医疗行为的固有性质决定了它在治愈疾患、达到医疗效果的同时，对患者的生理机能、身体健康具有一定的侵袭性，在理论上有可能符合故意伤害罪的构成要件。但事实上，基本没有人会认为所有医疗行为都符合故意伤害罪的构成要件，而是将之理解为业务上正当行为的一种。不过医疗行为得以正当化的根据，并不是因为医疗作为一项业务具有正当性这么简单，而必须深入医疗行为的本质进行挖掘。
具体而言，这一问题应当分为治疗行为的正当化根据和非治疗的医疗行为的正当化根据展开讨论。非治疗的医疗行为是指整形美容手术、药品临床试验等虽然是由医务人员运用医学技术实施的，但接受医疗的一方本身并无任何疾患，不存在需要恢复、增进的客观身体利益，缺乏“医学的适应性”[3]，或者采取的医疗手段尚未达到医疗准则的一般要求，包含一定的风险，缺乏“医术的正当性”[4]。之所以要对这二者的正当化根据分别展开讨论，是因为非治疗的医疗行为缺乏“治愈疾病”这一客观上的保护利益，与治疗行为相比，对患者主观方面的要求应当更为严格。例如，非治疗的医疗行为的正当化，原则上不得适用家属的代为同意，也没有适用紧急避险的余地，而这些在治疗行为中都是普遍承认的正当化根据。
治疗行为与非治疗的医疗行为在正当化根据上有着如此本质的差异，因此有必要将二者区分开来，分别展开讨论。然而，还是有学者不区分治疗行为和非治疗的医疗行为，把医学的适应性、医术的正当性、知情同意作为“医疗行为的适法性要件”，这就必然会产生问题。为了论证非治疗的医疗行为的合法性，不得不极其勉强地证明像整形美容手术这样的行为也满足医学的适应性、医术的正当性、知情同意这三要件。[5](www.xing528.com)
不过也应注意到，治疗行为和非治疗的医疗行为，二者之间的界线并不是一成不变的，而是会随着时代的变迁、观念的变化，尤其是人们对某一病理现象认识的深入而有所转变。例如变性手术，在20年前几乎没有人会认为它具有治疗目的，但现在一般认为，对于被确诊为患有性同一性障碍的患者而言，变性手术就是一种治疗手段。又如，如果将不孕视为一种疾病的话，从治疗不孕症的角度来看，生殖辅助医疗中的人工授精和体外受精也可以说具有医学的适应性。
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