唐代科举有“进士”和“明经”科。“进士”以考察诗赋为主，更受重视，而经学在科举考试中还不为人所重。宋代，范仲淹和王安石、司马光曾经先后对科举进行改革，把科举考试中的诗赋部分逐渐取消，而转以儒家经典为主。经过历次改革，经学在科举考试中的地位明显上升。
此外，科举制度中作为考试标准的五经注本一直都有变化。元之前，唐宋科举主要采用唐代孔颖达等人注疏的《五经正义》作为标准本。王安石变法中，曾以《三经新义》作为科举考试的内容。元以宋人的传注为主，《易》用程颐的《伊川易传》，《春秋》用胡安国的《春秋传》，《诗》用朱熹的《诗集传》，《尚书》用蔡沈的《书集传》。还有就是四书在科举考试中重要性的逐渐显露。《孟子》和《论语》，在北宋已经是科举考试的内容。《大学》和《中庸》仅仅是《礼记》当中的两篇，经过程颐和朱熹等人的表扬，朱熹作《四书章句集注》，逐渐为学人所重视并成为元代以后科举考试的标准。
明代科举，大体继承了元代的制度，而后明成祖又命令大臣编撰《四书大全》《五经大全》。《大全》主要是根据宋、元两代学者的经说、注释，拼凑、抄录而成，并且没有注明来源。《大全》完成后就成为明代科举考试的主要参考，并使得科举考试的内容完全抛弃了汉唐的注疏而专以宋元人的传注为主，因而对经学的发展产生了消极影响。皮锡瑞评价说：“元以宋儒之书取士，《礼记》犹存郑注；明并此而去之，使学者不睹古义，而代以陈澔之空疏固陋……故经学至明为极衰时代。”[5]
清初科举承明制，有乡试和会试，“顺治三年，定第一场四书三题，五经各四题，士子各占一经。第二场，论一篇，诏、诰、表各一通，判五条。第三场，经史时务策五道。”[6]第一场，“四书主朱子《集注》，《易》主《程传》，《诗》主朱子《本义》，《书》主《蔡传》，《春秋》主《胡安国传》，《礼记》主陈澔《集说》。”[7]第二场，考试的内容增加了《孝经》，“顺治十六年，定考官于论题间出《孝经》，以励士尚”[8]，康熙“二十九年，议准乡试二场，《孝经》论题甚少，嗣后将《性理》《太极图说》《通书》《西铭》《正蒙》，一并命题”[9]，“五十五年议定，二场论题专用《性理》”[10]。由上述这些材料，可见明清科举呈现出以下特点：一、程朱理学继续成为考试中的主流，清初科举中新增加的内容全为程朱理学的经典。二、自元以来随着程朱理学地位的提高，在科举中四书的地位逐步超越了五经。
因此衍生出明清科举更重视八股文的写作。明清科举乡试和会试的第一场，要求按照“八股文”的文体答题。这种文体从内容到形式都有严格的规定。首先，内容诠释必须以程朱学派的注解为准，还要求用圣人的口气行文，“代圣人立言”。其次，结构体裁有整套、严格的硬性规定。一般要求由破题、承题、起讲、入题、起股、中股、后股、束股，八部分组成。后又有大结，来总结全篇。但有时也有变化，“康熙十六年（1677），议准乡会应试诸生文字内概不许作大结。”[11]最后，对八股文的字数和书写款式也有要求。顺治二年（1645）规定八股文“文有正体，凡篇内字句务典雅纯粹，不许故摭一家言，饰为宏博。”[12]“顺治二年，定初场文字，每篇不得过五百五十字。”[13]从八股文的这些特点可见，这种文体十分的呆板和僵化，而它与四书的结合，更凸显八股文在清初科举考试中的重要性，往往士子八股文作的好坏就决定了整个科举考试的成败，即“国家设科制科取士，首重在四书文”[14]，“国家以制科取士，崇尚经义而尤重四书文。士工其业，往往取巍科显爵。其大者建勋绩，次亦以能文章称”[15]。八股文通过反复的练习更加容易掌握，经学与之相比更加繁复。因此大部分考生把精力都用在学做八股文上，只看范文，而不读儒家的经典。
由以上分析可以得出，明清科举考试存在以宋明理学为主流而汉唐经学边缘化的弊端。考试内容重视四书使得士人不读六经。对于科举制度的这种状况，明清两代学者也多有不满，并指出了其中症结所在。
如有学者认识到，科举考试使得士子读书较少，只通一经，甚至完全不读五经，只是重视时文的写作，这对学术危害是极大的。
杨慎说：
本朝以经学取人，士子自一经之外罕所通贯。近日稍知务博，以哗名苟进而不究本原，徒事末节。五经诸子则割取其碎语而诵之，谓之蠡测。历代诸史则抄节其碎事而缀之，谓之策套。其割取抄节之人，已不通经涉史，而章句血脉皆失其真。[16]
詹景凤说：
嘉靖中年而后，士人专以诵习时文为捷径。不但古经传生平目未睹见，即国朝经书中传注义训一切抹去，止留揔语读之，以求经书速完，如业《易》，则不复辨《诗》《书》《春秋》《礼记》为何物，或教以诵五经诸名言，曰：“经语可用者，时文中自有之。”乃不读。[17]
顾炎武说：
