对祖先序列的认知，人们通常将人类与大猩猩相同的遗传标记的序列进行比较，从而得知人类Y-SNPs的古老遗传标记。以大猩猩为比较参数，确定YDNA的分子进化次序。
但是，这个标准有很大的缺陷。大猩猩不代表人类祖先的Y-DNA的真实状况。大猩猩与人类在1 000万年前分化，二者是平行进化的，大猩猩的YDNA不是一成不变，而是与人类一样不断积累突变、不断进化。因此，大猩猩的STR不一定比某些姓氏人群或者人的STR早。
参照大猩猩的Y-DNA考察分子进化的次序，不能准确反映分子进化的本来面貌。从宏观来看，人类是比大猩猩进化等级高的生物，但从分子水平来看，则是另一回事，物种进化与分子进化不能混为一谈。
从物种上考察，大猩猩与黑猩猩相比，与人类的亲缘关系要远一些。类人动物中，黑猩猩与人类关系最近，两个物种大约在前700万～前400万年分化。生物学的“类人”包括了黑猩猩属、大猩猩属、红猩猩属和真人属。(www.xing528.com)
要想准确知道Y-DNA分子的进化次序，需要建立以古代人骨Y-DNA分子进化的标准体系。古代遗骨经过长年的地下埋藏，很大一部分仍然保存着丰富的Y-DNA信息。中国古代有事死如生的观念，注重土葬，历代都有大量的墓葬存世，很大一部分有明确的纪年，对遗骨的年代可有准确的认知。即便一部分年代不明，也可以通过14C测年，得知遗骨的大致年代。墓志会记载姓氏信息、籍贯、父母子孙等状况，方便了Y-DNA的研究考察。
远古时代，中国大陆上生活着具有不同历史和文化背景的人群，通过古代遗址中保存的古代居民遗骨，可研究他们的遗传结构，解释他们的族属关系。从出土情况来看，中国从旧石器时代一直到近代，都有遗骨的出土，据此可构建一个完整的中国人的Y-DNA进化体系，明确Y-DNA上有关基因座的进化顺序。古代人骨Y-DNA分子进化的标准体系对出土人骨进行科学利用，产生相应的价值，反过来也将推进对古人遗骨资源的保护。
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