司法改革“改什么”和“怎么改”两个关键，分解成可以衡量的各种具体的条件，包含进、渗透出法院和法官未来发展的方向，且内容涵盖诸多领域，如总体设计、统筹协调、整体推进等。改革中会不断遇到改革措施之间的协调衔接问题、推进改革的速度快慢问题、措施安排的程序先后问题等。即使一切安排妥当，实施中还会冒出意想不到的细节问题。[6]目前出现的难点有：
1.人员流失
行政案件集中了而行政法官却难以集中，同区法院原有的行政审判人员多被安排从事刑事或民事审判，程度不同地出现了行政审判力量流失的问题。一些试点法院通过建立联络机制，希望同区法院的行政法官配合试点法院完成诸如移送、执行、息讼稳控等工作，但这种协助因欠缺一定层级制度的支撑，在实践中面临诸多困难，难以形成常态化的机制保障，可持续性还需要进一步观察。
2.区域治理(www.xing528.com)
跨区法院因案件管辖，必然与非集中管辖辖区内的信访、救助、群体性、突发性等维稳事件发生关系。按照属地原则，通常由案件所在地法院与公、检配合，在当地党委（政法委）领导下，有对应的责任主体；而跨区域司法管辖后，出现了司法管辖区与地方区域治理相脱离的难题。如何在跨区法院与同区法院之间建立长效的联络制度，对跨区法院提供支持和帮助，需要依赖非集中管辖区所在地的党委、人大、政府及社会各方面力量的支持，还要厘清责任、合理分工，避免跨区法院与协调力量之间形成利益固化关系，抑或牵线搭桥状况，为新的干预留下空间。
3.司法保障
一些试点法院在集中切块管辖行政案件后，案件数量“井喷式”增长，加之原铁路法院没有审理行政案件的经历，遴选和抽调的人员数量有限，使得试点法院人案比严重不匹配，办案场所、法庭也随之要跟进。同时，转制后的铁路法院人员专项编制增幅远低于案件增速，大多没有中央政法转移经费的支持。目前，寄希望于省以下人财物统一管理后，能够在省级层面统筹考虑和解决试点法院的保障问题。
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