十六国时期，个别少数族政权对其官府藏书进行过整理。后赵石虎曾组织学者“校中经于秘书”[53]。北凉沮渠蒙逊时期曾整理过所藏图籍，据《魏书·阚骃传》记载：“阚驷，字玄阴……蒙逊甚重之，常侍左右，访以政治损益。拜秘书考课郎中，给文史三十人，典校经籍，刊定诸子三千余卷。”[54]同此可见北凉此次整理官藏之规模。
进入北朝后，北魏从立国初期至中期，校书不辍。早在天兴四年（401），太祖道武帝“集博土儒生，比众经文字，义类相从，凡四万余字，号日《众文经》”[55]。首先对经书进行了修理。
文成帝时采纳秘书郎高谧建议，广访群书，大加缮写山是代京图籍，莫不审正”[56]。这次整理官府藏书较为完善。其后，孝文帝太和（477〜499）年间，又“寻敕光韶兼秘书郎，掌校华林御书”[57]，校定华林园御本图书，并编有《魏阙书目录》。
北魏：©大的一次校理官府藏书，是在宣武帝即位后。当时，秘书丞孙惠蔚入东观，见典籍混乱不堪，于是上疏请求征集一整理。他在奏疏中分析了历代官府藏书对统治和学术文化的作用之后，又陈述了当时官藏的具体情况，曰：”而观、阁旧典，先无定目，新故杂糅，首尾不全。有者累帙数十，无者旷年不写。或篇第褫落，始末沦残；或文坏字误，谬烂相属。篇目虽多，全定者少。”继而他提出“臣今依前丞臣卢昶所撰《甲乙新录》，欲裨残补阙，损并有无，校练句读，以为定本，次第均写，永为常式。其省先无本者，广加推寻，搜求令足”。从其奏疏中看，孙惠蔚这次整理官府藏书的计划是相当完善的。因当时书多，错误也不少，为了加快进程，在较短时间内完成整理任务，孙惠蔚提出“今求令四门博士及在京儒生四十人，在秘书省专精校考，参定字义”[58]的要求，得到了宣武帝的赞同，于是，孙惠蔚领导了这次规模较大的整理官藏工作。孙惠蔚校书后没有编制书目，实为憾事，可能因卢昶《甲乙新录》在，故而未编。
北魏分裂后，整理官藏的工作一度停止，到了北齐、北周，又略有恢复。(www.xing528.com)
北齐天保七年（556），文宣帝诏樊逊等十二人“校定群书”。当时秘府典籍纰缪颇多，要刊定群籍必须广集众本，于是樊逊提议向藏书家邢子才、魏收、辛术、穆子容等人借书，以“参校得失”；后来，“凡得别本三千余卷，《五经》诸史，殆无遗阙”[59]。北齐整理官府藏书直到天统、武平（565〜576）年间，仍是校写不辍。从隋代学者牛弘请开献书之路表中“高氏据有山东，初亦采访，验其本目，残缺犹多”[60]得知，北齐亦编有国家藏书目录。
北周的官藏整理，主要在明帝时期。明帝对其官藏极为重视，曾“集公卿已下有文学者八十余人于麟趾殿，刊校经史”[61]。这次整理官藏规模也很大，但未闻有编目之事。《隋书·经籍志总序》说：“保定之始，书止八千。”保定是北周武帝年号，从其官藏数字看，北周或许还编有国家藏书目录。
北朝虽然在官藏整理、编目方面做了一些工作，但是没有突出的成就，较南朝相差甚远，主要由于战乱不断，文化落后。随着全国统一局面的出现，官藏整理、编目事业进入新的繁荣时期。
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