为了弥补无敌舰队的损失以及应对更多来自多方的威胁（如英国、海盗等），费利佩二世继续扩大军费开支以建造更多的战舰。不过连年的军费增加已使西班牙政府到了不堪重负的地步，尽管有美洲殖民地源源不断的金元做支撑，费利佩二世仍为国家留下了巨大的赤字（在无敌舰队失败之前，这位国王已经于1557年、1560年和1575年3次宣布国家破产），出于此种压迫下，费利佩二世不得不连年增加税收。西班牙本国，包括其在尼德兰等领地的人们生活日益艰苦。这就形成了一个恶性循环，所以尽管当时西班牙是欧洲首屈一指的强国，但这个强大并不长远和稳固，甚至可以说是昙花一现……
由于“圣-马丁”号因损坏严重而无法继续服役，费利佩二世下令建造新的千吨级盖伦式巨舰来替代它作为新的皇家旗舰，于是如其设计初衷一样，这艘战舰被命名为“皇家旗舰”号（Capitana Real。也有资料认为这并不是其本身舰名，是因为舰名失传，所以用“皇家旗舰”加以称呼），于1590年在西班牙西北部加利西亚大区的帕萨赫斯港（Pasajes）开工建造。其轻载排水量约为1000吨，满载排水量在1500吨以上（也有一种说法是1300吨），是当时欧洲最大的盖伦式战舰。
计划中的“皇家旗舰”号侧面剖视图。该舰拥有两层全炮甲板并且船身明显比“圣-马丁”号更大
建成后的“皇家旗舰”号拥有4根桅杆，双层炮甲板和约60门重型舰炮（关于其搭载的火炮没有明确记载，但是最有可能是60门）。其威力在16世纪末是无可匹敌的。不过关于该舰的其余记载非常之少。其在建成之后担任费利佩二世新组建舰队的旗舰，参加了1597年远征英国的行动。不幸的是，这次行动以失败而告终，而“皇家旗舰”号也成为英国人的战利品，最终命运不得而知。
一幅反映“皇家旗舰”号被俘获的油画。其桅杆除主桅外全被折断，船尾旗杆上的西班牙旗帜正缓缓降下，升起了英国的旗帜(www.xing528.com)
一幅反映“葡萄牙的圣-胡安”号航行在前往西印度群岛途中的油画。时间在1600年之后，可能是去执行护航任务
在远征英国中幸存的“葡萄牙的圣-胡安”号于1588年10月7日返回拉科鲁尼亚港，和之后建成的“皇家旗舰”号一起成为西班牙后无敌舰队时代仅有的两艘轻载排水量超过千吨的巨型盖伦式战舰。16世纪末，该舰进行了全面整修，火炮增至60门（有关该舰的这些信息只在部分资料中提及，并无确切记录），在一段时间里担任护送运宝船队的舰队旗舰。
1596—1597年，“葡萄牙的圣-胡安”号参加了费利佩二世新组建的舰队远征英国，虽然这两次行动都以失败而告终，但运气一向不错的该舰还是安全返回了西班牙。没有一部资料提到过“葡萄牙的圣-胡安”号最终的归宿，但可以肯定的是它至少服役到了费利佩三世在位的17世纪初期，并且似乎参加了西班牙与荷兰七省联盟的海上战争。
一幅描绘“葡萄牙的圣-胡安”号战斗的画作。该舰处于画面右侧，左侧似乎是一艘荷兰战舰
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