1955年中国科学院哲学社会科学学部委员的产生则是另外一种方式，据当时负责学部筹备工作并担任社会科学领域学术秘书的刘大年回忆：“第一届学部委员的产生属于协商性质，是协商产生的。自然科学方面的人选是科学家推荐，但推荐不是选举。”
社会科学方面是在提出名单之前，征求了各学科主要人物的意见。我当时参加了这些活动，主要在北京地区找有关人士谈。北京以外的就没有去找，是书面征求意见的。我记得当时找了这样几方面的人：哲学方面有杨献珍、艾思奇、张如心、汤用彤；语言学方面有王力、罗常培、丁声树、吕叔湘；历史学方面有季羡林；经济学方面有狄超白，等等。当然不止这几位，还有一些我现在记不清了。在征求意见时，我们首先把科学院的精神告诉他们。当时提出的人选标准主要有这么两条：一条是政治的标准。社会科学的政治标准主要是拥护社会主义，拥护共产党。另一条是学术标准，即在本学科中是否有成绩。所谓成绩就是看他的著作，以及群众对他学术著作的评价。根据这个要求，来征求他们认为适合做学部委员的人选来。然后，党组根据这些意见拟出名单。[9]
1953年7月21日，张稼夫在科学院第二十三次常务会议上的报告中，提出了建立学部的完整构想。当时的想法是：“成立学部，以改善学术领导工作，扩大学术领导机构。拟分为基础科学、技术科学、生物科学、社会科学四部。学部之下成立部务委员会；部务部委会下设常务委员，常务委员建立工作会议，吸收秘书工作人员参加。”[10]
1955年1月6日，中科院党组第一次会议讨论筹建学部问题，认为这是当年党组压倒一切的任务。在这次会议上，对于组建学部的工作机构和相关人员都进行了讨论。[11]经过近半年的紧张工作，1955年5月9日，科学院党组致函中宣部，汇报根据中央政治局会议精神对学部委员名单所作的修改情况，学部委员名单由238人减至224人。中央审批时，又加了11人，最后名单成为235人。[12]
科学院在给中宣部的信中认为，学部委员选定的标准是从学术水平和政治情况两方面考虑。总的原则是：“学部委员必须是学术水平较高，在本门学科中较有声望，政治上无现行反革命嫌疑的人。”[13]根据这个原则，科学院定出了不应列入的三条标准和应列入的四条标准。不应列入的三条标准是：
1.学术水平较高，但政治上有严重的现行反革命嫌疑者；
2.学术水平较高，目前虽无现行可疑情节，但因历史上有严重恶迹为科学界所不满者；
3.学术水平一般，在本门学科中威望不高者。
应列入的四条标准是：
1.学术水平较高，政治上虽有某些可疑情节，但无适当理由向科学界进行公开解释或因国家建设的需要，目前担任着国家机关或企业厂矿重要职务而不能不用者；
2.学术水平虽然不高，政治上也无可疑之处，但因该学科人才十分缺少，必须适当照顾者；
3.旧科学界代表性人物，然有的学术水平不高，有的学术观点陈旧甚至反动，为了照顾旧的科学传统；
4.由于工作需要，党派到各学术部门从事学术组织工作的共产党员，虽然学术水平不高或懂得学术很少。[14]
当时科学院对中国科学界的总体评价是：科学基础仍很薄弱，学术水平一般不高，各门学科的发展亦不平衡，旧科学家中政治情况又比较复杂。
应该说，1949年前后，国家对未来科学体制的设想还是非常努力的。竺可桢在参加会见苏联文化艺术科学工作者代表团时曾问及苏联科学院院士的选举情况，在政权接收过程中，比较早地考虑到了未来中国科学体制的制度设计。当时建立院士制度是高层和知识精英共同的理想，作为向院士制度过渡的一种设想，建立学部是一种临时选择。1955年5月31日学部成立前一天的预备会上，郭沫若说：“科学院应该以院士、通讯院士为基础的，中央已交给我们建立院士制度，学位制度的任务了……正式的科学院需要等院士大会选出院长、副院长及主席团，学部委员会是产生院士的基础。”[15]
1955年2月12日科学院在给周恩来和陈毅的一封信中认为，对于原中央研究院院士，中国科学院成立时没有承认，现在承认这些院士，他们不知该采取什么态度。信中说：“如果我们采取‘宁缺勿滥’的方针，则有许多资历老而学术上有错误或没有成就者，如陶孟和、马寅初、冯友兰等人就势必被淘汰，这样做不利于团结也不利于当前的工作；如果把现在大陆的1948年选的院士都承认下来，再另增加一批新院士，则对比之下人选就势必太多太滥，如选择不当反而会造成新的纠纷。”[16]所以他们建议，先以“学部联席会议和院务委员会”的组织作为正式建立院士制度以前的过渡形式。(www.xing528.com)
陈毅在学部成立后的一次学部联席会议上特别强调：“我们科学院现在也是先搞学部，再过渡到院士制度，选举院长，从由下而上，再由上而下。也有一个办法是先搞一批院士、选举院长，再搞学部，由上而下，这样最不得人心。”[17]
据武衡回忆，1953年中国科学院代表团访问苏联回国后，把科学院作为国家最高学术机关的思想为科学家和领导共同接受，因此建立新院士制度成为科学家酝酿的话题。武衡说：“但是在新中国成立不久，科学家的思想尚待改造的情况下，把科学院作为院士的组织，以院士大会作为最高权力机关，就意味着脱离党的领导，难以保证按照社会主义的方向前进，难以适应社会主义建设的需要，甚至有人认为科学家们主张搞院士制就是向党‘夺权’。”[18]对比陈毅的说法，这说明当时把学部作为向院士制度过渡的主要考虑还是对科学家不信任。
