清政府设立八旗制度，刚开始时可以说是人心朴厚、立法周详。旗籍的管理大臣也都实心任事，很负责任，不容有丝毫的弊端。所以在乾隆、嘉庆时期，八旗兵丁夙称劲旅。但是到了道光、咸丰、同治时期，却是坏法乱纪，其弊端不可胜言。所以，旗务的整顿和加强管理就成了当时一个大的课题。
洋务运动时期甚至整个晚清时期，清政府对于旗务的整顿工作都没有放松，其工作的主要内容如下：
首先，加强旗籍兵丁的清查，对于那些混入旗籍的人要严惩。
八旗一般在年终时要编立户口册档，原来的意图就是杜绝虚开人口、冒食钱粮的弊病，并没有考虑到民人混入旗兵的情况。到了后期，八旗兵丁“半属于民人充数，询以姓氏而不知，叩以清语而不晓。推原其故，皆由各旗民役编立户口册档，将其子弟渐渐混入，捏称某孀妇之子或孀妇之孙，其后遂报捐、报考，俨然以八旗世仆自居。闻有其父尚为某民役其子即为某旗官兵，若不彻底清查，势必至无业游民冒充功勋之后，将来或受恩封，或袭官爵，流弊伊于胡底”[177]。为了清除这个弊端，有人上奏清帝，拟请该管大臣认真清查，并责成八旗族长按月呈报，有无混入情事，如果所报不实，官则严参，兵则重惩。并将混入之人咨部治罪。这样才能把旗籍查清楚。
其次，加强对俸饷的管理，对于侵扣俸饷的要严加稽核。
晚清时，政府库款支绌，俸饷减成发放，官员兵丁已形拮据。而俸饷的承办人等，又复假库亏为名，层层剥削。甚至俸银一份，短少数两，饷银一份，短少数钱。即有一二整顿秩序的旗务大臣，逢支领俸饷之日，进署回平，而承办人等又诡谲多端，从中作弄，以种种方式侵扣俸饷，作为私利。等到官员、兵丁支领入手，仍是亏短甚多。该管大臣也无从知道其底蕴。八旗官员、兵丁，原本俸饷就不够，经过这样的侵扣，就变得更加困苦了。因此最好的办法就是，请该管大臣认真稽核，遇有本旗支领俸饷之日，亲身进署抽查，并令参佐领等官监放，倘有前项弊端，即行参办，则俸饷自然就会实领实发了。
第三，严禁顶替挑缺，违者严加惩办。(www.xing528.com)
八旗挑补兵缺，原来的章程中领催以识字为上，马甲以中箭为优，超过十六岁均不得入选，但是后来情况发生了变化，八旗挑补兵缺人等，多因年岁不符以及文理不明、弓马不熟等原因，遂觅他人顶替。一经补缺，即将应领库作为酬谢之费，参佐领等也扶同隐匿，瞻徇私情，不敢有所告发。这些就成了一种旗务的弊端，若不从严惩办，恐相沿已久，八旗兵丁无一成才，岂不虚靡帑饷？所以整顿的办法就是请该管大臣，每遇挑补兵缺，令参佐领出具并无顶替印结，先行呈递。仍亲身向本兵盘诘，倘年岁三代与牌册不符，即将顶替人等咨部治罪。参佐领等官指名严参，庶兵皆适用，饷不虚靡。
第四，严禁私卖甲米，违者严加惩处。
八旗兵丁按期支领甲米，原为养家口计。但是，后来的问题是，赴仓参领等官员，先向该仓花户串通舞弊，任令掺杂土块，不能食用等情况也有发生，解决的办法是将该仓花户、赴仓参领等从严参办，这对于旗兵而言不为无益[178]。
以上四条，是对全国旗务整顿的一般办法，是解决八旗弊端的一些办法。当然，这些办法，有的只是提了出来，有的已经在执行当中，收效如何不能马上显现出来。
此外，还有马队的建设也在加强。1874年清政府下谕令，都兴阿等奏，以客兵遽难裁撤，拟由各外城原设兵额内挑选马队2000名作为练兵，并由各该城八旗挑选苏拉1000名作为余兵，试行一年，果有成效，即将客兵裁撤，腾出饷项移作练兵之需，即着照所议行。据称添练马队每年共需饷银12万余两，“自应迅筹拨解，着户部照数指拨款项，迅速解往”[179]。
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