国家科技重大专项、国家自然科学基金等项目的经费构成，相关经费管理办法做了具体规定。
（一）国家科技重大专项的项目（课题）经费构成
《国家科技重大专项（民口）资金管理办法》规定，重大专项资金项目（课题）资金由直接费用和间接费用组成。
直接费用是指项目（课题）实施过程（包括研究、中间试验试制等阶段）中发生的费用。主要包括设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、会议/差旅/国际合作与交流费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、劳务费、专家咨询费、基本建设费、其他费用。设备费是指在项目（课题）实施过程中购置或试制专用仪器设备，对现有仪器设备进行升级改造，以及租赁使用外单位仪器设备而发生的费用。基本建设费是指在项目（课题）实施过程中发生的房屋建筑物构建、工程配套机电设备购置等基本建设支出，应当单独列示，并参照基本建设财务制度执行。
间接费用是指承担单位在项目（课题）组织实施过程中无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括承担单位为项目（课题）提供的房屋占用，日常水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出，以及激励科研人员的绩效支出等费用。间接费用实行总额控制，按照不超过课题直接费用扣除设备购置费和基本建设费后的一定比例核定，500万元及以下部分为20%；500万元至1 000万元的部分为15%；1 000万元以上的部分为13%。(www.xing528.com)
（二）国家自然科学基金项目直接费用和间接费用的规定
2014年底，国家自然科学基金委发布了《关于2015年度国家自然科学基金项目申请与结题等有关事项的通告》，规定自2015年起，各类项目申请经费分为直接费用和间接费用两部分。直接费用是指发生在具体研发项目中的费用；间接费用是指用于改善科研活动而投入的各种支撑条件费用，如办公室、实验室、水电和相应的服务费用。
对间接费用占项目经费的比例，国家自然科学基金委暂定：500万元以下的项目，间接经费的比例设置为20%；500万元至1 000万元的项目，间接经费的比例设置为13%；1 000万元以上的项目，间接经费的比例设置为10%。
国家自然科学基金委在新的管理办法中，取消了劳务费比例限制，科研人员可据实列支，只要人员数量、工作时间和应得收入准确合理即可。
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