前往双岛，并且携带中国自制的红夷大炮——“天字一号大将军灭虏炮”10门排列在岸边山上，居高临下轮番轰击孔有德的战船。孔有德不得不离开双岛，重新驶回小平岛海面。
这时的孔有德处境相当危险，除了不断遭到黄龙的炮击之外，最重要的是粮食、淡水严重不足。为此，孔有德只得冒着危险派人乘黑夜到小平岛上寻找粮食。旅顺的明军由于人数和战船都比孔有德少，也只能采取夜伏昼击的战术进行短促突击，而不能与叛军在海上决战。当孔有德全军集结于小平岛后，黄龙派遣军队把守各口岸，严防孔有德登陆。另外还集中了37艘战船，装载“大将军”、“灭虏”等炮，在海上往来追歼，将孔有德困在了小平岛。双方相持半月有余，孔有德的叛军除死伤外，被俘或重新投诚的士兵、家属不下四五千人。[83]
孔有德在旅顺陷入困境后，为了摆脱黄龙的死打烂缠，便派游击张文焕、都司杨谨、千总李政明率小股部队乘船至盖州，与后金守将石国柱、雅什塔取得了联系。他们护送张文焕等三人到沈阳，请求归附，皇太极对天上掉下来这么一块大馅饼感到喜出望外。经过讨论，决定孔有德军从镇江（九连城，在丹东市中心东北10公里）登陆，皇太极派贝勒济尔哈朗、阿济格、杜度率军前往接应。朝鲜方面得到明朝指令后，也发兵到鸭绿江，协助明军堵截孔有德上岸，[84]结果正好碰上刚刚赶到的济尔哈朗军隔江扎营，于是便停止了前进。与此同时，从宁远、登州、旅顺口出发的明军战舰也尾随孔有德来到了鸭绿江口。眼看一场普通的内乱即将演变成三国四方参加的国际战争，这时，明军和朝鲜军看到后金军队气势旺盛，心理上未战先怯，不敢交锋，便悄悄地撤走了。崇祯六年五月（1633年6月），孔有德、耿仲明率舰队抵达镇江，与后金军队汇合。尽管孔有德的部队在海上转战数千里，损失不小，但最终到达后金的将官、士兵、家属、水手仍达12258人。孔有德本人受到了皇太极出沈阳城10里迎接的高规格礼遇。崇德元年，孔有德晋封为恭顺王，耿仲明晋封为怀顺王，位极群臣之上。从此，孔有德和他的炮兵部队便全心全意为清朝入主中原效犬马之劳。
孔有德的叛变，不仅给后金带来了大批当时掌握最先进火炮技术的士兵，还有后金急需的100多艘战船和大量红夷火炮，一举扭转了后金军队在武器装备上的劣势地位，极大地增强了后金的军事实力。更重要的是，孔有德归降在政治和思想上鼓舞了后金同明朝争夺天下的必胜信念。也许当初谁也没想到，吴桥县的一只鸡会成为改变明朝命运的转折点，历史有太多的偶然性值得后人去凭吊与回味。
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