15世纪60年代之后，随着日本陷入战国时期，日本的大小诸侯争相派船到中国互市。但是，前来贸易的日本人奸诈狡猾，“得间，则张其戎器而肆侵夷；不得间，则陈其方物而称朝贡”。[62]明朝政府对这些日本人厌恶至极，遂终止了与日本的朝贡贸易。于是日本商人转而将货物赊给中国商人代销，可是“奸商欺负……转展不肯偿”。又转给官家赊销，“官家欺负不肯偿，贪戾甚于奸商。……番人乏食，出没海上为盗”。[63]由于日本人的奸诈狡猾和中国商人、官员的贪婪，使得事态的发展持续恶化。而此时，明朝政府还在继续削弱海军。景泰三年（1452年），将崇明沙备倭大船改造成轻浅灵活的浙江八橹船，人为剥夺了明朝海军的装备优势。
嘉靖二年五月（1523年6月），宁波又发生了“争贡事件”，导致日本人“有轻中国心矣”。[64]此后嘉靖皇帝对日本罢市舶，绝贡路，实行严厉的海禁政策，结果反而引起民间走私贸易的活跃，走私团伙规模越来越大，并勾结沿海势家豪族和日本倭寇，形成有武装的海盗兼海商集团。到16世纪50年代的时候，日本的倭寇和中国的海盗合流，“嘉靖倭乱”爆发。(www.xing528.com)
从嘉靖三十年（1551年）开始，先前那种脆弱的友好关系在中日两国都已不见踪影，取而代之的只有你死我活的斗争。在嘉靖抗倭战争中，王忬、张经、胡宗宪相继登场，为抗倭事业做出了贡献。不过，最终削平倭患的还是戚继光和俞大猷。他们二人一个在陆上，一个在海上，给侵入中国的倭寇以毁灭性的打击，终结了“嘉靖倭乱”。到隆庆元年（1567年），倭患已渐平息，绝大部分倭寇退回了日本。此时，随着日本国内统一战争的进行，在中国取得丰富战斗经验的日本海盗逐渐成为军队青睐的对象。到丰臣秀吉统一日本，发动侵朝战争后，原先的倭寇将以日本军队士兵的身份再次出现在明朝军队的面前。
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