囿于历史成因，起初规定“铁路运输法院的诉讼管辖负责审判在铁路运输过程中发生的刑事案件、民商事纠纷案件，按照铁路运输企业管辖的铁路线路和站、段范围设置，铁路运输法院地域管辖与地方人民法院的地域管辖有交叉，存在管辖竟合问题。各级铁路运输法院之间及铁路运输法院与地方人民法院之间还存在移送管辖、指定管辖的问题”。[4]其管辖主要是一种特殊的行业区域内的管辖，且与地方法院的地域管辖有一定重叠。至此，已经形成了专门管辖、专属管辖与指定管辖多元并存的格局。
1.原有刑事公诉案件依旧留存，暂时不做调整
自1982 年恢复铁路法院以来，其司法职能主要体现在铁路局运营辖区内的普通刑事案件方面，尽管案件数量逐年呈下降趋势，亦少有专属管辖的特点和性质，但这一块几乎是支撑铁路法院三十多年审判业绩的主要板块。因案件依照铁路站车沿线确定管辖，源头和中间涉及铁路公安、检察机关的协调问题。因此，仍然具有牵一发动全身的可能。
2.原有民事案件继续专属管辖，增加情形各异
在民事审判领域内积淀了内容要素各异的专属管辖案件，虽然最早在铁路运输高级法院规定的案件管辖中有所统一，即涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产的民事诉讼，但随着时日迁延，包括其间经济调解中心等受阶段性政策因素影响，在此领域各个铁路法院的管辖情况也不尽相同。
3.指定管辖的民事和执行案件并存，且难以规整(www.xing528.com)
2002 年以后，北京、兰州等铁路法院经过再次协调，取得了所辖基层法院相邻省市的民商事、执行案件的指定委托管辖。[5]“自1991年至1994年，全国其他省、自治区、直辖市的高级人民法院先后发文，指定其辖区内铁路运输两级法院可以受理铁路部门及其所属企业为一方当事人的各种经济纠纷案件。”至此，全国范围内铁路法院的案件管辖情况越加趋于复杂。
4.实行属地管理后指定管辖的案件，更是纷繁杂陈
近期，铁路法院的民商事案件指定管辖源于最高法院2012年8月1日起实施的《关于铁路运输法院案件管辖范围的若干规定》，改制后的铁路法院刑事案件的管辖范围，民事案件的管辖范围除涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产等各类民事案件外，经驻在地高级人民法院指定管辖，铁路运输法院还可受理其他民事案件和执行案件。截至目前，由于最高法院就铁路法院的最终职能定位、机构设置以及管辖问题还没有形成明晰、方向性的指导意见，各院申请指定管辖的请求就成为一种务实的内在选择。其案件类型、管辖地域以及上诉审法院的情况更是七零八落。[6]
截至2015年8月铁路两级法院的获批指定管辖情况表
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