按当时的设想，学部的过渡期是一到三年，但1957年以后，这个工作实际上就停止了。但在当时的构想里学部就不是一个纯粹的学术机构，而是一个领导机构。科学院在学部成立后的一个总结报告中明确指出：“至于院士制度实行后，学部委员制度仍可并行不悖，因学部委员的团结面比院士更加广泛，对团结全国科学家和沟通科学院与各部门之间的关系以及推动科学事业的发展都是有利的。”[19]可以说，学部不是一个纯粹的学术机构。
学部建立中一个值得肯定的思路是它保留了对原中央研究院制度中包括人文科学的理念。郭沫若在中国科学院刚刚组建时的一次茶话会上特别强调：“我们所了解的科学是包含着自然科学和社会科学。”[20]但在哲学社会科学的学部委员产生中，政治介入学术表现得特别严重。
在自然科学的学部委员中，1948年中央研究院的院士，凡是没有离开的，除极少数人外，都成了学部委员。在离开的院士（赴美、赴台）中，有10人是人文组的院士，也就是说，当年离开的院士主要是人文组的院士。
比较一下就会发现，中央研究院和中国科学院学部在组成的理念上完全不同。对此，科学院学部成立大会上通过的总决议中说得很清楚，就是要“进一步学习苏联和各人民民主国家先进科学”[21]。当时出席学部成立大会的有苏联科学院副院长巴尔金、苏联驻华大使尤金和波兰科学院副院长维尔茨皮斯基。
原中央研究院人文组的院士有28人，过了5年时间，中国科学院哲学社会科学学部委员就成了61人，是过去的近3倍。除了时代转换以外，学术并没有发展，而学部委员的人数却在激增。但仔细观察就会发现，学部委员名单中除了人数增加以外，更重要的是强化了人文学科的意识形态色彩。中央研究院人文组院士的构成中，除了顾及各学科的专业水平以外，一个明显的特点是法学家在人文组院士中有较大比例，有王世杰、王宠惠、周鲠生、钱端升四位院士。到了学部委员时期，因为1955年中国已取消了法学和社会学，这四位法学家中，王世杰、王宠惠去了台湾，留下来的周鲠生、钱端升都没有成为学部委员。当时余嘉锡、梁思永已逝世，老辈学者张元济、柳诒徵可能因为年龄关系没有成为学部委员。另外，顾颉刚、陈达也没能入选学部委员。
1955年学部成立的时间离批判胡适运动开始还不到半年时间，过去和胡适关系较近的学者已不可能成为学部委员。作为一个研究古史的学者，顾颉刚的专业与政治并不紧密，但因为他过去和胡适的关系，再加上在科学院历史研究所和尹达个人的关系不好，所以被排斥在外。他在日记中说：“近来批判胡适历史学、考据学的文字中，常常牵到我和《古史辨》，因此，我在今天会上说个明白。”[22]因为顾颉刚在批判胡适的考据学时，曾说考据学是反封建的，“闻者大哗，对予抨击”。
学部委员中没有法学家，隐含着对法学和社会学的基本评价。取消这两个学科的深层意义，诚如布尔迪厄所说：“社会科学即便仅仅描述事实与效果，即使仅仅揭示某些机制（例如制造Symbolique暴力的机制），它产生的效果也具有批判性。因此社会学的存在本身便是无法容忍的。任何专制政体从一开始便取缔社会学。他们要求的是实用社会学，这种社会学有助于调解矛盾和冲突，有助于使统治合理化。”[23]
中央研究院人文组28名院士的构成，从教育背景上看，留学欧美的19人，有博士学位的13人，有硕士学位的3人，其余3人不详。有6人没有出国受西式教育，其中4人是前清科举中出来的（进士、举人、廪生各一人，一人不详），另外两人是国立大学本科或研究所毕业的。
哲学社会科学学部的主体是延安知识分子，多数来自延安中央研究院，以陈伯达、胡乔木、周扬、艾思奇、胡绳、范文澜、尹达、张如心为代表。
与过去院士相比，学部委员最大的特点是高度意识形态化。当时负责意识形态部门的主要官员都是学部委员，如陈伯达、胡乔木、胡绳、邓拓、茅盾、周扬、冯定等，据说当时中宣部部长陆定一本来也在名单上，是他主动放弃了。
学部委员与院士本来就是同时代人，1948年没有当选院士，不是因为他们的政治态度，而是因为学术原因。还有一个特点就是学部的权力在行政人员手中，竺可桢对此就很不理解，他在日记中说：“学部即有233专家，应为最高权力机关，为何组织章程草案第十条院务委员会最高权力机关许多统是行政人员而院务常委会中行政人员的成份更大。”[24]
郭沫若在学部成立大会上开幕词中说是“为中国科学院进一步建立院士制度准备了条件”。可以理解为这是一个过渡性的选择，中央研究院从蔡元培手里建立，到1948年选出第一届院士已经过去了二十年，从研究院的评议会到选出院士，本来已经完成了在中国建立院士制度的准备，而且以1948年中央研究院院士的选举为标志，中国事实上已成功地开创了院士制度。重新选择由学部过渡，说明对1948年的院士制度是否定的。
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