一个时期以来，我国理论界围绕股份合作社的性质产生了争论，争论的焦点在于：股份合作社到底是股份制与合作制相结合甚或股份制、合作制与集体所有制相结合的新型企业形态，[118]还是合作社的一个分支。[119]
此前笔者认为，股份合作社是合作社的一个分支，不是“新型企业组织形式”；并且认为，从逻辑学上说，股份合作社与合作社是种属关系，股份合作社是种概念，合作社是属概念。[120]但经过最近几年的观察与思考，笔者观点有所改变，认为股份合作社尤其是社区股份合作社是我国集体经济组织改革的产物。社区股份合作社只是将集体资产量化为股份的产物，从本质意义上说，与集体经济组织无异。[121]或者说，社区股份合作社是“我国村级集体经济存在和发展的一种外在形态和组织载体”。[122]社区股份合作社与国际通行的合作社之间存在本质区别。[123]
（一）社员边界不同
社区股份合作社社员资格是以户籍为基础，综合考虑土地承包关系、对集体积累所作贡献等因素，依照法定条件与程序予以确认的。合作社社员资格系通过设立或加入合作社而取得。社区股份合作社社员资格是“先天”的。合作社社员资格是“后天”的。社区股份合作社社员始终限于社区居民。合作社社员未必就是社区居民，非社区居民也可以成为合作社社员。
另外，社区股份合作社由于具有地域性、封闭性特点，因此，其社员人数相对稳定。合作社由于实行“门户开放”政策，其社员人数遂变动不居。
（二）股份转让不同
社区股份合作社的股份“具有明显的身份依附性、封闭性和不可交易性”，其转让只能在社区内部进行，亦即社区股份合作社股份转让受到严格限制。合作社由于实行“退社自由”原则，社员可以随时申请退社。
（三）分配方式不同(www.xing528.com)
社区股份合作社实行按股分红。合作社主要按照社员与合作社的交易量（额）比例进行分配，按股分红受到严格限制，此即资本报酬有限原则。
（四）是否承担公共服务职能不同
社区股份合作社系基于社区范围内的土地等集体资产而形成，因此，其势必承担所在社区公共服务职能。合作社资产来自社员，其资产既来自社员，自当为社员服务，因此，合作社一般不承担当地公共服务职能。
（五）是否破产不同
社区股份合作社由于具有社区性和地域性，且承担一定公共服务职能，因此，其“不能随意破产”。合作社由于是社员自愿设立的经济组织，因此，“可以自行合并、分立、解散、破产”（我国现行《农民专业合作社法》即设有专章“合并、分立、解散和清算”）。
我国《农民专业合作社法》修改前，即有部分学者主张扩大其调整范围，以将社区股份合作社纳入其中，但不少学者认为上述主张“需要深入探讨”，有的学者干脆认为，将社区股份合作社纳入《农民专业合作社法》调整范围，“存在立法技术上的制约”。[124]笔者亦认为，鉴于社区股份合作社的特殊性质及其与国际通行的合作社之间的重大区别，不宜将其纳入《农民专业合作社法》调整范围，应对其进行单独立法。事实上，我国2017年12月27日修订后的《农民专业合作社法》并未将社区股份合作社纳入其中。
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