《十二年停战协定》时期，联省共和国三分之一的人口信奉加尔文宗，三分之一的人口信奉天主教。然而，在加尔文宗会众中，正式的成员与热心人士之间逐渐有了区分。自认为信奉加尔文宗的教徒通常会在教堂受洗，而到了有自行决定权的年龄选择受坚信礼的人数已经开始减少了。正式成员，即已受坚信礼的人，如果在信仰和行为上足够虔诚，就可以参加圣餐礼。而热心人士来教堂则只是为了参加圣餐，他们不愿意承担正式成员的义务，包括遵守教会的纪律。这也许可以类比于今天的政党：有些人是政党的成员，而另一些人只在选举中为他们投票。当然，成员之间也有分歧，毕竟，这是一个仍在形成中的年轻教派。教派的教义到底是什么，教派能做什么，它与国家的关系是怎样的，大量与此有关的教规至今仍没有落到纸面上。显然，不经过一番冲突和争执，这些教规很难形成清晰、明确的文字，最终落于纸面。
休战期间发生了一次重大争端。争端源于人们对当时最具争议的问题存有不同的看法：人死后到底会发生什么？作为人类，我们对此能发挥什么影响吗？[38]争论主要发生在莱顿大学的两位神学教授之间。弗朗西斯库斯·戈马尔（Franciscus Gomarus）坚持严格的加尔文宗观点，认为上帝的力量如此大，我们人类无法对自己是否被上帝选中这一结果施加影响。[37]在他看来，上帝从一开始就决定了谁将被选中，谁不被选中。然而，雅各布·阿明尼乌（Jacobu Arminius）虽然并不希望引起人们对上帝全能性的质疑，但他相信作为人类，我们可以自愿拒绝上帝的救恩。[36]戈马尔觉得阿明尼乌是在质疑上帝的全能性，于是指责阿明尼乌向天主教靠拢，因为天主教徒相信他们可以通过行善来确保得救。阿明尼乌则坚持道，他的话没有那么极端，他只是承认人类有可能支配自己的命运。1604年，他们举行了长达十天的宗教辩论，自然，这又演变成了一场全面而持久的争论。这场持久的争论极大地挑战着阿明尼乌的身心再加上肺结核的折磨，阿明尼乌于1609年去世。然而，争论并未就此结束，它已经蔓延到了讲坛：那些追随戈马尔、对《圣经》进行严格解读的人占大多数，远多于支持阿明尼乌的温和派。如果不能理解他们何以对此异常激动，就说明对当时的情况还不够了解。荷兰议会称这场争论不过是“劈了指甲”，这本身不就证明荷兰议会对此缺乏理解吗？根据戈马尔派的说法，教派的教义显然不是由国家权威决定的。
我们也必须把上述意见分歧放在联省共和国反西班牙斗争的背景下来看待。在此背景下，那些遵循加尔文宗教义的人，认为加尔文宗是唯一真正的宗教信仰。他们拒斥天主教，认为它“迷信教皇制”。正如我们在引言中所说，对于前现代的大多数信徒来说，真理只有一个。而如果加尔文宗是唯一真正的宗教信仰，那么它内部就不能有分歧。随着陆上、海上和舆论上的不断交锋，严格执行加尔文宗教规的时机已经成熟了。在这种情况下，允许不同“真理”存在就像把一种疾病带入体内一样；放任不管就是缺乏同伴之爱。(www.xing528.com)
在与西班牙天主教徒讨论战与和的问题时，情况一般是这样：占上风的戈马尔派赞成战争继续下去，而阿明尼乌派则更倾向于和平或休战。朴实的、敬畏上帝的人，如面包师、鞋匠、铁匠，主要是戈马尔派，他们在全国占多数，往往选择最直截了当的方案，即继续打下去，而略有弹性的教义则在受教育的人群中有更多的追随者，只不过他们永远都是少数。现在，谁来决定谁对谁错？加尔文宗没有教皇，只能由一个全体信徒的集会，或者说一个全国性的会议来做出决定。但应该由谁来召集会议呢，教徒还是国家？
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