今满目皆坊刻……天下之人唯知此物可取功名，享富贵，此之谓学问，此之谓士人，而他书一切不观。……举天下而惟十八房[18]之读。读之三年五年而一幸等第，则无知童子俨然与公卿相揖让。……八股盛而六经微，十八房兴而二十一史废。……间有一二好学者，欲通旁经而涉古书，则父、师相斥责，以为不能够专心于时文，将为坎坷不利之人。[19](www.xing528.com)
黄宗羲说：
科举之弊，未有甚于今日矣。余见高、曾以来，为其学者，五经、《通鉴》《左传》《国语》《战国策》《庄子》、八大家，此数书者未有不读，以资举业之用者也。自后则束之高阁，而钻研于蒙存、浅达之讲章。又其后则以为泛滥，而说约出焉。又以说约为冗，而圭撮于低头四书之上。童而习之，至于解褐出仕，未尝更见他书也。此外但取科举中选之文，讽诵摹仿，移前掇后，雷同下笔已耳。[20]
从以上学者的言论可见，明清时，科举使得学人放弃较为难读的五经、四史、唐宋八大家等文章，以至“古经传生平目未睹见”，“不复辨《诗》《书》《春秋》《礼记》为何物”。而转而以时文为学问，“惟十八房之读”“钻研于蒙存、浅达之讲章”，进而作文只能“讽诵摹仿，移前掇后，雷同下笔”，“割取抄节”经史，连缀以成文。
顾炎武还指出科举考试中存在制度漏洞，舞弊成风，富有之家可以请所谓的“名士”进行押题和代写，写成后由举子背熟，进入考场只要写出就可以中举。他说：
今日科场之病莫甚乎拟题，且以经文言之。初场试所习本经义四道，而本经之中，场屋可出之题，不过数十。富家巨族，延请名士，馆于家塾，将此数十题，各撰一篇，计篇酬价。令其子弟及僮奴之俊慧者，记诵熟习，入场命题十符八九，即以所记之文，抄誊上卷，较之风檐结构难易迥殊，四书亦然。发榜之后，此曹便为贵人，年少貌美者多得馆选，天下之士靡然从风，而本经亦可以不读矣。[21]
魏禧指出了八股文的缺陷，他认为科举采用八股文写作，不利于锻炼学子独立思考的能力，因为八股文要求“拟圣人之言”和使用排比句，这就禁锢了人们的思想。另外，八股文只重视形式而忽视内容，科举考试中缺乏经世致用的内容，忽视“杂学”而以“四书五经为题”。他说：
八股之法，一在于摹圣人之言，不敢称引三代以下事，不敢出本题以下之文；一在于排比有定式。夫题之义理，有博衍数十端，然后足以尽者；有举其一端，扼要而无遗者。今必勒为排比，则是多端者不可尽。而得其一说而毕者，必将强为一说以对之。其对之又必摹其出比之语，斤斤然栉句比字，而不敢或乱。六朝之文，排俪为工，虽杂施于游咏笺记，而后人尚讥其陋。今之以长对排俪而译经传，其陋抑可知矣。[22]
明世黜杂学，尊孔子，勒四书五经为题目。法视前代为独正，贩夫、监子莫不知仁义道德之名，然才略迂疏，不逮汉唐远甚。及其后，则遂欲求为东晋、南宋而有不可得者。天下奇才异能，非八股不得进。自童年至老死，惟此之务。于是有身登甲第，年期耄，不识古今传国之世次，不知当世州郡之名、兵马财赋之数者，而其才俊者，则于入官之始而后学。[23]
由此可见，明末清初科举制度已经成为对经学发展的最大阻碍。学子们往往为了取得功名，不得不受到制度的裹挟，主动或被动的练习时文，这样学者花费在经学研究上的精力和时间自然受到影响和分散。如俞长城就讲述了自己放弃经学，转向八股，后又幡然醒悟的过程，从而告诫学子们要研究经史。他说：
城生六龄，先君子授之书……七岁熟四子书，八岁授《周易》，九岁授《尚书》，十岁授《春秋左氏传》，十二岁将授《毛诗》《戴记》，而先君子以复职赴京师，遂不果。十四岁先君子捐馆舍，先慈勤纺绩以课读。是时家贫亲老，思得苟且一第，受微禄以养亲。乃从时师学作时文，取数科卑烂程墨试牍读之，以前诸经束之高阁。
凡五载，赴童子试，皆不利，乃援例补博士弟子员。十九岁而先慈又即世。盖自壬子以至己未，八年间，皆废学之日也。其后游学云间，念两亲继殁，无意进取，茕茕苫块中，痛思遗训，中夜泪下。爰取幼时所读三经，温习再三，继之以《毛诗》《戴记》《性理》《通鉴》诸书，秦汉以来儒者之古文，洪永以来诸先辈之时文，次第展读，而卷帙浩繁，夜以继日，不能阅遍。[24]
当时的学人，当面对功名利禄与真才实学的选择时，往往选择了前者，其中既有社会环境的原因，也有士人个人选择的因素。但更重要是明末清初的科举已与唐宋的科举不同，这时的科举逐渐成为阻碍经学发展的因素，而八股文成为科举核心更加剧了这种趋势。既然学者们已经认识到了科举、八股文的问题，必然就会有所行动，希图改变现状。因而在清初兴起了对科举、八股文改革的思潮。
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