为了核算事业单位按照规定提取或设置的具有专门用途的净资产（主要包括职工福利基金、科技成果转换基金等），应设置“专用基金”科目。本科目应当按照专用基金的类别进行明细核算。本科目期末贷方余额，反映事业单位累计提取或设置的尚未使用的专用基金。
专用基金的主要账务处理如下。
（1）年末，根据有关规定从本年度非财政拨款结余或经营结余中提取专用基金的，按照预算会计计算的提取金额，借记“本年盈余分配”科目，贷记本科目。
（2）根据有关规定从收入中提取专用基金并计入费用的，一般按照预算会计下基于预算收入计算提取的金额，借记“业务活动费用”等科目，贷记本科目。国家另有规定的，从其规定。
（3）根据有关规定设置的其他专用基金，按照实际收到的基金金额，借记“银行存款”等科目，贷记本科目。
（4）按照规定使用提取的专用基金时，借记本科目，贷记“银行存款”等科目。使用提取的专用基金购置固定资产、无形资产的，按照固定资产、无形资产成本金额，借记“固定资产”“无形资产”科目，贷记“银行存款”等科目；同时，按照专用基金使用金额，借记本科目，贷记“累计盈余”科目。
【例11】 年末，某市医院根据有关规定从本年度非财政拨款结余或经营结余中提取专用基金230000元。
借：本年盈余分配 230000
贷：专用基金 230000
因该经济业务涉及纳入部门预算管理的结余资金的内部变化，故预算会计需进行账务处理。
借：非财政拨款结余分配 230000
贷：专用结余 230000
【例12】 年末，某市医院根据有关规定从经营收入中提取专用基金500000元。(www.xing528.com)
借：业务活动费用 500000
贷：专用基金 500000
因该经济业务未涉及纳入部门预算管理实质性的现金收支，故预算会计不需要进行账务处理。
【例13】 某县医院用专用基金100万元购入不需要安装的医疗设备一批。款用银行存款支付，设备已投入使用。
借：固定资产 1000000
贷：银行存款 1000000
同时
借：专用基金 1000000
贷：累计盈余 1000000
因该经济业务涉及纳入部门预算管理的现金支出，故预算会计需进行如下的账务处理：
借：专用结余 1000000
贷：资金结存——货币资金 1000000
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